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유채 두 계통에서 저온 스트레스에 반응하는 전사체 발현 비교 분석 (Comparative Transcriptome Analysis of the Response of Two Lines of Rapeseed (Brassica napus L.) to Cold Stress)

  • 이지은;김광수;차영록;안다희;변종원;강용구
    • 한국작물학회지
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    • 제66권1호
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    • pp.37-71
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    • 2021
  • 본 연구에서는 유채 두 계통에 0℃ 이하의 저온 스트레스를 처리하고 이에 따른 proline 함량 및 생존율 변화를 확인하고 이에 따른 저온에서의 유전자 발현 변화를 비교 분석하기 위해 수행되었으며, 결과는 다음과 같다. 1. 0℃ 이하의 저온 스트레스 처리 전 저온 순화 후 유채 'J8634-B-30' 계통에서 proline 함량이 2.02 mM/g FW로 증가하여 처리 전보다 8.7배 증가하였으며, 'EMS26' 계통에서는 0℃ 이하의 저온 스트레스 처리로 인한 proline 함량 변화를 보이지 않았다. 2. 저온 순화 전후 유채 두 계통의 전사체를 분석한 결과, 'J8634-B-30' 계통의 DEG는 발현이 유도된 DEG가 2,784개로, 발현이 억제된 DEG 2,299개보다 많았으며, 'EMS 26' 계통에서는 발현이 유도된 DEG가 2,199개로 발현이 억제된 DEG 3,632개로 적었다. 3. 저온 스트레스 처리에 의한 유채 두 계통의 상위 100개 DEG를 분석한 결과, 'J8634-B-30' 계통에서는 flowering-promoting factor (BnaA10g21640D) 유전자가 강하게 발현되었으며, 특히 proline 생합성 관련 유전자의 발현이 강하게 유도되었다. 'EMS26' 계통의 DEG에서는 식물체 생장과 관련된 유전자가 발현이 억제되었다. 4. 'J8634-B-30' 계통에서는 proline 생합성 관련 P5CSA(BnaA04g22810D, BnaC04g46630D) 유전자의 발현이 유도되었으며, proline 이화작용 관련 PDH (BnaAnng 37880D, BnaC04g31100D) 유전자 발현이 억제되어, 저온 처리에 의한 proline 함량 이 증가한 것으로 판단된다. 5. 저온 반응 관련 생리반응 경로 유전자 중 ABA 호르몬 수용체 PYL5 (BnaAnng40650D), PYL9 (BnaA07g38130D, BnaC06g17940D)는 'J8634-B-30' 계통에서만 발현이 유도되었다. 또한, ICE-CBF-COR 신호 회로 중 원형질막 안정화에 관여하는 COR413 유전자(BnaA08g15470D, BnaC03g61740D)에서도 'J8634-B-30' 계통에서만 발현이 유도되었다. 6. 이러한 저온 스트레스 반응과 관련된 유전자 발현 차이는 초기 저온 처리 후 두 유채 계통의 스트레스 반응에 관여했을 것으로 판단되며, 특이적인 발현 양상을 보인 유전자에 대해 향후 추가적인 기능을 분석하여 내동성 유채 품종 개발에 활용할 수 있을 것으로 판단된다.

이질아메바에 의한 인체 대장상피세포주 HT-29에서의 interleukin-8 유전자의 발현 (Interleukin-8 gene expression in the human colon epithelial cell line, HT-29, exposed to Entamoeba histolytica)

