• 한국지리정보학회지
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• 제26권4호
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• pp.80-96
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• 2023

인간의 활동 영역과 도로의 확장으로 인한 생태공간의 손실과 단절은 생물다양성에 부정적 요소이다. 특히 토지의 이용과 피복이 급속하게 변한 도시의 시가화지역은 생태공간의 손실과 고립으로 야생생물의 서식이 어려운 지역이다. 또한 도시화에 따른 생태공간 손실과 단절은 생태계서비스에 부정적 영향을 미칠 수 있다. 그러므로 도시와 국토의 생물다양성 및 생태계서비스 증진을 위해 도시의 현황을 반영한 실용적 생태축 구축이 필요하다. 따라서 본 연구는 대구·경북권역 기초자치단체의 도시생태축 관련 공간계획 수립에 활용할 수 있는 생태공간의 연결성과 산림축을 분석하여 제시하였다. 생태공간 연결성은 대구·경북권역 31개 기초자치단체의 산림과 자연지역으로 구분하여 토지피복도를 활용하여 분석하였다. 그리고 대상지를 20,483개의 1km² 육각형 격자로 나누고 생태공간의 100m 이내 단절에 대한 복원 효과를 공간 군집화하여 복원 중점지역을 시각화하였다. 산림축은 100ha 이상 산림 1,534개를 연결하는 선형을 토지피복, 건축물 면적, 경사 등 지역 현황을 반영하여 도출하였다. 연구 결과는 생태공간의 연결성 개선을 위한 공간계획 및 목표 수립과 복원지역 선정의 기초자료로 활용할 수 있을 것으로 기대된다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2003년도 제2차 연례학술대회 발표논문집
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• pp.114-119
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• 2003

단백질 구조를 비교하는 방법은 단백질 구조를 표현하는 기술에 따라 다양하게 존재한다. 일반적인 단백질 구조 정렬방법은 단백질 구조를 원자 또는 Residue를 기준으로 표현하고, 표현된 두 구조사이의 일치된 부분을 찾는 방법과 단백질 구조를 단백질 이차구조요소로 표현하고 표현된 두 단백질 구조를 정렬하는 방법으로 크게 구분된다. 이러한 단백질 구조 비교 방법은 단백질 구조의 유사성을 측정하는 과정에서 많은 시간을 요구할 뿐만 아니라 PDB에 저장된 데이터가 증가함에 따라 보다 많은 단백질과 비교가 요구된다. 따라서 대용량의 단백질 구조 데이터베이스를 대상으로 효율적으로 단백질의 유사 부분구조를 찾을 수 있는 방법이 필요하다. 본 논문에서는 단백질 구조 비교를 보다 빠르고 효과적으로 수행하기 위하여, 기존의 단백질 이차구조 기반의 구조 표현 방법인 PSAML을 확장하여 단백질 이차구조가 가지는 공간상의 정보를 내포한 Topology String을 생성하고 이를 이용하여 대용량의 단백질구조 데이터베이스에서 유사성이 높은 단백질 구조를 필터링하는 방법에 대하여 기술한다. Topology String은 단백질 이차구조를 하나의 문자로 기술하여 아미노산 순서와 위상학적인(공간적인) 정보를 바탕으로 단백질 구조를 표현하여, 단백질 이차구조를 이용하여 구조 비교를 수행하기 이전에 유사성이 높은 단백질 구조를 신속하게 찾아내는데 효과적으로 적용될 수 있다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제60권2호
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• pp.113-117
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• 2017

생물학적정화는 미생물을 이용하여 중금속을 포함한 오염물질을 정화하는 방법이다. 효모는 다양한 중금속을 흡착하여 정화하는 능력이 우수하다고 잘 알려졌다. 따라서 본 연구는 여러 중금속 중 하나인 아연에 저항성인 큰 효모를 인위적인 돌연변이를 통해서 얻는 것에 초점을 두었다. 대조구인 효모를 1 mM 농도의 아연이 포함된 배지에서 키운 후 점차 아연의 농도를 높여 최종적으로 80 mM이 되는 지점까지 키웠으며 이 농도는 효모가 점진적 적응을 거쳤어도 성장이 불가능한 한계점 근처이며 이렇게 유도 분리된 효모를 ZnR이라 명명하였다. ZnR은 대조구 효모보다 아연에 대한 저항성이 현저히 증가되었으며 이 외에 카드뮴과 니켈에 대한 저항성도 증가되었지만 구리에 대한 저항성은 오히려 감소 되었다. ZnR이 보여준 아연에 대한 저항성 증가는 유전자 돌연변이에 의한 영구적인 획득 결과이다. 단 기간 내에 아연에 대한 저항성 큰 효모의 인위적인 유도 및 분리는 생물학적정화 연구에 유용하게 쓰여질 정보이다.

