• Journal of the Korean Institute of Intelligent Systems
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• v.15 no.6
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• pp.682-687
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• 2005

Behavioral sequences of the medaka(Oryzias latipes) were investigated through an image system in response to medaka treated with the insecticide and medaka not treated with the insecticide, diazinon(0.1 mg/1). After much observation, behavioral patterns could be divided into 4 patterns: active smooth, active shaking, inactive smooth, and inactive shaking. These patterns were analyzed by 5 features: speed ratio, x and y axes projection, FFT to angle transition, fractal dimension, and center of mass. Each pattern was classified using decision tree. It provide a natural way to incorporate prior knowledge from human experts in fish behavior, The main focus of this study was to determine whether the decision tree could be useful in interpreting and classifying behavior patterns of the animal.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• v.20 no.1
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• pp.1-11
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• 2005

환경오염의 조기 경보 시스템으로 생체지표를 이용한 생태독성 모니터링이 최근 널리 연구되고 있다. 환경내의 생물종에서 측정한 생체지표를 이용한 환경 모니터링은 생태계 수준의 영향에 대한 예측 정보를 제공해 줄 수도 있다. 이를 위해서는 생체지표와 개체군 수준에서의 반응과의 인과관계가 밝혀져야 한다. 오염물질에 대한 생체의 반응은 분자, 세포, 생화학, 생리적, 개체, 개체군, 군집 수준에서 나타나게 되며, 이러한 각 단계별 반응은 반응 시간의 규모와 독성학적, 생태적 관련성에 따라 구분 지어 볼 수 있다. 각 개별 수준에서의 반응을 종합하면 오염물질에 노출된 생체의 전제적인 영향을 이해할 수 있으며, 이러한 이해를 바탕으로 개체군에서 나타나는 영향에 대한 인과관계를 추론할 수 있다. 생체지표와 개체군 수준의 반응과의 인과관계 정립은 효율적인 환경오염 예방기능 수행에 필수적인 과정이며, 다단계 생체 지표는 각 단계별 반응의 인과관계를 밝히기 위해 가장 적절한 접근 방법이다. 수서 무척추 생물인 Chironomus의 유충은 이러한 다단계 바이오마커 연구에 매우 적절한 생물학적 모델이다. 이 논문의 첫 번째 부분은 생체지표를 이용한 환경 모니터링을, 두 번째 부분은 Chironomus의 유충에서 생체지표의 적용에 대해서 다룬다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2013.05a
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• pp.275-276
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• 2013

생명현상은 다양한 단백질들 간의 상호작용으로 외부의 환경에 대처하고 생명유지를 위한 다양한 생화학반응을 수행한다. 이러한 복잡한 생명현상의 과정을 이해하기 위해서 생명과학자들은 유전자 조절네트워크, 신호전달네트워크, 대사네트워크 등 다양한 종류의 네트워크를 모델링하고 있다. 하지만 각각의 모델링방법은 각 분야별로 다양하게 존재하고 있는 실정이다. 본 연구에서는 이러한 다양한 종류의 생물학적 네트워크를 통합적으로 모델링할 수 있는 통합적 모델링 시스템을 설계하고 구현하였다. 특히 신호전달 과정에 대한 블리온 모델링기법, 유전자 발현조절 및 대사과정에 대한 ODE(Ordinary Differential Equation)모델링 그리고 유전적 표현형을 분석할 수 있는 Flux 모델링을 하나의 모델링 시스템에서 설계 하였다. 또한 이 같은 다양한 종류의 모델링을 지원하기 위해서 SBML포멧을 기준으로 가시적인 모델링 시스템을 구현하였다. 특히 연구자가 모델링한 생물학적 모델이 다른 형태의 모델링기법에도 적용될 수 있도록 전환할 수 있도록 하였다. 이러한 통합적인 모델링 시스템은 향후 복잡해지는 생물학적 네트워크를 손쉽게 모델링 할 수 있는 시스템으로 활용될 것이다.