  • 김정목;정현채
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제33권4호
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    • pp.357-364
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    • 1995
  • 이질아메바에 의한 장염 환자의 조직 또는 이질아메바를 실험적으로 감염시킨 동물의 조직 검사에서 호중구의 침윤이 특징적으로 관찰된다. 그러나 이와같은 호중구의 침윤을 설명할 수 있는 기전에 대한 연구는 매우 미흡하다. 따라서 본 연구자들은 아메바 감염 초기에 인체 대장상피 세포에서 interleukin-8(IL-8)이 유도되어 호중구 침윤과 같은 염증반응이 유발될 것이라는 가설을 설정하였다. 이를 위하여 인체 대장상피세포주인 HT-29에 이질아메바 영양형을 실험적으로 노출시킨 뒤 발현되는 IL-S mRNA를 역전사 중합효소법(reverse transcriptional polymerase chain reaction, RT-PCR)으로 검사함과 퐁시에 발현된 IL-8 mRNA를 인공적으로 합성시킨 표준 RNA와 RT-PCR법을 이용하여 정량하였다. 실험 결과 이질아메바 영양형에 노출된 30분 후 부터 IL-8 mRAN가 발현되기 시작하였다 그리고 그 발현 분자수는 노출 시간의 증가에 따라 계속 증가하여 3시간 대에는 $3.1{\;}{\times}{\;}10^7{\;}molecules/\mu\textrm{g}$ total RNA를 나타내었다. 동시에 IL-8 mRNA의 발현은 노출시킨 이질아메바 영양형의 수에 비례하였다. 즉 HT-29/아메바 영양형의 비율이 10:1인 경우 IL-8 mRNA의 발현 분자수는 $1.2{\;}{\times}{\;}10^7{\;}molecules/\mu\textrm{g}$ total RNA로 나타났다. 이와같은 IL-8 mRNA의 발현은 IL-8 단백질 분비로 이어짐을 ELISA 검사로 확인할 수 있었다. 한편 이질아메바 파쇄액(Iysate)도 대장상피세포군인 Caco-2에서 IL-8 mRNA발현을 유도하였다. 결론적으로 본 실험은 이질아메바 감염 초기에 대장상피세포로 부터 IL-8이 발현되며, 이에 의하여 염증반응이 촉발될 가능성이 있음을 시사해 준다.

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C2C12 myotube에서 insulin-like growth factor-I이 SOCS-3 유전자 발현에 미치는 영향 (Effects of Insulin-Like Growth Factor-I on Expression of Suppressor of Cytokine Signaling-3 in C2C12 Myotube)

  • 김혜진;이원준
    • 생명과학회지
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    • 제21권10호
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    • pp.1385-1392
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    • 2011
  • SOCS-3와 IGF-I은 근육의 분화 과정 및 근비대 기전에 있어 매우 중요한 조절자 역할을 하는 유전자 및 성장인 자이며, 최근 골격근에서 IGF-I과 SOCS-3 유전자의 상호작용에 관한 연구의 필요성이 제기되고 있다. 본 연구에서는 C2C12 myotube에서 IGF-I이 SOCS-3 유전자 발현에 미치는 영향에 대해 알아보기 위해 4일간 분화시킨 C2C12 myotube에 IGF-I을 다양한 농도(0-200 ng/ml) 및 시간(3-72 시간)에 따라 처리하였다. 그 결과 IGF-I이 SOCS-3 유전자의 단백질 발현을 시간 의존적으로 유의하게 증가시켰으며, 3 시간에서 mRNA 발현을 증가시키고, 시간이 지남에 따라 긴 시간에서는 농도 의존적으로 발현이 감소하였음을 알 수 있었다. 또한 면역형광 염색을 통해 IGF-I이 myotube에서 SOCS-3의 단백질을 발현 시켰음을 뚜렷하게 관찰 할 수 있었다. 위 결과들을 바탕으로 본 연구에서는 IGF-I의 처리가 분화된 근육 세포인 C2C12 myotube에서 SOCS-3 유전자 발현에 유의한 영향을 미쳤음을 증명하였다. 이러한 결과는 선행연구에서 보고한 운동이 SOCS-3 유전자 발현을 증가시킴에 있어서 IGF-I이 중추적인 역할을 한 것으로 생각된다. 그러나 IGF-I에 의한 SOCS-3 유전자 발현 조절 기전에 있어 관련 신호 전달체계 및 골격근 관련 유전자 발현에 미치는 영향에 관한 연구는 보다 더 이루어져야 할 것이라 사료된다.

발육영점온도에서 파밤나방 5령 유충의 유전자 발현 저하 (Suppression of Gene Expression in the Fifth Instar Larvae of Spodoptera exigua at Low Developmental Threshold Temperature)