• 생명과학회지
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• 제26권12호
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• pp.1487-1497
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• 2016

정족수 인식 체계라 불리는 세균들의 세포간 의사교환 전략은 다양한 유전자의 발현조절을 통해, 생물막 성숙, 세포 외 고분자물질의 생산, 병원성 발현 및 항생제 생산 등과 같은 다양한 표현형을 조절하는 세균의 다세포성 행동 양식을 제어한다. 다수의 연구에 의하면 많은 종류의 그람 (Gram)음성 세균들이 정족수 인식체계에 필요한 신호전달 물질로 acyl-homoserine lactones (AHLs)를 사용하고 있으며, 이들은 생물막 형성에 중요한 인자로 작용함을 시사하였다. 이러한 정족수 인식체계에 의한 생물막의 형성은 물이 존재하는 모든 표면환경에서 불필요한 바오매스 축적이라는 심각한 기술적, 경제적 문제를 초래하고 있다. 최근 정족수 인체 체계를 교란하는 다수의 물질들이 다양한 미생물로부터 발견되어, 그들의 정족수 인식 체계와 관련된 주요 기능과 기작들이 밝혀지고 있다. 이러한 정족수 제어 물질들은 최근 다양한 산업에서 발생하는 생물 부착현상들을 제어할 수 있는, 환경 친화적이며 세균의 항생제 다재 내성을 완화 시킬 수 있는 새로운 방법으로 대두되고 있다. 따라서 본 논문은 세균의 정족수 인식 체계와 관련된 최근 정보, 정족수 인식 신호를 제어할 수 있는 정족수 제어 효소와 이러한 기술을 이용한 생물 부착 저해 방법 등을 논의하고자 한다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제12D권4호
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• pp.553-568
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• 2005

분산된 생물 정보원을 물리적으로 혹은 가상적으로 통합하기 위해서는 정보원들의 이질성을 해결해야 하며, 사용자의 다양한 요구를 수용할 수 있도록 범용성과 적응력이 뛰어나야 한다 본 논문에서는 데이터는 물론 응용 프로그램의 통합을 위한 미들웨어를 설계함에 있어서 랩퍼 시스템에서의 융통성 있는 범용 XML 질의 처리 엔진을 제시한다. 제시된 질의 처리 엔진은 사용자 정의 XML 뷰를 지원함으로서 융통성 있는 통합 질의 구성을 가능하게 한다. 질의 처리 과정은 뷰 합성, 지역 정보원에 대한 질의 변환, 그리고 결과 문서 생성과정을 동반하는데, 이를 위해 XML 뷰와 XML 질의어를 뷰 트리로 표현하는 XML 뷰 트리 기반의 질의 처리 모델을 제시한다. 그리고 제시된 질의 처리 모델의 범용성을 확인하기 위해 관계형 데이터베이스와 웹 정보원, 그리고 응용 프로그램에 대하여 정보원의 질의 결과 형이 관계형 튜플과 XML 문서인 경우에 대한 질의 처리 방법을 제시한다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 1998년도 가을 학술발표논문집 Vol.25 No.2 (2)
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• pp.656-658
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• 1998

환경, 생물 다양성, 기상 등의 많은 과학 자료들을 과학적으로 표현하고 관리하기 위해서는 지리 정보를 사용할 필요가 있다. 이러한 자료 관리 주체 대부분은 환경 단체, 지방 단체, 연구 단체들이고 이러한 단체의 수가 많고 지역적으로 분산되어 있다는 특성이 있다. 때문에 고가의 상업용 GIS 소프트웨어에 의존하여 엄청난 외화 지불을 야기하고 국내 GIS 기반 기술의 축적을 어렵게 하는 현재의 국내 상황은 적절치 않다. 본 논문은 이러한 상황을 타개하기 위한 하나의 대안으로서 공개 소프트웨어 기반한 Web-GIS 시스템 모델을 제안한다. 이 모델에서는 공간 자료 관리를 위해서는 GRASS, 텍스트 및 멀티미디어 자료 관리는 MySQL, 이들을 하나로 통합 운용하고 웹에 접속하기 위해서 GRASSLinks와 CGI를 사용한다.

• 한국습지학회지
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• 제23권3호
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• pp.224-233
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• 2021

본 연구는 "한-아세안 습지 지식공유 플랫폼" 개발을 위해 글로벌 지식공유 플랫폼들을 분석하고, 이해당사자들의 의견을 수렴 하였다. 글로벌 지식공유 플랫폼 분석결과 플랫폼을 지속가능하게 유지하고 활발하게 사업을 수행하기 위해서는 1) 재정지원과 2) 지식 결과물이 중요한 것으로 나타났다. 이해당사자들의 의견 분석 결과 3가지 주요사업(① 한-아세안 지역의 습지 인벤토리 비교분석, ② 습지 연구동향 지식격차 분석, ③ 습지 관련 정보공유 웹인프라 구축)이 제안되었다. 문헌분석과 이해당사자들의 의견을 종합적으로 고려한 결과 "한-아세안 습지 지식공유 플랫폼"은 국제협약(람사르협약, 생물다양성협약)의 목표와 정합성을 갖도록 정의하였고, 생물다양성과학기구를 기반모델로 선정하였다. 본 연구의 플랫폼은 생물다양성과학기구와 동일하게 지식관리, 지식평가, 역량강화, 정책지원, 의사소통과 참여를 핵심목표로 선정하였다. 지식공유 플랫폼은 한-아세안 지역 내에 같은 유형의 습지생태계 관련 지식을 공유하고, 과학기반 정책 수립에 필요한 정보를 제공 할 수 있을 것이다.

