• 제목/요약/키워드: 분자진화

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방향성 분자진화에 의한 음이온에 안정한 Papain 개발 (The DeveloDment of PaDain which is Extremely Stable to Negative Ionic Environment by Directed Molecular Evolution)

  • 강환구;황선덕;김형식;정종식;이병욱
    • KSBB Journal
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    • 제21권5호
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    • pp.394-400
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    • 2006
  • 이 연구의 최종 목표는 방향성 분자진화기술(directed molecular evolution)을 이용한 음이온에 안정한 papain의 개발이다. 음이온 안정성 papain 생산을 위한 유전자의 방향성 분자진화 방법 개발이 이루어졌으며 분자진화된 음이온 안정성 papain의 스크리닝 방법 개발됐다. 분자진화된 papain의 아미노산 서열 및 특성 분석과 분자진화된 재조합 papain의 생산방법 확립되었다. 분자진화된 재조합 papain의 formulation 및 제품 적용화 기술 개발이다. 연구 결과 Papain petidase IV 유전자의 확보 및 발현 균주 개발하였고 음이온 안정성 papain 유전자를 얻기 위한 분자진화의 방법 개발 및 조건 확립하였다. 분자진화 방법으로 error prone PCR 방법 확립, DNA shuffling을 통한 mutagenesis 방법 확립, staggered extension process 방법 확립 및 분자 진화된 음이온성 안정성 papain의 효율적 스크리닝 방법 개발하였다. Skim milk agar plate 이용, 활성 및 안정성이 뛰어난 개량형 papain을 Filter paper방법을 이용하여 screening 방법을 개발하였다.

MDL원리에 기반한 모델 선택을 포함한 분자 wDNF 기계에서의 분자 EDA (Molecular EDA with model selection based on MDL principle in molecular wDNF machine)

  • 이시은;장병탁
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2006년도 한국컴퓨터종합학술대회 논문집 Vol.33 No.1 (A)
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    • pp.49-51
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    • 2006
  • 분자 wDNF기계를 통해 해 집단을 병렬적으로 탐색하여 유망한 텀들을 선택한 후 그를 구성하는 변수들의 분포를 평가, 확률 모델을 확립하고 그로부터 다음 세대의 해 집단을 구성함으로써 진화 알고리즘의 확장인 EDA을 DNA컴퓨팅으로 모델링한다. 또한 희박한(sparse) 해 집단에서 간략한 (parsimonious) wDNF모델을 항께 찾으므로 단순히 해 집단의 분포만을 진화시켜 나가는 것이 아니라 모델의 구조도 같이 최적화 시켜 나가는 방안을 제시한다.

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SPHEREx Galactic Science: Ice Evolution from Molecular Clouds to Protoplanetary Disks

  • Lee, Jeong-Eun
    • 천문학회보
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    • 제43권1호
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    • pp.48.1-48.1
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    • 2018
  • SPHEREx의 중요 임무 중 하나는 $0.75{\mu}m$$5{\mu}m$ 사이에서 $H_2O$, CO, $CO_2$, XCN, OCS, 그리고 $CH_3OH$와 같은 얼음 분자의 전천 탐사 스펙트럼을 제공하는 것이다. 이러한 얼음 분자는 성간분자운의 먼지 티끌 표면에서 생성되어 별 탄생의 필연적 산물이며, 행성이 형성되는 원시행성계원반에서 다양한 변화를 겪게 되고, 복잡한 유기분자를 합성하게 된다. 하지만 충분하지 않은 관측 자료로 인해, 얼음 분자의 진화에 대한 이해가 미약한 상태이다. 현재까지는 근적외선에서 충분히 밝은 100 여개의 배경별이나 원시성에 대해서만 얼음 스펙트럼을 관측할 수 있었다. SPHEREx를 이용한 고감도 전천 탐사 미션은 약 20,000 여개의 배경별과 원시성에 대해 얼음 분자 스펙트럼을 제공할 것이다. 이렇게 100 배 이상 늘어난 샘플 스펙트럼 수로 인해, 얼음 분자의 진화에 대해서 통계적으로 의미있는 연구가 가능해 질 것이다. 본 발표에서는 SPHEREx의 Ice Program을 소개하고, 기대되어지는 결과에 대해서 논의하고자 한다.