  • 최봉기;박영진;김용균
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제52권4호
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    • pp.295-304
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    • 2013
  • 파밤나방(Spodoptera exigua)의 발육을 일으키는 최저온도를 결정하고, 이 상태의 생리적 특성을 서로 다른 기능군(대사, 신경, 면역 및 스트레스) 유전자의 발현 양상을 이해하기 위해 본 연구를 수행하였다. 알부터 번데기까지 파밤나방의 발육영점온도는 $5.5{\sim}11.6^{\circ}C$로 다양하였다. 유충은 알과 번데기에 비해 비교적 낮은 온도에서 발육이 가능하였다. 5령충의 경우 생리적 발육영점온도가 추정치($10.3^{\circ}C$)와 다르게 이보다 높은 $15^{\circ}C$에서 관찰되었다. 정량적 RT-PCR로 분석된 유전자의 발현양상은 유충 영기가 진행됨에 따라 모든 기능군의 대부분 유전자의 발현량이 증가하였고, 또한 5령 시기에서도 처리온도가 증가함에 따라 이들 유전자의 발현량도 증가하였다. 비록 동일한 갓 탈피한 5령이라 하더라도 이전에 노출된 외부 온도에 따라 발현량이 상이하였다. 5령충의 생리적 발육영점온도인 $15^{\circ}C$에서 대부분의 유전자 발현량은 저하되었다. 그러나 높은 온도에서와 마찬가지로 발육기간이 증가함에 따라 이들 유전자의 발현량이 증가하였다. 이상의 결과는 발육영점온도에서 파밤나방의 발육 관련 유전자의 발현이 전체적으로 수준은 낮지만 지속적으로 진행되고 있다는 것을 의미한다.

외래 유전자와 공배양한 정자를 이용해 난자내 직접 주입술한 후 EGFP의 발현 (Positive Expression of EGFP Gene in Bovine Embryos after ICSI using Spermatozoa Co-cultured with Exogenous DNA)

  • 윤효진;이훈택;정길생
    • 한국가축번식학회지
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    • 제26권3호
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    • pp.205-214
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    • 2002
  • 현재까지 외래 유전자를 도입하여 형질전환 동물을 생산하는 방법이 다방면으로 연구되어 왔다. 그 중에서 본 연구에서는 정자를 EGFP 유전자와 공배양한 후 이를 난모 세포내에 미세 주입한 다음, 수정란의 발달과 ECFP 유전자의 발현을 조사하였다. 즉, 동결후 융해나 Triton X-100 처리 등으로 세포막을 파괴하여, 이들 정자를 EGFP 유전자와 다분간 공배양함으로써 정자와 EGFP 유전자와의 결합을 유도하였다. 정자나 정자두부의 미세주입에 의해 수정된 난자는 0.3%의 BSA가 첨가된 CR1aa 배양액에서 배양하였으며, EGFP 유전자의 발현은 형광현미경 하에서 관찰하였다. 통결 후 융해로 처리된 정자와 Triton X-100 처리 한 정자를 미세주입한 결과 난할율은 85.7과 80.1%였고, 배반포 발생율은 32.4 과 35.0%로서 유의차가 없었다. 동결 후 융해와 Triton X-100 으로 처리된 정자를 각각 미세주입한 수정란의 EGFP 유전자 발현율은 각각 19.1과 13.9%로서 전자가 유의하게 높았다. 또 정자 배양액에 첨가된 EGFP유전자의 농도가 54 ng/${\mu}\ell$일 때 EGFP 발현율은 15.4% 로서, 27 ng/${\mu}\ell$일 때의 9.0%와 63.5 ng/${\mu}\ell$일 때의 5.1% 보다 유의하게 높았다. 발현율을 높히기 위한 방법중 하나로써 electric shock의 방법을 이용해 보았으나 기존의 공배양 방법으로 얻은 최고 발현율인 19.1%에 못 미치는 2%를 보였다. EGFP 유전자가 발현된 수정란의 배반포 발생율은 0%로서 비발현 수정란의 29.5%보다 유의하게 낮았으며, EGFP 유전자의 발현은 mosaicism 형태를 보였다. 본 연구에서는 비록 낮은 외래 유전자 도입율을 보이기는 하나 (19.0%), 정자를 매개로 한 형질전환 동물의 생산은 그 방법이 간단하고 비용이 적게 든다는 장점이 있다. 기존 보고들의 효율성을 재고하여 볼 때, 난자내 정자 직접 주입술에 의한 형질전환 동물 생산의 연구는 향후 밝은 전망을 시사하고 있다.

