• Journal of Life Science
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• v.24 no.6
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• pp.686-693
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• 2014

Restricted supply of nutrients may affect genes at the molecular level as well as physiological functions. Understanding the cellular responses during starvation is necessary for developing strategies to reduce damage caused by starvation stress. After 1 h of starvation, Got1 gene expression was increased but its expression returned to the normal state after 24 h. Mat1 gene expression continuously increased with starvation from 1 h until 24 hr. Rats starved for 1-3 days showed significant changes in expression of the Got1 and Mat1 genes, which were significantly reduced in the cerebral cortex and cerebellum. In the lung, gene expression was increased by starvation for 1-2 days but decreased on the third day. No differences were observed in gene expression in the heart. Strong Got1 lung gene expression was seen in the starvation group one day after restoration of the food supply. Muscle mass was significantly reduced at the start of starvation and remained the same after two days of starvation and one day after the food supply was restored. The Mat1 gene expression did not change. The Got1 was induced by NaCl and showed strong expression in the lung and the thymus, but the apparent decrease of the remaining changes were not observed in male rats. The Mat1 gene was not as sensitive as the Got1 gene to induction by NaCl. However, differences in gene induction by NaCl were evident between males and females, indicating that diet control of gene expression is associated with hormones.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• v.30 no.2
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• pp.171-178
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• 2003

연구 목적: Microarray data에 의해 밝혀진 생쥐자궁에서의 Id 유전자의 hormonal effect와 implantation process 동안의 관계를 조사하고자 실험을 수행하였다. 연구재료 및 방법: 난소절제한 생쥐에 estrogen을 주사하고 6시간, 12시간이 지난 후 자궁을 적출하여 두 가지 방법으로 sample을 준비하였다. 먼저 자궁전체의 RNA를 추출하여 실험하거나 laser capture microdissection (LCM) 방법으로 자궁내막상피세포, 자궁기질세포, 자궁근육층으로 분리하여 RNA를 추출하고 semi-quantative RT-PCR을 수행하여 Id 유전자의 발현을 조사하였다. 임신 4.5일째 생쥐에 Chicago blue dye를 주사하여 착상부위와 비착상부위를 분리하고 RNA를 추출하여 Id 유전자의 발현을 semiquantitative RT-PCR 방법으로 실험하였다. 결 과: Estrogen을 처리한 난소절제된 생쥐 자궁에서의 cDNA microarray 자료에서 Id-1 mRNA는 점진적으로 두 배 이상 증가하였고 Id-2 mNRA는 반대로 시간이 지날수록 두 배 이상 감소하였다. Microarray 자료를 재확인하기 위해 semi-quantitative RT-PCR을 이용하여 실험하였고, 그 결과 Id-1 유전자는 estrogen 처리 6시간까지는 큰 변화가 없었으나 12시간에서는 4배 이상의 높은 발현을 보였으며, Id-2 mRNA의 발현은 estrogen 처리 6시간과 12시간 모두에서 대조군에 비해 4배 가량 감소하였다. 이 실험군을 LCM을 이용하여 자궁내막상피세포, 자궁기질세포, 자궁근육층을 각각 분리하여 실험한 결과 estrogen 처리군에서 Id-1의 발현은 자궁내막상피세포에서만 높은 발현을 보였으며, estrogen 처리 6시간과 12시간에는 큰 차이를 보이지 않았다. 그러나, Id-2 mRNA는 자궁내막상피세포에서 estrogen 처리 6, 12시간 모두에서 높은 발현을 보였고, 근육세포층에서는 estrogen 처리 6시간에서는 변화가 거의 없었으나 12시간에는 현저하게 증가하였다. 단, 자궁기질세포에서는 대조군에 비해 estrogen 6, 12시간에서 Id-2 mRNA의 발현이 감소하였다. 임신한 생쥐 자궁의 착상부위에서는 Id-1 mNRA의 발현은 비착상부 위보다 월등하게 높은 증가를 보였다. 결 론: 난소절제 생쥐를 이용한 실험에서 Id-1, -3는 estrogen에 의해 발현이 증가하고, Id-2는 발현이 감소하였다. LCM을 이용한 실험에서는 Id-2는 이와는 달리 부위별 발현양상은 다르게 나타났지만 이는 넓은 부위를 차지하는 자궁기질에서의 발현감소가 전체적인 Id-2의 발현양상으로 나타난 것으로 추측된다. 착상부위에서의 Id의 발현은 Id-1만이 유일하게 월등한 증가를 보였다. 위의 결과를 종합해 볼 때 생쥐 자궁에서 Id 유전자는 estrogen에 의해 조절되며 직, 간접적으로 착상시기에 다양한 작용을 할 것으로 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• v.44 no.6
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• pp.677-684
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• 2002