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한국산 꿩의다리속(미나리아재비과)의 cpDNA trnL-F 지역의 분자진화와 유연관계: Indel events의 영향 (Molecular evolution of cpDNA trnL-F region in Korean Thalictrum L. (Ranunculaceae) and its phylogenetic relationships: Impacts of indel events)

  • 박성준;김혁진;박선주
    • 식물분류학회지
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    • 제42권1호
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    • pp.13-23
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    • 2012
  • trnL-F 지역은 엽록체 게놈 large single-copy 지역에 위치하며, trnL gene, trnL intron, trnL-F IGS로 구성된다. 본 연구는 한국산 꿩의다리속 내에서 trnL-F 지역의 분자진화와 유연관계를 분석하였다. 갭형질을 이용한 자료의 베이시안과 파시모니 분석에서 몇몇 indels evolution는 분계조를 지지하여 해상력이 좋은 계통수가 나타났다. 한국산 꿩의다리속 내에 cpDNA trnL-F 지역의 indel events는 계통학적으로 유용한 정보를 가지고 있는 것으로 판단된다. 산꿩의다리절(그늘꿩의다리 제외)은 속내에서 가장 먼저 분기한 것으로 나타났고, 나머지 절은 강하게 분계조를 형성하며 분기하였다. 한국산 꿩의다리속 내에 trnL-F 지역은 뉴클레오티드의 다양한 공간적 분포 변이와 주로 transversion에 따른 염기치환 등 다양한 진화적 패턴을 가지고 있었다.

진화하는 그래프 구조 학습을 위한 부스티드 DNA 컴퓨팅 (Boosted DNA Computing for Evolutionary Graphical Structure Learning)

  • 석호식;장병탁
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2005년도 한국컴퓨터종합학술대회 논문집 Vol.32 No.1 (B)
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    • pp.265-267
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    • 2005
  • DNA 컴퓨팅은 분자 수준(molecular level)에서 연산을 수행한다. 따라서 일반적인 실리콘 기반의 컴퓨터에서와는 달리, 순차적인 연산 제어를 보장하기 어렵다는 특징이 있다. 그러나 DNA 컴퓨팅은 화학반응에 기초한 연산이기 때문에, 실험자가 의도한 연산을 많은 수의 분자에 동시에 적용할 수 있으므로 실리콘 기반의 컴퓨터와는 비교할 수 없는 병렬 연산을 구현할 수 있다. 병렬 연산을 구현하고자 할 때, 일반적으로 연산에 사용하는 모든 DNA 분자들을 대상으로 연산을 구현할 수도 있다. 그러나 전체가 아닌 일부의 분자들을 상대로 연산을 수행하는 것 역시 가능하며 이 때 자연스러운 방법으로 사용할 수 있는 방법이 배깅(Bagging)이나 부스팅(Boosting)과 같은 앙상블(ensemble) 계열의 학습 방법이다. 일반적인 부스팅과 달리 가중치를 부여하는 것이 아니라 특정 학습자(learner)를 나타내는 분자들을 증폭한다면 가중치를 분자의 양으로 표현하는 것이 가능하므로 분자 수준에서 앙상블 계열의 학습을 구현하는 것이 가능하다. 본 논문에서는 앙상블 계열의 학습 방법 중 특히 부스팅의 효과를 DNA 컴퓨팅에 응용하고자 할 때, 어떤 방법이 가능하며, 표현 과정에서 고려해야 할 사항은 어떠한 것들이 있는지 고려하고자 한다. 본 논문에서는 규모를 사전에 한정할 수 없는 진화 가능한 그래프 구조(evolutionary graph structure)를 학습할 수 있는 방법을 찾아보고자 한다. 진화 가능한 그래프 구조는 기존의 DNA 컴퓨팅 방법으로는 학습할 수 없는 문제이다. 그러나 조합 가능한 수를 사전에 정의할 수 없기 때문에 분자의 수에 상관없이 동일한 연산 시간에 문제를 해결할 수 있는 DNA 컴퓨팅의 장정을 가장 잘 발휘할 수 있는 문제이기도 하다.개별 태스크의 특성에 따른 성능 조절과 태스크의 변화에 따른 빠른 반응을 자랑으로 한다. 본 논문에선 TIB 알고리즘을 리눅스 커널에 구현하여 성능을 평가하였고 그 결과 리눅스에서 사용되는 기존 인터벌 기반의 알고리즘들에 비해 좋은 전력 절감 효과를 얻을 수 있었다.과는 한식 외식업체들이 고객들의 재구매 의도를 높이기 위해서는 한식 외식업체의 서비스요인, 식음료요인, 이벤트 요인 등을 강화함으로써 전반적인 종사원 서비스 품질과 식음료품질을 높이는 전략을 취해야 한다는 것을 시사해주고 있다. 본 연구는 대구 경북소재 한식 외식업체만을 대상으로 하여 연구를 실시하여 연구의 일반화와 한식 외식업체를 이용하는 이용 고객들이 한식 외식업체를 재방문하는 재구매 의도가 발생하는데 있어 발생하는 과정을 설명하는 종단적 연구를 실시하지 못한 한계점을 가지고 있다.아직 산업 디자인이 품질경쟁력에 크게 영향을 미치는 성숙단계에 이르지 못하였음을 의미한다. (2) 제품 디자인에게 영향을 끼치는 유의적인 변수는 연구개발력, 연구개발투자 수준, 혁신활동 수준(5S, TPM, 6Sigma 운동, QC 등)이며, 제품 디자인은 우선 품질경쟁력을 높여 간접적으로 고객만족과 고객 충성을 유발하는 것으로 추정되었다. 상기의 분석결과로부터, 본 연구는 다음과 같은 정책적 함의를 도출하였다. 첫째, 신상품 개발과 혁신을 위한 포괄적인 연구개발 프로젝트를 품질 경쟁력의 주요 결정요인(제품의 기본성능, 신뢰성, 수명(내구성) 및 제품 디자인)과 연계하여 추진해야 할 것이다. 둘째, 기업은 디자인 경영 마인드 제고와 디자인 전문인력 양성을, 대학은 디자인 현장 업무를 통하여 창의력 증진과 기획 및 마케팅 능력 교육을, 정부는 디자인 기술개발 및 디자인 교육지원의 강화를 통하여 각각 디자인 경쟁력$\righta

