• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.11b
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• pp.274-276
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• 2005

본 논문에서는 단백질 상호작용 네트워크의 복잡성을 제어하고 생물학자가 자신이 설정한 조건을 만족시키는 환경에서 추가적인 다양한 제약 조건을 가하면서 원하는 상호작용 네트워크를 구성하고 조작할 수 있도록 지원하는 Constraints Based Dynamic Protein Interaction Network 이라는 새로운 개념의 단백질 상호작용 네트워크를 소개한다. 본 기법에서는 기존의 단백질 상호작용 네트워크에서 주로 사용하는 단백질 상호작용 정보뿐 아니라 단백질 상호작용에 영향을 미칠 수 있는 개개 단백질의 물리 화학적 특성 및 위치 정보와 상호작용의 환경 정보도 단백질 상호작용 네트워크 구성에 활용한다. 제안된 네트워크상에서 생물학자는 단백질 상호작용 네트워크 구성 조건을 변경하거나 얻어진 네트워크에 변경을 가하면서 점차 자신이 원하는 의미 일은 대사경로 모델을 찾거나, 제약조건의 다양한 조작을 통하여 생물학적 실험을 통하여 얻어진 대사모델의 유효성을 검증하는 것도 가능하다.

• Journal of the Korean Institute of Intelligent Systems
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• v.14 no.5
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• pp.545-550
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• 2004

The study of available genotypes (biodiversity analysis) in bacterial communities is of growing importance in several fields such as ecology, environmental technology, clinical diagnostics, etc. These culture-independent genotyping techniques, especially amplifying 16S rRNA genes, attempt to overcome some shortcomings of conventional cultivation method. Biodiversity analysis based on molecular technique were laborious for base-calling chromatogram, trimming primer sites, correcting strand directions, electing representative operation taxonomic units (OTU), etc. Also, biologists wanted intuitively to confirm results of the above processes. For making up these demands, we developed the web application based on Folder-Process-Filter (FPF) modeling with correspondence to classical Model-View-Controller model. The model of web application leads to keep virtues of simplicity and directness for development and management of the stepwise web interfaces. The web application was developed in Perl and CGI on Linux workstation. It can be freely accessed from http://home.pusan.ac.kr/～genome/tools/rat.htm.

• Ecology and Resilient Infrastructure
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• v.2 no.3
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• pp.191-197
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• 2015

Invasive alien species are considered to be one of the main factors that cause biodiversity loss. Establishment of management strategies through continuous monitoring and risk assessment is a key element for invasive alien species management policy. In the present study, we introduce examples of ecological risk assessment tools developed in Japan, Germany-Austria and Belgium. Invasive alien species have been designated in Japan based on the assessment of risks to ecosystems, human health and primary industry. German-Austrian Black List Information System categorized alien species into Black List, White List and Grey List according to their risks to biodiversity. In the Harmonia Information System developed in Belgium, invasiveness, adverse impacts on native species and ecosystem functions and invasion stages were assessed and alien species were categorized into Black List, Watch List and Alert List. These international risk assessment tools may be helpful to improve our national risk assessment protocol for the prioritization of invasive alien species management.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2011.10a
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• pp.9-9
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• 2011

제주지역은 8,000여종의 생물종다양성 자원을 가진 생물유전자원의 보고로 알려져 있으며, 종다양성자원을 활용한 산업개발 잠재력이 크다고 평가 받고 있다. 특히 아열대 생물자원에 대한 산업개발 가치는 매우 높다 할 수 있다. 현재, 제주지역 생물산업 분야 연구인력은 430여명, 연간 학 석 박사 졸업생은 600여 명으로 전문인력 배출면에서 양적으로는 풍부한 상황이며, 도내 생물산업 관련 연구기관은 45개로 양적으로는 적은 편이 아니나 질적인 측면에서는 기술혁신역량이 다소 부족 형편이다. 도내 생물산업체는 250여 개로 대부분 저부가가치 농수산물 단순가공 및 식품가공업이나, 최근에 향장품산업체를 포함하는 중견기업이 유치되고 있다. 특히, 지방산업기술 혁신을 통한 지역 산업간 기술 격차를 완화하여 광역경제권 실현을 앞당기고 지역 균형발전 및 지역경제 활성화에 기여하기 위한 사업으로 제주의 다양한 생물자원을 활용한 건강 뷰티 생물산업을 지역 특화산업으로 육성하기 위해 산업화 소재를 발굴하고 기술개발을 전담하는 연구기관이 절실하게 필요함에 따라 국가균형발전 및 지역산업기술 고도화를 위한 지식경제부의 지자체연구소육성사업계획으로 제주생물종다양성연구소가 설립되었으며, 본 연구소에서는 생물자원 정보 구축, 보존 관리 체계 확립으로 생물주권을 확보하고 1, 3차산업 중심의 산업구조를 개선 및 기업 유치 보육을 통한 건강 뷰티 생물산업 육성을 목표로 고용창출 및 균형발전에 이바지 하고 있다. 현재, 제주생물종다양성연구소는 (재)제주테크노파크 부설연구소로 통합 운영 중에 있으며, 제주 향토생물자원 산업화 거점 연구기관으로서 제주자생식물 및 잉여 농수산물을 활용한 기능성 제품 개발 지원, 향토생물자원 발굴 및 고부가가치 산업 소재화 기술개발을 통해 향토산업 육성 등 지역 경제발전에 이바지하고 있다. 이에 본 연구소에서 수행 중인 제주 특산 향토자원을 이용한 산업화 현황을 소개하고자 한다.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2019.10a
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• pp.4-4
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• 2019