We have investigated the expression patterns of candidates for growth stage specifically expressed genes. The expression patterns of the EPV20, aldolase A, Translationally Controlled Tumor Protein (TCTP) and Adipocyte Differentiation Related Protein (ADRP) were examined by semiquantitative RT-PCR and northern blot analysis in skeletal muscle tissues of Hanwoo, especially in the longissimus dorsi at various growth stages. The EPV20 mRNA was expressed in longissimus dorsi tissue of Hanwoo, but there was no difference of expression levels during growth stages. Though the aldolase A gene was reported to be muscle-specific and regulated at developmental stages, the expression levels of aldolase A mRNA in the longissimus dorsi tissues showed little differences at various growth stages. The expression levels of TCTP which was reported as growth-related protein regulated at translation step were gradually increased during growth of Hanwoo. The expression levels of ADRP mRNA were rapidly increased at 24-month-old longissimus dorsi tissue of Hanwoo, and decreased at 30-month-old. Our data suggest that the ADRP gene show as growth-stage dependent expression and is related to fat deposition within muscular tissue.

• Korean Journal of Animal Reproduction
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• v.19 no.4
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• pp.283-291
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• 1996

Transgenic animal을 응용할 수 있는 분야에서는 이식유전자의 기능을 정확하게 규명하고 이를 바탕으로 실질적인 유전적인 개량을 이루기 위해서 이식유전자의 발현을 조절할 수 있는 정교한 system이 필요하다. 유전자의 미세주입법에 의해 transgenic animal을 생산할 수 있는데 이용되고 있는 tissue-specific promoter에 의한 이식유전자의 발현조절은 필요로 하는 시기나 양 등을 인위적으로 조절하고자 하는데 한계점을 갖고 있다. 이러한 이식유전자 발현의 문제점을 극복하기 위해 효모의 recombinase나 미생물의 repressor 단백질과 이들의 binding site인 operator sequence를 이용하여 인위적으로 이식유전자의 발현을 조절할 수 있는 system이 개발되고 있다. Cre/loxP system은 site-specific recombination에 의해 DNA sequence를 제거함으로서 이식유전자의 발현을 조절할 수 있다. 이식유전자 발현의 장소와 양을 조절하기 위해서는 미생물이 이용하고 있는 repressor와 이들의 operator sequence를 적용하여 ligand binary system이 개발되었다. Lac repressor system에서는 isopropyl-$\beta$-D-thiogalactoside (IPTG)가 이식유전자 발현을 조절할 수 있는 positive regulator로서 작용하고, tetracycline-VP16 system에서는 tetracycline이나 유사물질들이 negative regulator로서 이용할 수 있다. 이러한 binary system은 transgenic animal에서 이식유전자 발현의 장소와 시기 또한 양을 효과적으로 조절하는데 적용할 수 있는 것으로 나타났다. 따라서 기존의 binary system과 함께 새로운 regulatory system의 장점을 이용하여 보다 완벽한 이식유전자의 인위적인 조절 system을 이룩함으로서 transgenic animal technology의 실용화를 앞당길 것으로 기대된다.