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DNA 코드 유전화 알고리즘을 이용한 퍼지 모델링 (Fuzzy Modeling Using DNA-Coded Genetic Algorithm)

  • 유진영;이연우;주영훈;박진배
    • 대한전기학회:학술대회논문집
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    • 대한전기학회 2003년도 하계학술대회 논문집 D
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    • pp.2295-2297
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    • 2003
  • 본 논문에서는 발생모델인 DNA 코딩 기법과 진화 모델인 유전자 알고리즘을 이용한 비선형 시스템의 퍼지 모델 링에 대한 새로운 방법을 제안한다. DNA 코딩 기법은 실제 생체 분자 (bio-molecule)를 계산의 도구로 사용하는 새로운 계산 방법으로, 진화 연산과 결합하여 인공지능의 새로운 분야로 부각되고 있다. 그러나, 실제 생체 분자를 계산의 도구로 사용하기 때문에 기존의 컴퓨터에 적용하기 어렵고, 단순히 합성과 분리라는 간단한 방법으로 해를 구하기 때문에 보다 효과적인 알고리즘을 개발하여야 할 필요성이 있다. 따라서 본 논문에서는 DNA 코드 유전자 알고리즘을 제안하며, 제안된 방법은 비선형 시스템의 퍼지 모델링에 적용하였으며, 기존의 유전자 알고리즘과 비교를 통하여 그 우수성을 입증하였다.

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The development of modified cellulase with higher activity by directed evolution

  • Kang, Whan-Koo;Son, Jeong-Il;Hwang, Sun-Duk;Kim, Bum-Chang;Kim, Hyoung-Sik;Lee, Byung-Ryul;Lee, Chul-Woo
    • 한국생물공학회:학술대회논문집
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    • 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XIII)
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    • pp.499-503
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    • 2003
  • 본 연구에서는 Trichorderma reerri의 cellobiohydrolase (CBH1) gene을 이용하여 분자진화 방법을 이용한 cellulose분해 활성이 증가된 cellulase 변이체를 선별하고자 하였다. 재조합된 벡터가 도입된 균주의 발현을 SDS-PAGE로 확인한 후, 분자 진화에 의한 cellulase 변이체를 trypan blue staining법으로 cellulase 변이체 228-G2를 선별하였으며, cellulose분해 활성을 DNS법으로도 다시 확인 할 수 있었다. Cellulase 변이체 228-G2의 분해활성 증가율은 original CBH I에 비해 약 300%증가 된 것을 확인하였고, DNA sequence를 확인할 결과 1542bp 중 17개의 염기서열이 바뀐 것을 알 수 있었다.

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