• 한국진공학회:학술대회논문집
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• 한국진공학회 2009년도 제38회 동계학술대회 초록집
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• pp.389-389
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• 2010

우리 연구그룹에서는 분자 소자에서의 소자 구조와 전도도 간의 상관관계를 알아보기 위해서 분자동역학 전산모사와 전자밀도범함수이론 계산 및 전하수송성 계산을 자동으로 수행할 수 있는 소프트웨어를 개발하고 이를 적용해 다양한 나노소자를 연구하고 있다. 본 발표에서는 hexanedithiolate 단일 분자가 Au(111) 전극 사이에서 다양한 S-Au 접점 구조를 가지고 구성된 소자 모델에서 열적 진동이 소자 전도도에 끼치는 효과를 통계적으로 분석하여 단분자 소자 실험에서 제기된 여러 개의 conductance peak의 측정에 대한 논란에 대해 이론적인 규명을 시도할 것이다.

• 한국섬유공학회:학술대회논문집
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• 한국섬유공학회 1998년도 가을 학술발표회논문집
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• pp.244-247
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• 1998

고분자 물질의 물리적 성질은 물질의 화학적 구조뿐만 아니라 분자의 배향과 결정화도와 같은 내부 구조에 의해 크게 영향을 받는다. 상업적으로 생산되는 대부분의 고분자 물질은 강도와 치수 안정성 둥의 물리적 성질을 향상시키기 위해 연신과 annealing의 공정을 통해 분자의 배향과 결정화도를 증가시킨다. 따라서 고분자 물질의 물리적 성질을 이해하기 위해서는 연신과 annealing의 공정에서 수반되는 분자의 배향과 결정화 거동의 내부 구조 변화에 대한 이해가 필수적이다. (중략)

• 한국신재생에너지학회:학술대회논문집
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• 한국신재생에너지학회 2010년도 춘계학술대회 초록집
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• pp.220-220
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• 2010

clathrate compound란 호스트 분자가 수소 결합에 의하여 3차원 골격구조를 만들고, 이 격자 내부의 동공으로 저분자량의 기체 게스트 분자가 포집되며 형성되는 고체 결정 화합물이다. 현재까지 다양한 호스트 분자가 clathrate 화합물을 형성하는 것으로 보고되어 있으며, 이 중 유기물인 hydroquinone 역시 clathrate compound를 형성할 수 있는 것으로 알려져 있다. clathrate compound는 작은 고체 부피 내부에 막대한 양의 기체 분자를 저장할 수 있는 특성을 지니고 있기 때문에, 에너지 가스의 저장/수송이나 혼합 가스의 선택적 분리와 같은 다양한 응용을 위한 연구가 활발히 진행되고 있다. 본 연구에서는 clathrate compound를 형성하는 유기 호스트 분자인 hydroquinone을 이용하여 다양한 기체분자들에 대한 포집 거동을 파악하였다. 순수 기체로는 $N_2$, $H_2$, $CO_2$, $CH_4$의 4종류를 가지고 고압 반응기에서 50bar의 압력, 상온에서의 반응 조건으로 반응을 시켰다. 이렇게 형성된 반응 샘플들은 clathrate 형성 여부(기체의 포집 여부)를 확인하기 위하여 x-ray 회절을 통한 고체 결정 구조 분석을 수행하였다. 또한 순수 기체 이외에 다양한 비율(20%, 40%, 60%, 80%)의 조성을 갖는 $CO_2+N_2$ 혼합가스를 이용하여 clathrate compound의 형성과 조성 분석을 수행하였는데, x-ray 회절 분석과 13C 고체 NMR 분석을 통해 미세 구조 분석 연구를 수행하였고, Raman분석을 통하여 그 조성을 확인하였다. 본 연구에서 얻어진 결과는 기체의 저장/수송이나 혼합 가스의 선택적 분리와 같은 응용 분야에서 중요한 정보를 제공할 수 있을 것으로 기대된다.

• 대한화학회지
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• 제25권4호
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• pp.219-227
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• 1981

Sulfamethoxypyridazine, $C_{11}H_{12}N_4O_3S$의 결정 및 분자구조를 X-선 사진 회절법으로 구성하였다. 결정구조는 직접법으로 밝혀 최소자승법으로 정밀화 하였으며 2615개의 회절 반점에 대한 최종 R값은 0.085이었다. 비대칭단위내의 분자 두개 A와 B는 S-N(2) 결합에 대한 형태가 서로 다른 형태 이성질체를 이루며, N(2A)H${\ldots}$N(3B)와 N(2B)H${\ldotst}$O(1A) 수소 결합으로 연결되어 있다. 벤젠과 피리다진 고리의 면들이 이루는 각은 분자 A에서는 $89^{\circ}$, 분자 B에서는 $77^{\circ}$이다.

• 한국결정학회지
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• 제9권2호
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• pp.114-119
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• 1998

Imperatorin, 9-[(3-methyl-2-butenyl)oxy]-7H-furo[3,2-g][1]benzopyran-7-one의 분자 및 결정구조를 X-선 회절법으로 연구하였다. 이 결정의 분자식은 C16H14O4, 결정계는 삼사정계이고 공간군은 P이다. 단위포상수는 a=11.818(1) , b=11.906(1) , c=11.059(1) 이며, α=96.32(1)o, β=90.74(1)o, γ=64.88(1)o, V=13.993(2) 3, T=293 K, Z=4이다. 구조해석에 사용한 X-선은 CuKα선(λ=1.5418 )을 사용하였다. 구조는 직접법으로 풀었으며 최소자승법으로 정밀화하였다. 최종 신뢰도 R 값은 F0>4σ(F0)인 3951개의 독립회절데이타로 356개 파라메타에 대해 R=7.02%이다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2005년도 가을 학술발표논문집 Vol.32 No.2 (2)
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• pp.241-243
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• 2005