• Journal of Sericultural and Entomological Science
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• v.37 no.2
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• pp.176-180
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• 1995

To characterize expression and formation of three type crystal proteins in transformant, Bacillus thruingiensis PT0529 was analysed by transmission electron microscope and SDS-PAGE according to growth. The results showed that the introduced crystal protein genes, rcyIVD and cytA, were well expressed at earlier stage than resident crystal proteins were also expressed with their own morphology. However, resident crystal protein of B. thuringiensis PT0529 was smaller than that of wild type B. thuringiensis NT0423, suggesting that resident crystal protein production was interfered with introduced two type crystal protein genes.

• The Korean Journal of Applied Statistics
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• v.29 no.3
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• pp.437-448
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• 2016

Gene set analysis utilizing biologic information is expected to produce more interpretable results because the occurrence of tumors (or diseases) is believed to be associated with the regulation of related genes. Many methods have been developed to identify statistically significant gene sets across different phenotypes; however, most focus exclusively on either the differential gene expression or the differential correlation structure in the gene set. This research provides a new method that simultaneously considers the differential expression of genes and differential coexpression with multiple genes in the gene set. Application of this NEW method is illustrated with real microarray data example, p53; subsequently, a simulation study compares its type I error rate and power with GSEA, SAMGS, GSCA and GSNCA.

• The Korean Journal of Food And Nutrition
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• v.10 no.2
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• pp.268-271
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• 1997

Human mitochondrial aldehyde dehydrogenase(ALDH2) is mainly responsible for the oxidation of acetaldehyde generated during alcohol oxidation in vivo. To investigate the role of ALDH2 in alcohol metabolism, it was needed to get solubilized enzyme. The cDNA of ALDH2 is isolated from cDNA library and ligated to several expression vectors for E. coli. At almost expression system to be constructed, the broad expression band of ALDH2 was detected. But, the large part of the expressed protein consisted as inclusion body, the yield of solubilized enzyme was not more tan 5% of the total expressed amount. Recombinant ALDH2 was verified from the several expression systems.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.07b
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• pp.235-237
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• 2005

마이크로 어레이(micro array)로 표현되는 유전자 발현 패턴(gene expression pattern)들과 해당 유전자의 upstream에 위치한 DNA 서열 요소(motif)들은 유전자 발현에 밀접한 관련을 맺고 있는데 이들간의 매핑관계를 알아내는 것은 생물전산학 분야에서 중요한 문제 중 하나이다. 본 고에서는 유전자 발현 패턴 데이터와 해당 DNA에 포함된 것으로 알려진 모티프 프로파일에 대해 대응분석(correspondence analysis)을 수행하고 2차원 평면에 매핑하여 특정 유전자 발현과 밀접하게 관련된다고 여겨지는 후보 모티프를 시각적으로 직관적으로 동정하는 방법을 제시한다. 또한 유전자 발현 패턴은 일정한 길이로 나누어 가능한 모든 패턴에 대해 클러스터링을 행하여 이에 대한 인덱스로 데이터를 표현하여 패턴의 인식성과 발현 순차성을 높이는 반면 복잡도를 줄이도록 하였다. 실험에서 두가지 형태의 모티프 프로파일과 효모 Saccharomyces cerevisiae 포자형성 데이터 집합에 대하여 대응 분석을 통한 시각화된 결과를 이용해 유전자 발현과 깊게 관련되는 것으로 알려진 모티프들이 대응 유전자 발현과의 상관성이 잘 동정되고 있음을 알 수가 있다.