• Spatial Information Research
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• 제13권2호
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• pp.167-183
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• 2005

습지는 육상과 수상생태계의 전이지대로 다양한 생물의 서식처이며 생물자원의 보고로서 인간은 물론 육상의 생물들에게도 매우 가치있는 지리적 공간이다. 본 연구에서는 내륙습지를 대상으로 수치고도모델과 GIS 분석기법을 이용하여 효율적인 습지 관리권역 설정 방법을 연구하였다. 수치고도모델을 이용하여 소하천 유역단위로 관리 권역을 설정하기 위한 방법으로 BurnDEM기법을 사용하였다. 또한 내륙습지 분포도를 18개의 소하천 유역으로 분류한 유역도와 중첩하여, 내륙습지의 관리권역의 효율성을 평가하였다. 이러한 소하천 유역 관리권역 설정 기법은, 앞으로 진행될 국가 내륙습지 데이터베이스 구축 사업에 활용될 수 있다.

• 한국정보기술학회논문지
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• 제17권12호
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• pp.21-28
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• 2019

약물 부작용이란 질병의 예방, 진단 또는 치료에 사용된 약물로부터 발생한 유해하고 의도하지 않은 현상이다. 이러한 부작용은 환자를 죽음에 이르게 할 수 있으며, 약물 개발 실패의 주요 원인 중 하나이다, 따라서, 다양한 방법들이 부작용을 알아내기 위하여 시도되었다. 본 연구에서는 시스템스 바이올로지 접근법을 기반으로 기존 연구에서 주로 사용되었던 화학적 구조, 생물학적 정보 이외에도 다양한 표현형 정보를 사용하는 것에 주목하였다. 먼저, 5가지 적응증 데이터베이스, 화학적 구조, 타겟 유전자 정보를 수집하고 개별로 유사도를 계산하였다. 테이블은 하나의 약물-부작용에 대하여 앞서 생성된 유사도를 이용하여 생성되었고 다양한 기계학습 기법이 적용되었다. 결과는 AUC(Area Under the ROC Curve)값을 통해 확인하였다. 본 연구의 유의성은 비교 실험을 통하여 확인하였다.

• 환경생물
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• 제40권1호
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• pp.99-111
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• 2022

생태계를 구성하는 주요 요소인 식생은 생물다양성 보전과 지속가능 발전의 기반으로 보전의 필요성이 높다. 개발로 인한 자연훼손을 방지할 수 있는 가장 직접적이고 효율적인 정책 수단인 환경영향평가에서 식생 관련한 평가는 정량적·객관적이지 못한 한계가 존재한다. 또한, 영향평가가 보호종의 존재 여부에 집중되어 있어 광역적 차원에서 서식처로서 식생의 역할을 고려하지 못하고 있다. 본 연구에서는 다양한 공간데이터를 활용하여 개발사업으로 인해 식생이 받는 영향을 다각도로 검토하고 향후 식생 환경영향평가의 정량화·고도화에 기여하는 것을 목표로 한다. 이를 위해 선행연구 검토를 통해 거시적인 측면에서 식생 영향평가 시 다루어야 하는 항목으로 현재 활용하고 있는 식생보전등급 외에 핵심 면적, 연결성, 식생상태를 도출하였다. 각 항목을 토지피복도와 위성영상을 활용하여 공간적으로 구축하고 시계열 변화분석을 수행하였다. 연구 결과, 모든 항목에서 개발로 인해 식생이 지속적으로 악화되고 있으며, 특히 환경영향평가 대상사업지 내부뿐 아니라 주변 지역에도 악영향이 있음을 규명하였다. 본 연구를 통해 데이터를 기반으로 한 식생부문 환경영향평가의 개선방향을 제시하였으나, 실제 환경영향평가에 적용하기 위해서는 보다 구체적인 방법론이 정립될 필요성이 있다. 다양한 환경공간자료를 적극 활용하여 개발사업으로 인해 자연생태계가 받는 영향을 보다 정량적·과학적으로 평가함으로써 개발사업이 자연생태계에 미치는 영향을 최소화하고, 효과적인 저감대책 수립에 기여할 수 있을 것이다.