일본은 기후적으로도 쌀의 생산에 적합하며 쌀은 일본의 주곡이다. 1893년 국립농업연구소가 설치된 이래로 쌀은 품질과 단보당 생산량이 꾸준히 개선되어와 6/1의 노동시간으로 생산량은 2.5배의 증가를 가져왔다. 이러한 진전은 재배방법의 개선, 비료, 농약, 재배기술, 기계화, 관개배수, 농지개량 등의 요인들로 볼 수 있다. 현재 일본에서 생산되고 있는 주요 쌀 품종으로는 코시히카리(35.5%), 히토메보레(9.7%), 히노히카리(9.0%), 아키다코마치(8.5%), 키라라(4.8%) 등 10여 품종이며 최근에는 형질전환 품종의 연구와 함께 생물공학적 연구, 생리, 품질, 곤충과 잡초, 토양, 식품가공 등 기본적인 연구에 심혈을 기울이고 있다. 새로운 형태의 쌀 품종으로는 냉동조리쌀밥, 초밥, 레토르트룡 쌀 등 가공용으로 적합하도록 하기 위하여 아밀로오즈의 함량을 5-15%로 낮춘 쌀이나 카레, 필라프, 튀김 쌀 등의 용도에 적합하도록 아밀로오스의 함량을 30%이상으로 높인 쌀 뿐만 아니라 곡립의 크기와 길이 등을 변형시킨 쌀, 유색미, 향미, 단백질 함량 조절 쌀, 거대 배아미, lipoxigenase 활성을 없앤 쌀, 단맛나는 쌀 등이 연구, 생산되고 있다. 일본에서의 쌀이용은 먼저 가공용 쌀을 들 수 있다. 밥, 청주, 스낵, 쌀가루, 미소발효 등 다양하게 이용이 되고 있으며 parboiled rice와 이의 색과 향을 개선한 converted rice, 현미를 이용한 가공쌀, 쌀빵, 현미가루, 세척미, 쌀국수, 쌀스낵, 당과, 죽, ？은 채소아 함께하는 타키코미고한, 초밥, 냉동쌀밥, 무균포장밥, 건조밥, 즉석밥 등 매우 다양하다.