• The Journal of the Korea Contents Association
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• v.19 no.11
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• pp.632-643
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• 2019

In recent years, large scale damages from arbovirus infections by mosquitoes have been reported worldwide due to factors such as change in global climate, increased overseas travel, and increased logistics movement between countries. Among them, Zika virus and dengue virus belonging to genus Flavivirus are representative. In this study, we performed in-depth analyses of the envelope (E) protein that perform essential functions for host infection of Zika virus and dengue virus based on bioinformatics databases. The domain analysis of E protein was performed to determine the type, location, and function, and homology analysis for each domain. From these results, EDIII showing low homology was identified. The homology and immunogenicity of each peptide constituting EDIII were analyzed and three-dimensional structures were modeled. Furthermore, we discussed their biological meaning and how they could be used.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.04b
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• pp.229-231
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• 2002

최근 생물 유전자 정보에 대한 관심이 커지면서 이를 위한 효과적인 분석 방법이 요구되고 있다. 특히, 분류기의 데이터로 사용하기 위해서 필요한 특징만을 뽑는 과정인 특징 추출은 대량의 유전자 정보에서 의미 있는 정보를 선별하는 중요한 과정이다. 그러나 유전자 정보는 사용되는 데이터의 특징규모가 매우 크기 때문에 일반적인 데이터 마이닝 기법으로는 분석이 힘들다. 본 논문에서는 효율적인 거대규모 특징 추출을 위해 유전자 알고리즘(GA)파 신경망을 사용한 특징추출 방법을 소개하고, 종분화 기법을 사용한 효과적인 특징추출 방법을 제시한다. 그리고, CAMDA 2000에 공개된 암 DNA Microarray로 안종류를 분류하는 문제에 대하여 성능을 평가하였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2012.06b
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• pp.354-356
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• 2012

'변증'은 전통 한의학에서 사용되어 온 독특한 진단 단위로써, 향후 정보적 관점에서 중요성이 점점 높아지고 있다. 이에 우리는 변증을 기반으로 서양 의학 관련 문헌 정보들로부터 텍스트마이닝을 통해 추출된 유전자들과 중풍을 일으키는 병인으로 알려진 유전자들과의 관련성을 파악하고자 시도하였다. 실험결과를 통해 뇌혈관질환 질병에 관하여 한의학에서의 변증 결과가 서양의학 기술의 결과와 유사한 생물학적 의미를 전달해내고 있음을 확인할 수 있었다. 우리의 연구는 몇 가지 제약에도 불구하고, 향후 한의학의 객관성을 회복함으로써 가치를 높이고, 서양의학 기술과의 접목을 이루기 위한 중요한 시발 연구가 될 것으로 기대된다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.10d
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• pp.229-231
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• 2002

생물학 분야의 방대한 지식을 효율적으로 다루기 위하여 생물정보학이 주요한 연구 분야가 되었다. 이중 특히 생물학 문헌에서 정보를 자동으로 추출하는 연구가 활발히 진행되고 있는데, 이러한 정보추출 결과를 이용하여 유전자 온톨로지와 같은 유용한 지식베이스를 자동으로 확장함으로써 폭발적으로 증가하는 생물학 분야의 연구 결과들을 지식베이스에 통합할 수 있다. 자동으로 확장된 온톨로지는 신뢰성을 보장하기 위한 검증 과정을 거쳐, 정보추출 시스템의 성능을 향상시키기 위한 지식베이스로 사용되게 된다. 본 연구에서는 단백질 간의 상호작용에서 나타나는 조건을 추출하는 시스템과 유전자 온톨로지를 이용하여 추출된 생물학 용어를 분석하는 시스템을 제안하고 유전자 온톨로지의 자동 확장 및 검증 시스템에 대하여 논의한다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2017.05a
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• pp.297-298
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• 2017

플라비바이러스(Flavivirus)는 모기와 같은 곤충을 매개로 하여 인체에 감염된다고 잘 알려져 있다. 그 대표적인 예로 지카 바이러스(Zika virus), 뎅기 바이러스(Dengue virus), 황열 바이러스(Yellow fever virus), 일본 뇌염 바이러스(Japanese encephalitis virus) 등을 들 수 있다. 본 연구에서는 생물정보학을 기반으로 인체 감염 주요 플라비바이러스인 지카 바이러스, 뎅기 바이러스. 황열 바이러스, 일본 뇌염 바이러스의 총 4종류 플라비바이러스에 공통적으로 적용 가능한 펩타이드 백신 후보를 제시하고자 한다. 먼저 UniProt (The Universal Protein Resource)의 유전자 서열정보를 이용하여 4종류의 바이러스가 가진 단백질 중 백신으로써 적합한 단백질을 선정하였다. 선정된 단백질의 아미노산 서열정보를 바탕으로 IEDB (Immune Epitope Database And Analysis Resource)를 활용한 에피토프(epitope) 분석을 통해 에피토프로 작용하는 4 종류 바이러스의 공통적인 서열을 도출하였다.

• Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
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• v.11 no.3
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• pp.971-977
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• 2010

A flood of biological data has caused many challenges in computing. Bioinformatics, the application of computational techniques to analyze the information associated with biomolecules on a large-scale, has now firmly established itself as an interdisciplinary subject in molecular biology, and encompasses a wide range of subject areas from structural biology, genomics, proteomics, systems biology, biostatistics to computer science. In this review, I provide an introduction and overview of the current state of bioinformatics. Looking at the types of biological information and databases that are commonly used, I also deals with some of bioinformatics application domains which are closely related to areas of computer science.