• Optical Science and Technology
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• v.8 no.3
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• pp.10-17
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• 2004

화학 반응은 원자나 분자가 서로 작용하여 결합이 분해되거나 생성되는 동적인 과정이다. 일반적으로 이러한 동적인 과정은 매우 빠른 시간 내에 일어나기 때문에 (보통수 펨토초에서 수 피코초 내에 일어난다) 화학 반응 도중에 나타나는 중간체(transient structure)의 구조 변화나 분자의 움직임을 실시간으로 잡기 위해서는 매우 높은 시간 분해능이 필요하다. 이러한 중간체의 구조 동역학(structural dynamics)은 그 대상이 되는 분자의 화학적/생물적 기능에 매우 중요한 정보를 제공하기 때문에 실시간 분자 동역학 연구는 복잡한 화학적/생물적 시스템의 메커니즘 규명 연구에 필수적이라고 할 수 있다. (중략)

• Proceedings of the Optical Society of Korea Conference
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• 2002.07a
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• pp.234-235
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• 2002

최근 상호 결합된 chaotic 진동자들 간의 동기화의 문제는 그 시스템이 가지는 여러 가지 응용성 때문에 여러 과학 분야와 기술 분야 예를 들면 동력학, 레이져 동력학, 전자회로, 화학반응, 생물학적인 시스템 등에서 폭넓게 연구되어지고 있다. 더욱이 작은 파라미터의 차이를 제외하고 거의 유사한 chaotic 진동자들간의 상호작용에서 찾아 볼 수 있는 위상 동기화 현상은 뇌세포 조직과 같은 생물학적인 시스템들 사이에 흔히 찾아 볼 수 있는 기본적인 현상이다. (중략)

• KSBB Journal
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• v.18 no.5
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• pp.377-384
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• 2003

On-line monitoring techniques for fumaric acid and succinic acid were developed by flow injection analysis (FIA). For the determination of fumaric acid, two enzymes, fumarase and malic dehydrogenase were immobilized on VA-epoxy Biosynth E3-carrier and integrated into a FIA-system with a fluorescence detector. For the analysis of succinic acid, isocitrate lyase and isocitrate dehydrogenase were also immobilized on VA-epoxy polymer support and used in a FIA system. The immobilized enzymes in two FIA systems were characterized systematically, e.g. optimum pH and temperature, inhibitory effects etc. Two FIA systems were also used to on-line monitor the concentrations of fumaric acid and succinic acid in biotechnological processes. Good agreement between on-line monitored data and off-line data measured by HPLC showed extensive application of the FIA systems in bioprocesses.

• KSBB Journal
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• v.18 no.4
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• pp.277-281
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• 2003

The study of growth characteristics for Spirulina platensis were carried out in 400 mL cylindrical photobioreactor and the effects of carbon dioxide concentration and flow rate during the growth of Spirulina platensis were investigated. The results showed that relatively low carbon dioxide concentration and high flow rate forced the growth of Spirulina platensis in experiment conditions. The pH analysis showed that different carbon dioxide concentration might form particular aqueous carbonate system in culture medium and affect the growth of Spirulina platensis. In addition, the possibility of limiting light radiation by cell density was investigated by the analysis of specific growth rate. The result intimated that the cause of decrease of specific growth rate at exponential phase was due to the limitation of light radiation by Spirulina platensis cell density in cylindrical photobioreactor.

• Journal of Soil and Groundwater Environment
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• v.8 no.2
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• pp.78-86
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• 2003

• Proceedings of the Membrane Society of Korea Conference
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• 2001.11a
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• pp.135-138
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• 2001

• Korean Journal of Microbiology
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• v.44 no.1
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• pp.29-36
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• 2008

Nitrogen is one of the major pollutants that should be removed by wastewater treatment systems. Biological nitrogen removal (BNR) is a key technology in advanced wastewater treatment systems operated by bacterial populations. Nitrification is the first step of microbiological processes in BNR system. Ammonia is oxidized to nitrite by ammonia-oxidizing bacteria (AOB) and then nitrite is subsequently oxidized to nitrate by nitrite-oxidizing bacteria (NOB). The diversity of NOB in nitrification reactors of 3 BNR systems, Edited biological aerated filter system, Nutrient removal laboratory system, and the Rumination type sequencing batch reactor system, was investigated by terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis of 16S rRNA genes. Cluster analysis of T-RF profiles showed that communities of Nitrobacter group in each system were different depending upon the process of systems. However, the clusters of Nitrospira group were divided by the habitat of aqueous and solid samples.