• 제목/요약/키워드: 순열검정

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유전자집합분석에서 순열검정의 대안 (A study on alternatives to the permutation test in gene-set analysis)

  • 이선호
    • 응용통계연구
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    • 제31권2호
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    • pp.241-251
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    • 2018
  • 마이크로어레이 자료의 유전자집합분석은 개별유전자분석에 비해 검정력도 높일 수 있고 결과 해석이 쉬워서 이에 대한 연구가 활발히 진행되어 왔다. 표현형에 따라 유의한 차이를 보이는 유전자집합의 검색은 검정통계량들이 유도된 배경에 따라 결과에 차이를 보이지만 대체적으로 t-통계량의 제곱합을 이용한 순열검정이 제일 무난한 방법으로 여겨진다. 그러나 유전자집합분석에서 다중검정은 필수이고 많은 집합들의 유의성에 변별력을 주기 위해서는 순열검정에서 생성하는 치환표본의 수가 많이 필요하고 시간이 오래 걸린다는 문제점이 있다. 순열검정을 대신할 모수적 방법들을 검토한 결과, 적률을 이용한 근사가 각 집합의 유의확률 계산시간도 훨씬 단축하며 순열검정에서 구한 유의확률과 크기와 순위가 거의 일치함을 확인하였다.

순열검정과 부스트랩 방법에 의한 한우 6번 염색체의 ILSTS035에 대한 우수 DNA Marker 선별

  • 이용원;이제영;김문정;한초희
    • 한국통계학회:학술대회논문집
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    • 한국통계학회 2003년도 추계 학술발표회 논문집
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    • pp.325-329
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    • 2003
  • 한우 6번 염색체 유전자 지도에서 QTL (quantitative trait loci) 분석을 실시하여 선별된Locus 값을 순열검정(Permutation Test)을 이용하여 유의성 검정을 실시하였다. 한편, 우수경제형질 DNA marker들을 K-평균 군집법을 실시 파악하였다. 이들 QTL과 K-평균법에 의해 한우의 염색체 6번 ILSTS035의 우수 DNA marker 235번을 선별하였다. 선별된 DNA Marker 235번을 출품우에 적용하여 Bootstrap 방법을 이용하여 신뢰구간을 구하여 검정하였다.

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이질적인 중도절단분포 하에서 생존분포의 동일성 검정법 비교연구 (A Comparison of Survival Distributions with Unequal Censoring Distributions)

  • 송수정;이재원
    • 응용통계연구
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    • 제27권1호
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    • pp.1-11
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    • 2014
  • 세 개 이상의 집단에 대한 생존분포의 비교를 위해 가중 로그순위 검정법(Weighted Logrank test)과 그의 특별한 경우인 로그순위 검정법(Logrank test)이 널리 쓰인다. 그러나 이 방법은 근사적인 분포를 이용한 방법이므로 표본 크기가 작은 경우에는 유효하지 못할 수 있으며, 각 집단의 중도절단 분포가 동일하다는 가정 또한 충족되어야 하기 때문에 이 가정이 충족되지 못할 경우에도 검정법의 유효성을 장담할 수 없다. 표본 크기가 작은 경우에 대한 대안으로, 분포에 대한 가정이 없이 관찰된 자료만으로 검정통계량의 분포를 추정하고 그 분포를 이용해 검정하는 순열 검정법(Permutation test)이 제안되었으나, 순열 검정법 또한 각 집단의 중도절단 분포가 동일하다는 가정이 충족되어야 한다. 따라서 순열 검정법을 향상시킨 순열-대치 검정법(Permutation-Imputation test)이 대안이 될 수 있는데, 이는 대치 단계(Imputation step)에서 귀무가설 하에서의 생존확률이 집단에 의존하지 않도록 자료를 조정한 후 순열 검정 단계(Permutation step)를 통해 검정하는 방법이다. 본 논문에서는 근사적 방법, 순열 검정법, 순열-대치 검정법을 로그순위 검정법과 가중 로그순위 검정법의 한 형태인 Prentice-Wilcoxon 검정법에 적용해 각 검정법의 유효성과 검정력을 비교하였다.

