• Journal of Scientific & Technological Knowledge Infrastructure
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• s.13
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• pp.102-109
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• 2004

생명정보 인프라 구축을 통해 바이오인포매틱스 핵심기술을 축적함으로써 생명정보 전반의 기반기술을 구축할 것이다. 유수 생명정보 데이터베이스에 대한 향상된 검색기능을 제공하고 새로운 개념의 통합검색 관리시스템을 구축함으로써 관련 연구자들의 연구능력을 고취함과 동시에 독창적인 검색시스템으로 보다 풍부한 연구기회를 부여하여 국내 생명정보 연구에 기여할 것이다.

• Journal of Scientific & Technological Knowledge Infrastructure
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• s.12
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• pp.108-117
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• 2003

대용량의 생명정보 데이터의 분석과 새로운 지식 추출을 지원하기 위해 생명정보 데이터의 저장과 관리를 책임지는 데이터베이스의 역할은 생명정보학 분야에서 더욱 중요해 지고 있다. 그러나 최근 새롭게 출현한 생명정보 데이터의 저장 관리는 생명 정보 데이터의 고유한 특성과 이러한 데이터의 특성을 이해하기 위한 생물학적 지식의 요구로 인해 많은 문제점과 어려움이 발생되고 있다. 따라서 이 원고에서는 생명정보 데이터를 관리하기 위해 데이터베이스 분야의 최근 연구 현황과 연구방향을 제시한다.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2002.06a
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• pp.89-104
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• 2002

유전체연구사업단은 국내에서 발병 및 사망빈도가 가장 높은 위암과 간암의 퇴치를 목적으로 국가적 특목전략사업으로 연구를 추진하고 있다. 이와 별도로 보건복지부에서는 22개의 중요 질병별 유전체 연구센터를 전국적으로 추진하고 있다. 따라서, 연구가 성공적으로 진행되면 각 연구소에서 독자적으로 개발하여 제공하는 생명정보의 양은 거의 무한에 이를 것이다. 그러나 생명정보는 환자진료에 도움을 주기 위해서는 궁극적으로 임상정보와 함께 유기적으로 통합되어야 한다. 임상정보와의 통합을 위해서는 의료기관의 진료정보와 연구소의 생명정보가 연계되어 엄밀한 임상실험이 추가적으로 실시되어야 한다. 뿐만 아니라 생명정보학의 발전을 위해서는 연구대상의 임상정보가 공유되어야 한다. 유전체정보를 이용하는 생명정보학(Bioinformatics)은 각 국가마다 전략사업으로 간주하여 막대한 투자가 이루어지는 새로운 분야이다. 현재 선진국에서 개발 사용 중인 시스템의 연간 사용료가 고가이므로 국내 도입은 거의 불가능하거나 또는 매우 비효율적이다. 유전체 또는 생명정보의 임상활용 및 생명정보연구를 위한 임상정보 공유를 위해서는 우선 다음의 사항이 개발되어야 한다. 1) 다음과 같은 개별환자의 정보를 각 의료기관에서 제공 받아 저장 활용한다. - 진찰 및 임상소견, 수술기록, 경과기록, 검사결과 (임상병리, 해부병리, 방사선 등), - 영상정보 (X-ray, CT, MRI, 초음파, 전자현미경, 그래픽 등), - 환자개인기록(병력, 과거력, 가족력, 알러지 등), - 예방접종 기록 2) 각 연구소에서 첨단기술을 이용하여 개발되는 생명정보를 임상에 활용하기 위해서는 유전체연구센타와 병원간에 임상정보와 유전체 분석정보의 공유가 필수적으로 발생하게 됨으로, 유전체 정보와 임상정보의 통합은 미래 의료환경에 필수기능이 될 것이다. 3) 각 생명공학 연구소에서 사용하는 첨단 분석 장비와 생명공학 정보시스템의 자동 연계가 필요하다. 현재 국내에는 전국적인 초고속정보망이 가동되어 웹을 기반으로 하는 생명정보의 공유는 기술적으로 문제가 될 수 없으나 임상정보의 유전체연구에 그리고 유전체연구정보의 임상활용은 다양한 문제를 내포하고 있다. 이에 영상을 포함한 환자정보의 유전체연구센터와 병원정보시스템과의 효율적인 연계통합 운영을 위해 국내에서는 초기 도입단계에 있는 국제적인 보건의료정보의 표준인 Health Level 7 (textural information 공유), DICOM (image 및 wave 공유), 관련 ISO표준, WHO의 ICD9/10 (질병분류), LOINC (검사 및 관련용어), SNOMED International (의학용어) 등을 활용하여야 한다.