정보생물학 분야에 있어서 분자 구조를 3차원으로 렌더링하여 보여주는 것은 매우 중요한 작업이다. 특히 분자의 표면 렌더링은 분자 구조를 분석 하는데 필요한데, 렌더링을 하는데 있어서 폴리곤이 많이 필요하게 된다. 특히 분자량이 많은 거대 분자를 3차원으로 렌더링 하기 위해서는 고가의 그래픽 전용 워크스테이션을 사용하게 된다. 본 논문에서는 저렴한 일반 PC 급 시스템에서도 거대 분자를 렌더링 할 수 있는 알고리즘을 제안 하였다. 제안하는 알고리즘에는 옥트리(Octree)를 전처리로 사용한 Hybrid Point & Polygon 렌더링 기법을 적용 하였다. 각 렌더링 과정은 최적의 성능을 내기 위하여 GPU가 작업을 처리한다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2002년도 봄 학술발표논문집 Vol.29 No.1 (A)
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• pp.682-684
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• 2002

RNA 분자의 pseudoknot 구조는 이차 구조의 loop에 있는 염기와 이 loop 외부에 있는 염기와의 결합으로 생성되는 삼차 구조 요소이다. pseudoknot은 삼차 구조 형성에 필수적인 구조 요소일 뿐만 아니라, RNA 분자의 기능에 중요한 영향을 미친다. pseudoknot을 포함한 RNA 구조를 예측하는 문제는 매우 어려우며 많은 계산을 필요로 한다. 현재까지, 병렬 구조를 갖는 수퍼 컴퓨터에서 유전자 알고리즘을 이용한 프로그램의 예측 결과가 가장 우수하다고 알려져 있다. 그러나 이 프로그램은 수퍼 컴퓨터에서만 운용되기 때문에 일반 연구자가 쉽게 사용하기 어려운 단점이 있다. 본 논문은 유전자 알고리즘을 이용한 PC 기반의 pseudoknot 예측 프로그램에 대하여 기술한다. 실헙 결과는 PC 기반에서도 유전자 알고리즘을 이용하여 pseudoknot을 포함한 RNA 구조를 효과적으로 예측하고 있음을 보인다.

• 한국자기학회지
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• 제27권4호
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• pp.140-144
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• 2017

Co 원자 4개를 포함한 cubane 구조의 분자자성체의 전자구조 및 자기적 성질을 제1원리의 범밀도함수법을 이용하여 계산하였다. 계산된 결과, Co 원자는 +2가를 가지며, 강한 내부 원자의 교환상호작용으로 high-spin 상태를 보여주었다. 스핀배열에 따른 총 에너지 계산에서 수직을 이루는 Co 원자 사이는 강자성, 더 큰 각도를 이루는 Co 원자 사이는 반강자성 교환상호작용이 일어남을 보여주었다. 이러한 원인은 $Co^{+2}(3d^7)$ 원자 사이의 초교환상호작용으로 설명할 수 있었었고, Co 분자자성체는 AFM1 = [${\uparrow}{\uparrow}{\downarrow}{\downarrow}$] 스핀구조를 가지고 있었다.

• 대한화학회지
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• 제34권2호
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• pp.130-135
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• 1990

Z-3-파라-톨리치오-4-니트로-3-헥센의 결정은 단사정계에 속하며 a = 13.756 (3), b = 9.310(4), c = 21.305(3) $\AA$, $\beta = 95.0_{\circ}$이며 단위세포안에 8개의 분자가 있으며 2.0$\sigma$(I) 보다 큰 강도를 가진 2935개의 회절반점에 대하여 계단식 대각 최서자승법에 의하여 정밀화된 최종 R값은 0.085이다. 직접법에 의하여 구조를 풀었으며 C-H결합길이와 메칠기는 길이를 고정시켜 이상적인 기하학적구조에 맞도록 하여 계산을 정밀화하였다. 두 분자 A와 B는 끝의 두 에칠기를 제외하고는 거의 유사한 구조를 갖고 있다. 니트로기를 포함한 에틸렌 모양의 골격은 메칠벤젠기에 거의 수직으로 되어 있으며 두 에틸기는 시스-형 구조를 가지고 있으나 끝부분의 메칠기는 A분자에서는 그의 골격에 대해 서로 반대방향으로 향하고 있고 B분자는 같은 방향으로 향하고 있다. 결정내 분자들은 비결합성 van der Waals힘으로 쌓여져 있다.

• 대한화학회지
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• 제45권5호
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• pp.401-412
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• 2001

$H_{2n+1}^+$ (n=1~6) cluster들에 대하여 높은 수준의 순 이론적(ab initio) 양자역학적 방법을 사용하여 분자 구조, 진동 주파수(vibrational frequency), 그리고 해리 에너지 등을 계산하였다. 분자구조는 $H^+_g$까지는 TZ2P+ d CCSD(T) 수준에서 그리고 $H_{11}^+$과 $H_{13}^+$에 대해서는 TZ2P CCSD(T) 수준까지 최적화하였다. 진동 주파수는 여러 basis set에서 SCF 방법으로 계산하였으며, 본 연구에서 최적화된 모든 분자구조들이 local minimum 구조임을 확인하였다. $H_{2n+1}^+$로부터 $H_2$ 의 해리 에너지($D_e$)는 각각의 최적화된 분자구조에서의 에너지 차로부터 계산하였으며, 영점 진동에너지(ZPVE)를 고려하여, 지금까지의 이론 및 실험결과($D_0$)와 비교하였다.