• The KIPS Transactions:PartB
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• v.16B no.5
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• pp.359-366
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• 2009

Analysis of 3-dimensional (3D) protein structure plays an important role of structural bioinformatics. The protein structure alignment is the main subjects of the structural bioinformatics and the most fundamental problem. Protein Structures are flexible and undergo structural changes as part of their function, and most existing protein structure comparison methods treat them as rigid bodies, which may lead to incorrect alignment. We present a new method that carries out the flexible structure alignment by means of finding SSPs(Similar Substructure Pairs) and flexible points of the protein. In order to find SSPs, we encode the coordinates of atoms in the backbone of protein into RDA(Relative Direction Angle) using local similarity of protein structure. We connect the SSPs with Floyd-Warshall algorithm and make compatible SSPs. We compare the two compatible SSPs and find optimal flexible point in the protein. On our well defined performance experiment, 68 benchmark data set is used and our method is better than three widely used methods (DALI, CE, FATCAT) in terms of alignment accuracy.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2014.11a
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• pp.405-406
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• 2014

말라리아에 의한 감염 중 95% 이상을 차지하는 것은 열대열 원충과 삼일열 원충에 의한 감염이다. 각 원충들에 의한 감염은 초기증상이 유사하지만 각각의 치료방법이 다르게 적용되기 때문에 어떤 원충에 의한 발병인지 정확하고 빠른 진단이 필요하다. 본 연구에서는 생명정보학을 기반으로 각 원충에 특이적으로 발현되는 단백질 정보를 중심으로 epitope를 예측하고자 하였다. 먼저 NCBI에서 문헌조사 및 서열정보를 얻었으며, 두 원충에 대한 서열을 multiple alignment를 통해서 비교한 결과 90.2%의 유사성을 보였다. 확보된 특이 부위를 ProtScale Tool 프로그램을 이용하여 hydrophilicity를 분석하고 진단키트 제작에 사용할 수 있는 epitope를 예측하였다.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2010.10a
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• pp.8-8
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• 2010

식물거점센터는 교과부 지정 식물소재은행들의 생물자원의 체계적 통합 및 관리, 소재은행들과 연구소재 네트워크 형성, 표준화 관리 시스템 구축을 통한 소재의 효율적 관리, 인적 물적 자원 지원, 식물학, 농학, 생명공학, 유전학 등의 연구 기반 활성화 도모, 소재의 공동 영구보관 시스템 구축, 각 생물체별 데이터베이스 공동 구축, 공동 매뉴얼 작성 및 관련 연구, 공동 정보구축 지원, 중단소재은행의 자료 관리 시스템 구축을 목적으로 하여 2007년 4월 교육과학기술부에 의해 지정되어 출범하게 되었다. 식물거점센터는 한국배추게놈소재은행, 한국의 식물 DNA 은행II, 인삼유전자원소재은행, 감귤육종소재은행, 한국감자육종소재은행, 한약자원향장소재은행, 천연물 신약 표준화 소재은행, 대사질환소재은행 등 8개 소재은행으로 구성되어 있으며, 거점센터의 주요 역할은 OECD가 규정하는 resource center의 역할로 연구소재의 확보, 분류와 동정, 보관, 분량, 인력 양성, 컨설팅 등의 기능을 수행하고, 지점 소재은행은 연구소재 확보와 연구, 보관까지 수행하도록 하고, 지점센터의 데이터와 소재를 거점 은행에 제공하여 네트워크를 구축함으로써 전체적인 소재의 수급과 부족 상태를 파악하고 앞으로의 소재확보를 위한 전략 및 대책을 세울 수 있도록 하는 것이다. 이러한 역할을 통하여 가장 효과적으로 식물소재은행을 운영할 수 있는 방법을 함께 논의하여 공동으로 적용함으로써 연구 소재의 질과 식물소재은행의 운영을 표준화 할 수 있을 것이며 모든 소재은행과 함께 소재의 체계적인 기록 관리를 수행함으로서 소재의 이용과 신뢰성을 확보하고 연구자가 마음 놓고 연구를 수행할 수 있도록 자료를 제공할 수 있도록 함으로서 국가 경쟁력을 제고하도록 노력하고 있다.

• Proceedings of the Korea Society of Poultry Science Conference
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• 2003.11a
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• pp.67-68
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• 2003

한국 재래 닭의 유전적 특성 규명 및 기능 유전체 연구의 기초재료를 확보하고자 대량 EST 염기서열 결정 및 생물정보학 분석을 실시하였다. 대량 EST 염기서열 분석을 위한 첫 번째 단계로 재래 닭의 뇌, 비장, 정소, 배아 생식기를 이용하여 cDNA library를 구축하였다. 각각의 library로부터 총 15,121개의 클론을 선정하여 염기서열을 결정하였다. 생물정보학 분석결과 15,121개의 염기서열은 총 10,353개의 contig로 정리되었다. 이들 염기서열을 기존 데이터베이스를 대상으로 tBlastX(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST) 분석을 실시한 결과, 염기서열 중 56 ％가 기존 데이터베이스에 존재하는 유전자와의 상동성을 보였다. 상동성을 보이는 유전자들은 유전자의 구조 및 기능 분석에 이용될 것이고, 상동성을 보이지 않는 유전자들은 microarray와 같은 대량 유전자 발현분석 시스템을 이용하여 선별한 후 기능분석이 실시될 것이다.