과학기술의 발달로 인해 국민의 생활수준 향상과 건강에 대한 관심 증대 등으로 인해 화장품을 비롯한 향장품산업, 기능성식품 및 천연물 신약 등에 대한 자원식물 유래 천연물질 수요가 증가되고 있다. 자원식물을 활용한 기능성 제품의 개발은 국민의 건강증진 뿐만 아니라 국제경쟁력 강화나 윤택한 삶의 추구에도 절대적 역할을 할 것으로 기대되고 있으며, 이러한 수요에 따라 제주의 특산 또는 우수 자원식물을 활용한 생리활성 물질에 대한 연구들이 활발하게 진행되고 있다. 우리나라에 자생하는 관속식물은 총 4,500여 종으로 국가생물종목록에 작성되어 있으며 제주의 생물자원 중 관속식물은 해발 1,950m 한라산의 영향으로 2,200여 종이 분포한다고 최근 기록되고 있다. 이 중 식용 및 약용으로 활용 가능성을 갖고 있는 식물자원들도 약 800여 종이 분포한다고 보고되고 있다. 이들 자원은 대한약전, 생약규격집, 중약본초, 중약대사전 등 문헌에 근거한 자원으로 공정서에 수록된 약용식물 약 500여 종 중 제주 분포 약용식물도 217종으로 조사되고 있다. 이러한 제주의 약용식물 자원은 다양한 한의약재로 활용되고 있으며 민간약으로 활용되는 약용식물도 170여 종이 포함되어 있다. 특히, 최근에는 나고야의정서 발효에 따른 자원전쟁이 시작되어 자원식물을 포함한 생물자원 관리의 중요성이 그 어느 때보다 부각되고 있어 각 지역마다 자생 생물자원에 대한 주권을 확보하기 위한 연구들이 많이 추진되고 있다. 이와 더불어 지자체연구소인 생물종다양성연구소에서도 제주에 분포하는 자원식물들에 대한 주권 확립을 위한 생태사진 900여 종, 표본 1,400여 종, 유전자 정보 800여 종 등을 확보하고 있으며 추출물 2,000점을 확보하여 산업소재화 연구를 추진하고 있다. 저자는 여기에 제주의 자원식물을 활용하여 화장품 원료등재, 건강기능식품개별인증 소재 및 천연의약품 소재 등 산업소재화 연구를 수행했었던 생물종다양성연구소의 연구 결과를 소개함으로써 유사한 목적으로 연구를 수행하는 대학, 연구소 및 기업으로의 정보를 제공하여 제주의 자원식물을 활용한 산업소재화 분야에 작은 도움이나마 제공하고자 한다.

• Journal of Scientific & Technological Knowledge Infrastructure
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• s.10
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• pp.76-93
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• 2002

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.10c
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• pp.289-291
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• 2002

생물다양성정보는 크게 종(species) 정보와 내용(content) 정보로 나눠 데이터베이스화한다. 이때, 분야별 데이터베이스 통합은 종에 대한 횡적인 통합과 내용에 대한 종적인 통합이 동시에 이루어지며, 분류학자들에 의해 정의된 항목과 국제적인 GSD(Global Species Database) 구축의 표준이 되는 내용들을 기반으로 구성요소들의 표준화 정의와 XML기반 표준 DTD를 작성한다. 또한 분산되어 있는 데이터베이스를 대상으로 통합 검색이 가능하도록 Mediator기법을 적용하여 관리시스템을 설계하였다.

• Korean Journal of Environmental Biology
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• v.32 no.4
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• pp.397-402
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• 2014

In June 1992, Convention on Biological Diversity (CBD) was concluded by 158 countries in Rio de Janeiro. And now, 194 member nations are participating in discussions for their own profit. Recently, Nagoya Protocol regarding Access to genetic resources and Benefit-Sharing (ABS) was approved and took effect from October $12^{th}$, 2014. Thus, it is important to understand the impact of CBD and ABS functioning on researchers studying marine biodiversity. Until now, in the previous Conference of the parties to the Convention on Biological Diversity, the interest towards researching marine and marine living resources was relatively low, and accordingly, the discussions regarding marine and marine living resources were delayed. However, in the $12^{th}$ Pyeongchang Conference of the Parties to the Convention on Biological Diversity, the arguments concerning Ecologically or Biologically Significant marine Areas (EBSA) and the other marine related issues were discussed. Although, South Korea has not yet officially joined Nagoya Protocol, however the consultations in regard to Prior and Informed Consent (PIC), Mutually Agreed Terms (MAT) and Global Multilateral Benefit-Sharing Mechanism (GMBSM) were discussed. We belive that as a possessing nation of biological resources, South Korean government authorities should revise their management systems protocol and regulations concerning domestic biological resources, in order to strengthen the information system and help academia and industry to utilize the biological resources abroad easily and effectively.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.04b
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• pp.313-315
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• 2004

SNP(Single Nucleotide Polymorphism)은 생물학적 다양성에 관한 연관성 연구(Association Study)에서 이용되어지고 있다. haplotype을 구하기 위해 genotype data를 Haplotype Reconstruction을 하여 한 가닥씩 분리를 한다. Haplotype Reconstruction의 방법은 생물학적 접근법(molecular method)과, 계산적 접근방법(in-silico method)으로 연구되고 있다 계산적 접근법은 생물학적 접근법에 비해 적은 비용과 시간이 소요되는 장점을 지니지만, phase problem으로 인하여 생물학적 접근법에 비해 정확도가 낮다는 단점을 갖는다. 이런 문제를 해결하기 위한 설러 알고리즘들과 프로그램들이 연구 및 개발되고 있다. 본 논문에서는 현재 개발된 프로그램들에 대해서 다양한 테스트를 통한 각 프로그램의 성능 비교를 하였고, 특성과 문제점을 파악하였다.

• Journal of Scientific & Technological Knowledge Infrastructure
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• s.10
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• pp.12-25
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• 2002