• Annual Conference of KIPS
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• 2007.11a
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• pp.452-455
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• 2007

생명과학 기술의 급속한 발달로 인류 복지 증진에 많은 기여를 하였지만 아직도 각종 질병 등으로 많은 사람들이 고통 받고 있으며, 이를 극복하기 위한 연구 및 기술개발은 세계 각처에서 계속되고 있다. 이러한 연구 및 기술개발의 결과로 산출되는 생명정보 데이터의 양은 기하급수적으로 증가하고 있기에 이런 방대한 양의 생명정보 데이터를 분석하고 분석된 데이터에서 인류 복지에 유용한 정보를 얻기 위한 생명정보학(Bioinformatics)이 등장하게 되었다. 이에, 한국과학기술정보연구원(KISTI)은 IT 기반 생명정보 인프라 구축의 중심기관으로 CCBB(Center for Conputationa Biology & Bioinformatics) 웹사이트를 운영하고 있다. CCBB는 전산학적인 기술을 이용한 생명현상 연구를 지원하기 위하여 21종의 생명정보 콘텐트(DB 및 분석도구)를 수집 분석 구축 제공하고 있다. 이 중에서 GenBank, PDB, PIR, Swiss-prot 등의 데이터베이스는 KISTI에서 개발한 KRISTAL 검색엔진을 통하여 국내에서도 빠르고 쉽게 검색 가능하도록 자체 구축하고 있으며, 이와 더불어 BLAST, FASTA, ClustalW 등의 주요 분석 도구 또한 제공하고 있다. 본 논문에서는 CCBB에서 제공중인 21종의 콘텐트 중에서 GenBank, REBASE, GeneCards, InterProScan 등 4종의 대용량 고효율 생명정보 콘텐트의 소개 및 업데이트 방법에 관한 내용을 기술하고자 한다.

• Annual Conference of KIPS
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• 2009.11a
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• pp.783-784
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• 2009

최근 생명과학의 연구가 복잡하고 다양해짐에 따라 생명과학 기술(BT)과 정보기술(IT)를 결합한 생명정보학의 중요성이 부각되고 있다. 생명정보학을 통해 연구가 진행됨에 따라 생명 정보 데이터의 양이 더욱 방대해지면서 이를 다루는 방법들과 제공원 또한 다양하게 존재하게 되었다. 생명 정보 데이터들은 그 특성과 구성이 복잡하여 그에 맞는 다양한 데이터베이스를 이용하며, 이를 연동하기 위한 통합적인 생명 정보 검색 시스템도 계속해서 연구되고 있다. 본 논문에서는 생명 정보를 다루는 연구 분야에서 연구의 효율성과 확장성을 위한 생명 정보 검색 제공원을 주목하여 그 종류와 시스템 특성에 대해서 설명한다.

• Annual Conference of KIPS
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• 2005.05a
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• pp.585-588
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• 2005

연구자들이 국외 생명과학관련 문헌정보를 찾으려면 PubMed와 같은 세계적인 문헌정보서비스를 많이 이용하며, 국내 생명과학관련 문헌정보를 찾으려면 KISTI 학회마을, KoreaMed 등 여러 사이트를 방문해야 한다. 이에 생명과학관련 연구를 원활히 수행할 수 있도록 생명정보 데이터베이스와 분석도구를 서비스하고 있는 KISTI 바이오인포매틱스센터(CCBB) 홈페이지에서 인터넷상의 Open Access 문헌정보와 국내 학회정보를 수집하여 메타 데이터베이스를 구축하여 서비스하고자 한다. 또한 생명과학 관련 주제별 Open Archiving 커뮤니티의 구성과 운영을 통한 연구자간의 정보교환을 유도하고, 더불어 논문뿐만 아니라 세미나, 연구노트 등의 최신의 연구정보를 공유할 수 있도록 본 프로토타입 시스템을 설계하였다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2007.11a
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• pp.3-6
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• 2007