• Journal of Nutrition and Health
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• v.42 no.6
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• pp.505-515
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• 2009

Collagen is the major matrix protein in dermis and consists of proline and lysine, which are hydroxylated by prolyl hydroxylase (PH) and lysyl hydroxylase (LH) with cofactors such as vitamin C, oxygen, iron (Fe$^{2+}$), ketoglutarate and silicon. The collagen degradation is regulated by matrix metalloproteinase-1 (MMP-1), of which is the major collagen-degrading proteinase whereas tissue inhibitors of metalloproteinase-1 (TIMP-1) bind to MMP-1 thereby inhibiting MMP-1 activity. In this study, we investigated the effects of vitamin C, silicon and iron on mRNA, protein expressions of PH, LH, MMP-1 and TIMP-1. The physiological concentrations of vitamin C (0-100 $\mu$M), silicon (0-50 $\mu$M) and iron (Fe$^{2+}$：0-50 $\mu$M) were treated to human dermal fibroblast cells (HS27 cells) for 3 or 5days. The expression level of mRNA and protein was increased in not only PH but also LH when cells were incubated with vitamin C. A similar increase in LH mRNA or protein expression occurred when cells were incubated with silicon. Our results suggest that treatment of vitamin C and silicon increased mRNA and protein expression of PH and LH in human dermal fibroblast.

• Maxillofacial Plastic and Reconstructive Surgery
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• v.23 no.4
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• pp.306-323
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• 2001

종양발생에서 유전자 발현을 확인하고 profile 변화를 monitor하는 것은 병리학적 변화의 원인뿐 아니라 질병탐지와 진료의 새로운 목표를 확인하기 위한 새로운 기회를 제공해준다. cDNA microarray는 수천개의 유전자 발현을 동시에 연구할 수 있는 최신의 방법으로 피부, 유방, 간을 비롯한 다른 인체장기에서는 일부 이루어졌으나 array를 이용해 타액선 종양 연구에서는 전혀 이루어지지 않았다. 인간의 타액선 세포의 악성형질전환을 조절하는 분자적 상태를 연구하기 위해 본 연구는 약 2,000개의 유전자가 print된 cDNA microarray를 이용하여 인간 타액선 도관상피세포주(HSG)와 악하선에서 기원한 미분화 선암종(SGT)간에 비교연구를 하였다. Cy3와 Cy5 dye로 각각의 세포주에서 얻은 RNA와 reciprocal hybridize시키고 GenePix 4000 scanner로 스캔하고 GenePix Pro로 분석한 후 log2로 평균발현비율을 전환시켜 최소 2배이상의 발현을 보이는 유전자를 분석대상으로 하였다. 90%이상의 유전자가 비슷한 발현을 보였으며 2배이상의 발현을 보이는 경우 HSG가 SGT에 비해 72개 유전자가, SGT가 HSG에 비해 111개의 유전자 발현이 up-regulation되어 총 10%미만의 발현차이를 보였고 반복된 hybridization 으로부터 얻은 선택된 spot의 Pearson 상관계수는 -0.85이였다. HSG에서는 6번 p 염색체에서 과발현되는 유전자가 가장 많았고, SGT에서는 11번 q 염색체에서 가장 많았는데 HSG에서는 SGT에 비해 9, 13, 17, 18, 20, 21, 22염색체에서 과발현 되는 유전자 수가 많았고, SGT에서는 HSG에 비해 2, 7, 10, 15 염색체에서 유전자 발현 증가가 관찰되었다. HSG와 SGT간의 유전 발현을 기능별로 분석한 결과 몇 가지 주요 경로가 세포악성에 관련됨을 발견하였고, 타액선 도관상피세포에서 선암종을 구별하는데 기여하는 관련된 몇종의 과다 발현된 유전자를 찾았는데 전사인자, 성장인자 및 수용기, 세포골격 및 세포외기질 단백, 세포내 신호전달조절자 및 인자, 세포표면 항원등의 그룹으로 분류할 수 있었다. 따라서 이러한 microarray를 이용한 분자학적 표지자 연구가 악성 타액선 종양 발생과정에서 큰 도움을 줄 수 있을 뿐 아니라 유전자 조절에 의한 진단, 예후, 치료에서의 정확성을 개선시킬 수 있으리라 여겨진다.