• Title/Summary/Keyword: 변이정보

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Analysis and Expression of Cloning of rpoB Gene of Drug-Resistant Mycobacterium tuberculosis (약제내성 Mycobacterium tuberculosis의 rpoB 유전자 분석과 클로닝 발현)

  • Choi, Eun Kyeong;Kweon, Tae-Dong;Bai, Sun-Joon;Cho, Hae Sun;Hong, Seong-Karp
    • Journal of the Korea Institute of Information and Communication Engineering
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    • v.17 no.4
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    • pp.1005-1009
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    • 2013
  • Using DNA sequencing method, we analyzed mutations of rpoB (RNA polymerase beta subunit) rifampin-resistant Mycobaterium tuberculosis strains which were identified by conventional test at Masan National Hospital and The Korean Institute of Tuberculosis. Though it has been reported different mutations of rpoB region of rifampin-resistant M. tuberculosis strains in the south of Korea, it is not confirmed whether these mutations of rpoB region actually express rifampin resistance through experiment. We confirmed experimentally these mutations of rpoB region of M. tuberculosis strains induced rifampin-resistance through ampified rpoB by polymerase chain reaction (PCR) and cloning of mutant rpoB into rifampin sensitive-M. tuberculosis strain.

Harris Corner Points Based Disparity Search Range Estimation (해리스 코너 포인트 기반의 변이 탐색 범위 추정 방법)

  • Kim, Dong Hyun;Ham, Bumseop;Sohn, Kwanghoon
    • Proceedings of the Korean Society of Broadcast Engineers Conference
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    • 2011.07a
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    • pp.42-45
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    • 2011
  • 3차원 영상과 더불어 스테레오 영상의 관심이 늘어남에 따라 좌, 우 영상의 매칭을 통해 변이를 추정하는 연구가 활발하게 진행되고 있다. 본 논문에서는 변이 추정을 위해 많이 사용되는 영역 기반(Block-based)의 전체 탐색 알고리즘보다 효율적이고 계산량이 적은 변이 추정을 할 수 있도록 변이 탐색 범위를 제공해주는 방법을 제안한다. 제안되는 알고리즘은 해리스 코너 포인트 검출기를 이용하여 좌, 우 영상 각각의 특징 점을 추출한 후, 특징 점의 정보를 이용하여 스테레오 매칭을 한다. 스테레오 매칭 시 이를 히스토그램화 하여 좌, 우 영상의 변이 추정을 위한 탐색 범위를 제공한다.

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Disparity estimation using edge-based regularization and intermediate view reconstruction for 3D images (경계 기반 평활화를 이용한 3D 영상의 변이 추정과 IV)

  • 김미현;박상현;이상호;김성식;손광훈
    • Proceedings of the Korean Society of Broadcast Engineers Conference
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    • 1998.06a
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    • pp.13-16
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    • 1998
  • 본 논문에서는 입체 영상 시스템 중 전송단에서의 영상의 입체감 분석을 위한 변이추정 방식에 대해 중점적으로 연구하였다. 변이추정은 기본적으로 MAE(mean absolute error)를 최소가 되도록 하는 동시에 변이를 각 방향에서의 경계값의 크기에 반비례한 정도로 평활화하는 반복적 블록 매칭 방식을 적용하였다. 수신단에서는 복원된 영상과 변이 정보를 이용하여 IVR(Intermediate View Reconstruction)을 수행하였으며, 보간법(interpolation)을 사용하는 동시에 occlusion 영역에서의 좌우 영상중 한 영상에서 외삽법(extrapolation)을 택하였다. 이 알고리즘으로 영상의 smooth 영역에서 일정하게 평활화된 변이를 추정하였고, 경계부분에서는 평활화방식에서 흔히 발생하는 oversmoothing 문제를 해결하였다. 또한 IVR에서는 다른 알고리즘에 비해 영상의 경계 부분을 살리며, occlusion 영역을 잘 보존하는 특성을 보였다.

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Pronunciation Variation Modeling for Korean Point-of-Interest Data Usins Prosodic Information (운율 정보를 이용한 한국어 위치 정보 데이터의 발음 모델링)