순열검정을 이용한 FLSA의 사후추론 (Permutation test for a post selection inference of the FLSA)

  • 최지은;손원
    • 응용통계연구
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    • 제34권6호
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    • pp.863-874
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    • 2021
  • FLSA는 총변동벌점을 이용해 구간별상수인 평균 구조를 구현하는 벌점모형으로 다중변화점 탐색을 위해 활용되고 있다. 한편, FLSA는 변화점 탐색에 있어서 점근적 일치성이 만족되지 않으므로 잡음의 크기가 0에 가깝게 수렴하는 경우에도 다수의 거짓 변화점이 식별될 수 있다는 단점이 있다. 이 연구에서는 이러한 FLSA의 문제점을 해결하기 위한 사후추론 방법으로 순열검정 방법을 제안한다. 단일변화점 모형과 관련된 순열검정 방법은 Antoch와 Hušková (2001)에 의해 제안된 바 있다. 이 연구에서는 Antoch와 Hušková (2001)의 검정절차를 확장하여 다중변화점 식별에 사용되는 FLSA와 결합함으로써 다중변화점 모형에 적용할 수 있는 순열검정절차를 제안한다. 모의실험 결과, 제안된 방법은 z-검정과 CUSUM 통계량의 극한분포에 기반을 둔 검정방법에 비해 전반적으로 우수하였으며 거짓 변화점의 식별에 유용함을 확인할 수 있었다.

A Major DNA Marker Mining of microsatellite loci in Hanwoo Chromosome 17

  • 이용원;이제영
    • 한국데이터정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국데이터정보과학회 2005년도 춘계학술대회
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    • pp.54-58
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    • 2005
  • 한우 17번 염색체 유전자 지도에서 QTL (quantitative trait loci) 분석을 실시하여 선별된 Loci 값들을 순열검정(Permutation Test)을 이용하여 유의성 검정을 실시하였다. 한편, 우수 경제형질 DNA marker들을 K-평균 군집법을 실시 파악하였다. 또한, 부스트랩 방법을 이용하여 선별된 Locus의 DNA Marker들의 신뢰구간을 구하였다. 이들 QTL과 K-평균법, 부스트랩 방법에 의해 한우의 염색체 17번 BMS941의 우수 DNA Marker 85, 105번을 선별하였다.

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불완전 순위 자료를 위한 몬테칼로 임의순열 검정 (Monte Carlo Random Permutation Tests for Incompletely Ranked Data)

  • 허명회;최원
    • 응용통계연구
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    • 제14권1호
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    • pp.191-199
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    • 2001
  • 본 소고는 n명의 심사자가 k개의 객체를 평가하여 얻어진 불완전 순위자료에서 객체간 선호도에 있어 차이가 없다는 영가설을 검정하는 방법에 관한 연구이다. 주어진 자료에서 결측값들을 다중대체하는 방식을 제안하고 이들을 평균 p-값으로 묶는 몬테칼로방식의 임의순열 검정을 제안한다.

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coin 패키지를 이용한 독립성 검정 (Independence tests using coin package in R)

  • 김진흠;이정동
    • Journal of the Korean Data and Information Science Society
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    • 제25권5호
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    • pp.1039-1055
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    • 2014
  • 검정통계량의 영가설 분포는 모집단 분포에 의존하는데 모집단의 분포를 모를 때 영가설 분포를 검정통계량의 조건부 분포로 대체하여 검정하는 방법을 순열 검정이라고 한다. Strasser와 Weber (1999)는 순열 검정을 통합하는 이론을 마련하였고, Hothorn 등 (2006, 2008)은 그 이론을 R에 내장된 coin 패키지에 구현하였다. coin 패키지에서 조건부 독립성 검정은 총괄적인 형태의 함수인 independence test를 통해서 할 수 있지만 대표적인 독립성 검정은 사용자가 편리하도록 간편한 함수를 별도로 제공하고 있다. 본 논문에서는 Strasser와 Weber (1999)의 순열 검정 방법에 대해 소개하고, coin 패키지에 내장된 15개의 간편 함수에 대해 independence test 함수로 변환하는 절차를 설명하고자 한다. 또한, 정의한 independence test 함수를 써서 실제 자료의 점근 분포와 순열 검정, 정확 검정에 기초한 p-값을 서로 비교하고자 한다.