• Korean Journal of Ichthyology
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• v.2 no.1
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• pp.36-46
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• 1990

Samples were obtained with a set net during 7 months between March and October in 1987 off the coast of Hwasun, southern part of Cheju Island. Most of organisms, representing 36 species, were less than 20cm(96%) in length, and 30g(74%) in weight. The four most abundant species were jack mackerel, Trachurus japonicus ; squid, Todarodes pacificus ; mackerel, Scomber japonicus ; and Apogon semilineatus, which comprised about 89% of the total individuals and about 70% of the total weight. Diversity index, the number of species and information index for individual were high in early spring, even though biomass was not abundant. On the other hand, diversity index and information index for individual were relatively high in August in spite of low occurrence of the species number. A cluster analysis of 24 species which appeared more than twice during the 7 samplings were illustrated from the similarity matrix. All of the 24species were grouped at the 0.14 similarity level. They were divided into four groups at 0.50 level.

• Journal of KIISE:Software and Applications
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• v.37 no.1
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• pp.74-79
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• 2010

The amino acid composition of a protein provides basic information for solving many problems in bioinformatics. We propose a new method that uses biologically relevant similarity between amino acids to determine the amino acid composition, where the BOLOSUM matrix is exploited to define a similarity measure between amino acids. Futhermore, to extract more information from a protein sequence than conventional methods for determining amino acid composition, we exploit the concepts of spectral analysis of signals such as radar and speech signals-the concepts of time-dependent analysis, time resolution, and frequency resolution. The proposed method was applied to predict subcellular localization of proteins, and showed significantly improved performance over previous methods for amino acid composition estimation.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2006.06a
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• pp.16-18
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• 2006

데이터마이닝 기법의 클러스터링 알고리즘은 생물정보학에서 데이터 셋의 사전 정보를 고려하지 않고 중요한 유전적, 생물학적 상호작용을 찾기 위하여 적용되고 있다. 그러나 다양한 형식의 수많은 알고리즘들은 바이오데이터의 다양한 특성들과 실험의 가정 때문에 다른 클러스터링 결과들을 만들 수 있다. 본 논문에서는 바이오 데이터 셋의 특성에도 적합하면서 양질의 클러스터링 결과를 만들기 위한 새로운 방법을 제안한다. 이 방법은 여러 가지 클러스터링 알고리즘의 결과들을 유전자 알고리즘의 기본 개념인 진화적 환경에서 가장 적합한 형질을 선택하는 문제와 결합하였다. 그리고 실제 데이터 셋을 이용하여 우리의 제안하는 방법을 증명하고 실험 결과로 최적의 클러스터 결과를 보인다.

• Proceedings of the Korean Statistical Society Conference
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• 2003.05a
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• pp.171-176
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• 2003

방대한 양의 데이터에서 의사결정에 필요한 정보를 발견하는 일련의 과정을 데이터 마이닝 (data mining)이라고 하는데, 본 연구에서는 생물정보학 (bioinofmatics)의 한분야로서 의학분야의 통계적 의사결정 시스템을 제공하는 의사결정나무 (decision tree) 알고리즘 중 QUEST를 S-PLUS로 구현하고(이하 S-QUEST) 발육제한(Intrauterine Growth Restriction; IUGR) 데이터를 분석하였다.

• Journal of Life Science
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• v.18 no.4
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• pp.565-571
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• 2008

Due to rapid development of bioinformatics technologies, various biological data have been produced in silico. So now days complicated and large scale biodata are used to accomplish requirement of researcher. Developing visualization and annotation tool using them is still hot issues although those have been studied for a decade. However, diversity and various requirements of users make us hard to develop general purpose tool. In this paper, I propose a novel system, Genome Viewer and Annotation tool (GenoVA), to annotate and visualize among genomes using known information and multiple relation graph. There are several multiple alignment tools but they lose conserved area for complexity of its constrains. The GenoVA extracts all associated information between all pair genomes by extending pairwise alignment. High frequency conserved area and high BLAST score make a block node of relation graph. To represent multiple relation graph, the system connects among associated block nodes. Also the system shows the known information, COG, gene and hierarchical path of block node. In this case, the system can annotates missed area and unknown gene by navigating the special block node's clustering. I experimented ten bacteria genomes for extracting the feature to visualize and annotate among them. GenoVA also supports simple and rough computational annotation of new genome.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.04a
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• pp.946-948
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• 2004

지역정렬(local alignment)과 전체정렬(global alignment)로 대표되는 정렬 문제는 전산학 분야의 전형적인 문제로, 두 서열의 전체적인 또는 부문적인 유사성(similarity)을 찾아 주기 위한 방법이다. 특히 정렬은 두 문자열에서 유사하게 나타나는 유사 서브스트링을 찾아내는 문제라든가 근래의 생물정보학에서 두 DNA시퀀스간의 유사도를 판별하는 문제 등에서 매우 중요란 기법이다. 본 논문에서는 두 서열들을 유사하게 매칭 시켜 주는 기존의 정렬 방법을 응용, 변형하여 C, C++. JAVA등으로 짜여진 프로그램 소스들의 유사도를 측정하는 방법을 제시하였다. 실제로 이런 프로그램 소스의 표절은 대학교육 수업과정 등에서 빈번하게 발생되는 문제점으로서 본 논문에서는 프로그램 소스표절을 검사, 탐지할 수 있는 방법론 및 구체적인 프로그램과 그 결과를 제시하고 있다. 아울러 두 프로그램간의 유사성을 비교하기 위해 기존의 지역정렬 방법을 보다 효율적으로 적절히 변형시키는 방법을 제시하고 있다.