  • Kim, Sun-Hee;Park, Jeon-Gue;Jeon, Je-Hun;Na, Min-Soo;Chung, Min-Hwa
    • Annual Conference on Human and Language Technology
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    • 2006.10e
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    • pp.51-56
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    • 2006
  • 일반적으로 운율 정보를 음성인식에 이용한 연구들에 있어서는 대부분 운율의 음향적 정보를 이용하는데 반하여, 본 연구에서는 운율어나 음절수와 같은 운율의 구조적 정보가 인식률 향상에 기여함을 보인다. 본 논문은 두 가지 운율 정보, 즉 운율어와 음절수를 이용하여 발음모델링을 할 경우에 음성인식기의 성능을 평가하는 것을 목표로 하는 것으로, 먼저, 운율어를 이용하여 위치 정보데이터의 가능한 모든 발음을 생성하고, 다시 음절 수를 기준으로 발음변이 수를 조절하는 방법을 제시한 다음, 제안한 방법에 의하여 생성한 발음사전을 이용하여 음성인식의 성능을 평가하였다. 실험결과 운율어를 이용하여 발음 사전을 제작한 모든 경우에 베이스라인과 비교하여 성능이 향상됨을 보였는데, 베이스라인의 WER 4.63% 에서 최대 8.4%의 WER 가 감소하였다. 위치 정보 데이터의 음절수에 따라서 발음 변이의 수를 조절한 결과도 전체적으로는 3 음절로 그 수를 제한한 경우, 6 음절이상 단어에서는 4음절로 제한한 경우에 가장 좋은 인식 성능을 얻을 수 있어서, 음절수에 따른 발음변이 수의 조절이 효과적임을 알 수 있었다.

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Supporting temporal data using the layered architecture in a Data Warehouse (데이터 웨어하우스에서 계층화 구조를 이용한 시간 데이터의 지원)

  • 신영옥;백두권;류근호
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 1998.10b
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    • pp.389-391
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    • 1998
  • 데이터 웨어하우스에서는 시간에 따라 변화되는 데이터를 관리함으로써 좀더 정확하게 요약화된 정보를 제공할 수 있다. 거의 모든 데이터 웨어하우스는 원시 데이터로 관계형 데이터베이스를 사용하지만, 관계형 데이터베이스는 시간 데이터에 대해 실제적인 지원을 하지 않는다. 그러므로 시간 변이 데이터에 대한 정확한 정보를 얻기가 어렵다. 본 논문에서는 이러한 시간 변이 데이터의 지원이 가능한 시간지원 데이터 웨어하우스를 설계하고자 한다. 이를 위해, 기존의 데이터 웨어하우스에서 원시 데이터로 사용하는 관계형 데이터베이스에 시간지원질의 처리 계층을 결합하는 방법을 보이고, 시간지원 데이터의 간격 시간에 대한 요약화 방법으로 시간지원 집계 트리 전략을 소개한다.

Stereo Disparity Estimation by Analyzing the Type of Matched Regions (정합영역의 유형분석에 의한 스테레오 변이 추정)

  • Kim Sung-Hun;Lee Joong-Jae;Kim Gye-Young;Choi Hyung-Il
    • Journal of KIISE:Software and Applications
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    • v.33 no.1
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    • pp.69-83
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    • 2006
  • This paper describes an image disparity estimation method using a segmented-region based stereo matching. Segmented-region based disparity estimation yields a disparity map as the unit of segmented region. However, there is a problem that it estimates disparity imprecisely. The reason is that because it not only have matching errors but also apply an identical way to disparity estimation, which is not considered each type of matched regions. To solve this problem, we proposes a disparity estimation method which is considered the type of matched regions. That is, the proposed method classifies whole matched regions into similar-matched region, dissimilar-matched region, false-matched region and miss-matched region by analyzing the type of matched regions. We then performs proper disparity estimation for each type of matched regions. This method minimizes the error in estimating disparity which is caused by inaccurate matching and also improves the accuracy of disparity of the well-matched regions. For the purpose of performance evaluations, we perform tests on a variety of scenes for synthetic, indoor and outdoor images. As a result of tests, we can obtain a dense disparity map which has the improved accuracy. The remarkable result is that the accuracy of disparity is also improved considerably for complex outdoor images which are barely treatable in the previous methods.

Pronunciation Variation Modeling for Korean Point-of-Interest Data Using Prosodic Information (운율 정보를 이용한 한국어 위치 정보 데이타의 발음 모델링)

  • Kim, Sun-He;Park, Jeon-Gue;Na, Min-Soo;Jeon, Je-Hun;Chung, Min-Wha
    • Journal of KIISE:Software and Applications
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    • v.34 no.2
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    • pp.104-111
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    • 2007
  • This paper examines how the performance of an automatic speech recognizer was improved for Korean Point-of-Interest (POI) data by modeling pronunciation variation using structural prosodic information such as prosodic words and syllable length. First, multiple pronunciation variants are generated using prosodic words given that each POI word can be broken down into prosodic words. And the cross-prosodic-word variations were modeled considering the syllable length of word. A total of 81 experiments were conducted using 9 test sets (3 baseline and 6 proposed) on 9 trained sets (3 baseline, 6 proposed). The results show: (i) the performance was improved when the pronunciation lexica were generated using prosodic words; (ii) the best performance was achieved when the maximum number of variants was constrained to 3 based on the syllable length; and (iii) compared to the baseline word error rate (WER) of 4.63%, a maximum of 8.4% in WER reduction was achieved when both prosodic words and syllable length were considered.