KISTI(Korea Institute of Science & Technology Information) CCBB(Center for Computational Biology and Bioinformatics) Website has been providing bioinformatics contents(databases and analysis tools) services to construct IT-based bioinformatics infrastructure. It also carries out the services to support domestic bioinformatics R&D activity and to construct the infrastructure. But, these services are not actively available because this CCBB website is not wellknown to users. Therefore, we performed the user survey for the researchers who are studying in the field of biological science. The items of this survey consist of subjects on bioinformatics databases, analysis tools and BioInfoNet. After the user survey is rearranged and analyzed, the result of survey will be used to provide the good service to the users who are need of bioinformatics infrastructure such as databases and analysis tools etc.

• Journal of Information Management
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• v.40 no.1
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• pp.157-181
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• 2009

As the information technology is evolved and the human genome project is finalized over the world, the Bioinformatics - the integration of abundant Biological science and information technology - has shown up and is continuously being advanced. Together with the evolution of Bioinformatics, the websites dealing with Bioinformation have been set up to provide relevant information to the Bioscientists. Among the numerous global websites, the preferred websites by the majority of domestic Bioscientists are BRIC (Biological Research Information Center) of POSTECH(Pohang University of Science and Technology) in Korea, CCBB(Center for Computational Biology and Bioinformatics) of KISTI(Korea Institute of Science and Technology Information), KOBIC(Korean Bioinformation Center) of KRIBB(Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology), NCBI(National Center for Biotechnology Information) in USA, EBI(European Bioinformatics Institute) in Europe and DDBJ(DNA Data Bank of Japan) in Japan. In this paper, the comparative analysis was executed by investigating contents status and functions of the above-mentioned 6 websites. In addition, questionnaire survey of Bioscience Researchers' utilization status and their needs to those 6 websites was conducted.

• Annual Conference of KIPS
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• 2005.11a
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• pp.635-638
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• 2005

근래 들어 생명과학 및 생명정보에 대한 관심이 높아지면서, 활발한 연구 활동의 결과물로 많은 정보를 얻을 수 있게 되었다. 방대한 생명정보를 분석할 수 있는 많은 알고리즘이 개발되었으며, 웹 기술이 발달함에 따라 생명정보의 활용도가 높아져서 다양한 방법으로 정보 서비스가 가능하게 되었다. Web Services는 XML, SOAP, WSDL, UDDI를 사용하는 분산 컴포넌트 기반의 컴퓨팅 기술로 서비스를 제공하는 Service Provider와 서비스 제공자의 정보를 저장하는 Service Registry 및 서비스를 사용하는 Service Requestor로 구성된다. 본 논문에서는 바이오인포매틱스 분야에서 Web Services를 구성하는 모든 요소들을 개발한다. 특히 One-Stop Web Services는 GUI 환경의 인터페이스로 사용자에게는 용이한 실행 환경을 제공하고 있으며, Web Services 개발자에게는 사용자 인터페이스 개발 부담을 줄일 수 있다.

• Journal of Information Management
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• v.36 no.2
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• pp.125-151
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• 2005

The eight types of Korean bibliographic information of biology and life science are included in PubMed that serves universal medical bibliographic information. Other domestic bibliographic information are served on its own format at different organizations. To fulfill the CCBB homepage user's request that it is necessary that integration of bibliographic service for quick acquisition of research information, we intends to construct metadata registry and service about bibliographic information of biology and life science. This paper describes the design and implementation of bibliographic information network prototype for biology and life science that can be used to share latest research result, seminar presentation data, research note, and research paper etc as well as to exchange information between researchers through Open Archiving Community.