이변량 교대 위치이동 대립가설에 대한 비모수적 검정 (Nonparametric Test for Bivariate Alternating Location Translation Alternatives)

  • 나종화;박효일
    • 응용통계연구
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    • 제13권1호
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    • pp.71-80
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    • 2000
  • 본 논문에서는 이변량 분포함수의 위치모수에 대한 교대위치이동 대립가설에 대한 비모수적 검정법을 제안하였다. 소표본의 경우 실제 자료에 대해 순열원리에 기초한 근사적 검정법을 제시하였다. 모의실험을 통하여 Bhattacharyya와 Johnson(1970)의 층계순위(layer ranks)에 기초한 검정법과 검정력을 비교하였다.

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다차원척도법과 거리분석을 활용한 그룹화된 비유사성에 대한 비모수적 접근법 (Non-parametric approach for the grouped dissimilarities using the multidimensional scaling and analysis of distance)

  • 남승찬;최용석
    • 응용통계연구
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    • 제30권4호
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    • pp.567-578
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    • 2017
  • 일반적으로 그룹화된 다변량자료는 다변량 분산분석(multivariate analysis of variance; MANOVA)을 사용하여 그룹 간 차이를 검정할 수 있다. 그러나 만약 다변량 분산분석의 기본적인 가정이 위배되면 이 방법은 적절하지 못하다. 이 경우 다양한 거리로부터 그룹화된 비유사성을 계산한 후 다차원척도법(multidimensional scaling; MDS), 거리분석(analysis of distance; AOD) 그리고 비모수적 기법인 순열검정(permutation test)을 적용하여 문제를 해결할 수 있다. 다차원척도법은 비유사성으로부터 개체들의 좌표를 계산해주며 거리분석은 이 좌표를 활용하여 그룹구조를 파악하는데 유용하다. 특히 비유사성의 측도로 유클리드 거리를 사용하면 거리분석은 다변량 분산분석과 수리적으로 매우 밀접한 연관관계를 맺는다. 따라서 본 연구에서는 그룹화된 비유사성에 다차원척도법과 거리분석을 적용하여 그룹 내와 그룹 간의 구조를 파악하고 순열검정을 위한 새로운 검정통계량을 제안하려 한다. 덧붙여 유클리드 거리를 활용한 비유사성을 통해 거리분석과 다변량 분산분석과의 수리적 연관성을 고찰하고자 한다.

로짓모형의 비모수적 추론의 비교 (Comparison of Some Nonparametric Statistical Inference for Logit Model)

  • 정형철;김대학
    • 응용통계연구
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    • 제15권2호
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    • pp.355-366
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    • 2002
  • 범주형 자료의 구조파악에 주로 이용되는 로짓모형에서 비모수적 방법을 이용한 모수의 신뢰구간추정과 가설검정 등의 통계적 추론에 대하여 살펴보았다. 모수에 대한 통계적 추론에서 정규분포에 근거한 모수적 방법(Wald 방법)보다는 붓스트랩 방법이나 임의순열을 활용한 비모수적 방법이 많이 활용되고 있다. 본 연구에서는 로짓모형의 모수에 대한 비모수적 추론방법으로 붓스트랩(bootstrap)과 임의순열(random permutation)의 두 방법을 고려하고 모의실험을 통하여 가설검정의 검정력과 신뢰구간추정의 포함확률을 비교하였고 사례분석을 다루었다.