Development of a tool to generate diploid genome sequences for whole-genome alignments. (이배체 유전체들의 서열비교를 위한 유전체 염기서열 생성도구 개발)

  • Kim, Jonghyun;Park, Chihyun;Park, Sanghyun
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2007.11a
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    • pp.272-273
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    • 2007
  • 현대 유전체학 기술의 진보는 생물학적으로 중요한 의미를 갖는 생물들의 유전체 서열의 규명 genome sequencing)에 힘입은 바 크다. 기존의 유전체 서열결정법은 주로 염기변이율이 낮은 생물들에 초점을 맞추어 왔다. 하지만 염기변이율이 높은 생물들의 유전체 염기서열을 결정할 필요가 높아짐에 따라 이를 위한 방법론에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. 염기변이율이 높은 생물들의 이배체 (diploid) 유전체 서열이 효과적으로 결정될 수 있을 경우 기존의 유전체 서열비교의 방법론에도 변화가 요청되고 있는 실정이다. 기존의 유전체 서열비교 (whole-genome alignment) 방법론은 반수체 (haploid) 유전체들의 서열비교을 위해 개발되었지만, 염기변이율이 높은 생물들의 유전체 서열비교에는 반수체 유전체들 비교에 특화된 도구들이 필요하다. 또한 현재 서열비교를 시각화하는 소프트웨어들도 반수체 유전체 비교를 위해 개발된 실정이다. 본 논문의 목표는 이배체 유전체 서열을 비교하는 방법론을 개발을 용이하기위해 이배체 유전체의 서열을 생성하는 도구를 개발하는 것이다. 개발된 도구는 실제 일어날 수 있는 염기변이와 genomic rearrangement를 사용자의 입력을 받아 다수의 생물들의 유전체 서열을 생성해 낸다. 이를 통해 이배체 유전체 서열을 비교하는 도구의 개발을 용이하게 하는데 초첨을 맞추고 있다.

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Automatic English MeSH keywords assignment to Korean medical documents - spacing variant effect (한국어 의학 문서에 대한 영문 MeSH 키워드의 자동 부여 - 띄어쓰기 변이 처리 효과를 중심으로)

  • Lee, Jae-Sung;Kim, Mi-Suk;Lee, Young-Sung
    • Annual Conference on Human and Language Technology
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    • 2004.10d
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    • pp.82-89
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    • 2004
  • 본 논문에서는 한국어 의학 논문의 요약문으로부터 자동 영문 MeSH 키워드 제안 시스템을 소개하고, 띄어쓰기 변이(spacing variant) 문제를 해결할 수 있는 방법을 제안한다. 띄어쓰기 변이란 표준 한글 맞춤법에 비해 다르게 띄어쓰기된 것을 말한다. 이를 위해 시소러스에는 생성 가능한 모든 띄어쓰기 변이 대신에 최대 띄어쓰기 어구만을 저장하고, 문서에서 K-MeSH 용어를 찾기 위해 음절단위 부분문자열 검색을 사용한다. 이 방법으로 한국어 의학 논문의 요약문에서 K-MeSH 용어를 추출한 후, TF-IDF 순위 함수를 이용하여 상위 10위내의 키워드를 저자가 선정한 영문 키워드와 비교한 결과 58%가 일치하였다. 이는 기존 방법에 비해 42%정도의 시소러스 크기가 축소되었고, 상위 10위내에서 영문 MeSH 키워드 추천 재현률이 약 7.8% 증가한 것으로 효과적인 방법임을 보여주었다.

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A Condition on the Interpretation of Zero Objects in Korean Discourse : a Centering Analysis (공목적어의 해석 조건 : 중심화이론적 접근)

  • Kim, Mi-Kyung
    • Annual Conference on Human and Language Technology
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    • 2003.10d
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    • pp.134-136
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    • 2003
  • 본 논문은 Grosz et al(1995)의 중심화이론(centering theory)을 바탕으로 목적어의 생략의 동기를 설명할 수 있는가를 검증하였다. 한국의 민담에 나타난 431개의 절과 신문사설 249개의 절을 분석한 결과 공목적어(zero object)의 17%만이 중심유지변이(continue transition)에 사용되었으며, 이는 중심화이론의 기존 세 가지 제약만으로는 공목적어의 분포를 설명할 수 없음을 보여주는 것이다. 본 연구에서는 중심화이론 내에서 공목적어의 분포를 설명하기 위하여 Kameyama(1998)의 평행선호조건(Parallelism Preference Condition)을 도입할 것을 제안하였다. 평행선호조건의 도입은 세 가지 측면에서 지지된다. 첫째, 중심변이 개념만으로 설명이 불충분한 공목적어의 분포를 중심화이론 내에서 설명할 수 있다. 둘째, 순조로운 중심이동변이(smooth-shift transition)에 나타나는 공주어의 분포를 설명할 수 있다. 셋째, 평행선호조건은 공명대명사의 해석뿐만 아니라 시제의 생략이나 동사의 생략을 설명하기 위해서 독립적으로 지지되는 조건이다.

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