• Journal of Information Management
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• v.40 no.1
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• pp.157-181
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• 2009

As the information technology is evolved and the human genome project is finalized over the world, the Bioinformatics - the integration of abundant Biological science and information technology - has shown up and is continuously being advanced. Together with the evolution of Bioinformatics, the websites dealing with Bioinformation have been set up to provide relevant information to the Bioscientists. Among the numerous global websites, the preferred websites by the majority of domestic Bioscientists are BRIC (Biological Research Information Center) of POSTECH(Pohang University of Science and Technology) in Korea, CCBB(Center for Computational Biology and Bioinformatics) of KISTI(Korea Institute of Science and Technology Information), KOBIC(Korean Bioinformation Center) of KRIBB(Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology), NCBI(National Center for Biotechnology Information) in USA, EBI(European Bioinformatics Institute) in Europe and DDBJ(DNA Data Bank of Japan) in Japan. In this paper, the comparative analysis was executed by investigating contents status and functions of the above-mentioned 6 websites. In addition, questionnaire survey of Bioscience Researchers' utilization status and their needs to those 6 websites was conducted.

• Journal of Bio-Environment Control
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• v.4 no.1
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• pp.89-95
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• 1995

퍼지 이론(fuzzy theory)은 정보의 애매성을 다루는 학문으로 과학에 주관성이 도입된 형태의 새로운 학문 분야이다. 인간의 사고를 수치화하고 이를 언어적으로 처리할 수 있는 퍼지 이론은 인공지능(artificial intelligence)의 한 분야로서, 1965년 Lofti Zadeh 교수에 의하여 창안되었다. 초기 기초 연구 중심의 단계에서 현재에는 첨단 전자공학의 발달과 함께 퍼지 제어기의 농업 및 산업 응용이 활발해지고 있으며, 퍼지 칩이나 퍼지 컴퓨터의 개발까지 연구가 진행되고 있다.(중략)

• Journal of KIISE:Databases
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• v.30 no.6
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• pp.573-584
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• 2003

Recent massive data generation by genomics and proteomics requires bioinformatic tools to extract the biological meaning from the massive results. Here we introduce ROSPath, a database system to deal with information on reactive oxygen species (ROS)-mediated cell signaling pathways. It provides a structured repository for handling pathway related data and tools for querying, displaying, and analyzing pathways. ROSPath data model provides the extensibility for representing incomplete knowledge and the accessibility for linking the existing biochemical databases via the Internet. For flexibility and efficient retrieval, hierarchically structured data model is defined by using the object-oriented model. There are two major data types in ROSPath data model: ‘bio entity’ and ‘interaction’. Bio entity represents a single biochemical entity: a protein or protein state involved in ROS cell-signaling pathways. Interaction, characterized by a list of inputs and outputs, describes various types of relationship among bio entities. Typical interactions are protein state transitions, chemical reactions, and protein-protein interactions. A complex network can be constructed from ROSPath data model and thus provides a foundation for describing and analyzing various biochemical processes.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2011.10a
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• pp.9-9
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• 2011

제주지역은 8,000여종의 생물종다양성 자원을 가진 생물유전자원의 보고로 알려져 있으며, 종다양성자원을 활용한 산업개발 잠재력이 크다고 평가 받고 있다. 특히 아열대 생물자원에 대한 산업개발 가치는 매우 높다 할 수 있다. 현재, 제주지역 생물산업 분야 연구인력은 430여명, 연간 학 석 박사 졸업생은 600여 명으로 전문인력 배출면에서 양적으로는 풍부한 상황이며, 도내 생물산업 관련 연구기관은 45개로 양적으로는 적은 편이 아니나 질적인 측면에서는 기술혁신역량이 다소 부족 형편이다. 도내 생물산업체는 250여 개로 대부분 저부가가치 농수산물 단순가공 및 식품가공업이나, 최근에 향장품산업체를 포함하는 중견기업이 유치되고 있다. 특히, 지방산업기술 혁신을 통한 지역 산업간 기술 격차를 완화하여 광역경제권 실현을 앞당기고 지역 균형발전 및 지역경제 활성화에 기여하기 위한 사업으로 제주의 다양한 생물자원을 활용한 건강 뷰티 생물산업을 지역 특화산업으로 육성하기 위해 산업화 소재를 발굴하고 기술개발을 전담하는 연구기관이 절실하게 필요함에 따라 국가균형발전 및 지역산업기술 고도화를 위한 지식경제부의 지자체연구소육성사업계획으로 제주생물종다양성연구소가 설립되었으며, 본 연구소에서는 생물자원 정보 구축, 보존 관리 체계 확립으로 생물주권을 확보하고 1, 3차산업 중심의 산업구조를 개선 및 기업 유치 보육을 통한 건강 뷰티 생물산업 육성을 목표로 고용창출 및 균형발전에 이바지 하고 있다. 현재, 제주생물종다양성연구소는 (재)제주테크노파크 부설연구소로 통합 운영 중에 있으며, 제주 향토생물자원 산업화 거점 연구기관으로서 제주자생식물 및 잉여 농수산물을 활용한 기능성 제품 개발 지원, 향토생물자원 발굴 및 고부가가치 산업 소재화 기술개발을 통해 향토산업 육성 등 지역 경제발전에 이바지하고 있다. 이에 본 연구소에서 수행 중인 제주 특산 향토자원을 이용한 산업화 현황을 소개하고자 한다.