Capsaicin 적용 후 손상된 흰쥐 척수내 c-fos와 HSP70의 발현 (The expression of c-fos and HSP70 by the Capsaicin injection in the spinal cord(dorsal horn))

  • 김동현;김석범;백수정;김진상
    • The Journal of Korean Physical Therapy
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    • 제14권1호
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    • pp.131-137
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    • 2002
  • C-fos는 원종양유전자(proto-oncogene)인 v-fos의 세포 동족체로써, 성장인자나 신경전달 물질에 의해 수분 내에 다양한 형태의 세포에서 활성화된다. Fos단백질은 스트레스와 통증 과정의 신호전달기전에서 세포활동을 조절하는 3차전령으로 활동한다. 열충격 단백질(Heat shock protein : 이하 HSP)은 계통발생학적으로 초기 척추 동물에서부터 발현되며 생체방어체계의 중요한 인자로 세포가 고열, 외상, 허혈 등의 스트레스에 직면했을 때 발현이 증가하는 단백질로 알려져 있다. 본 연구에서는 캡사이신(capsaicin)으로 말초 신경병변을 유발시킨 후 통각신경활성의 지표로 이용되는 원종양 유전자인 c-fos의 발현과 열 또는 스트레스로 야기되는 손상에 대한 조직의 방어작용으로 발현되는 HSP 70의 발현을 동시에 관찰함으로서, 급성으로 유발된 말초 신경병변의 확인과 동시에 실험동물 체내에서 방어적인 역할을 밝히는 일환으로 이 실험을 실시하였다. 본 실험의 결과는 다음과 같다; 1. 척수 등쪽뿔 천층(Laminae I and II)에서 각각 c-fos와 HSP70을 항원으로 하는 면역조직화학적 방법으로 염색한 표본에서 0.9% NaCI 투여 2시간 후 c-fos와 HSP70의 양성을 나타내는 세포는 전혀 없음을 알 수 있었다. 2. 척수 등쪽뿔 천층에서 c-fos 단백질을 항원으로 하는 면역조직화학적 방법으로 염색한 표본에서 Capsaicin 투여 2시간 후 c-fos 단백질에 양성을 나타내는 세포가 많이 발현됨을 육안적 관찰로서 알 수 있었다. 3. 척수 등쪽뿔 천층에서 HSP70을 항원으로 하는 면역조직화확적 방법으로 염색한 표본에서 Capsaicin 투여 2시간 후 HSP7O의 양성을 나타내는 세포가 보통수준으로 발현됨을 육안적 관찰로서 알 수 있었다. 이 실험의 결과로 볼 때, 화학적인 신경병변 유발물질에 의한 손상을 방어하기 위해서 체내에는 내인성 물질이 형성될 것이라는 추측과 c-fos 가 다른 유전자의 발현을 유도한다는 점을 함께 고려 하였을때, Capsaicin에 의한 말초 신경병변에서 c-fos 발현이 많이 나타나는 것은 손상을 방어하는 물질의 생성에 관여하기 때문이며, 방어물질 중 이 실험에서 본 HSP70도 증가한 내인성 방어물질의 하나라고 할 수 있을 것이다.

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식도 편평세포암 환자에서 Cyclin B1, p53의 발현과 예후 (Prognostic Significance of Cyclin B1 and p53 Expression in Patient with Esophageal Squamous Cell Carcinoma)

  • 김치학;조봉균;천봉권;조성래
    • Journal of Chest Surgery
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    • 제36권12호
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    • pp.952-960
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    • 2003
  • p53은 cyclin Bl을 통해 세포주기 중 G2-M checkpoint 이행을 조절하는 것으로 알려져 있으며 이것은 p53이 여러 종류의 악성종양의 생성과 진행에 중요한 역할을 하는 것을 암시한다. 본 연구의 목적은 식도 편평세포암 환자에서 세포주기 조절인자인 cyclin Bl과 p53의 역할을 규명하는 데 있다. 대상 및 방법: 46예의 식도 편평세포암 환자에서 채취한 정상 편평상피, 이형성 조직과 암조직에서 면역조직화학검사를 이용하여 cyclin Bl과 p53의 발현을 조사하고 임상병리학적인 인자 및 생존율과의 상관관계를 분석하였다. 결과: 정상상피의 기저층에 있는 몇 개의 세포들에서 cyclin Bl이 발현되었다. Cyclin Bl 양성세포의 범위는 이형성증의 정도가 심해질수록 증가하였다. Cyclin Bl의 양성율은 41.3% (19예/46예)였고 p53의 양성 발현율은 58.7% (27예/46예)였다. 임상병리학적 인자들 중 병기(p<0.05), 식도 주위 림프절 전이(p=0.05), 림프혈관 침범(p<0.05)만이 cyclin Bl의 발현과 관련이 있었고 단변량분석과 다변량분석에서 cyclin Bl의 발현은 예후불량과 관련이 있었다. p53의 발현은 cyclin Bl의 발현과는 상관관계가 있었으나, 임상병리학적 인자들과 예후와는 무관하였다. 결론: 이상의 결과로 cyclin Bl은 식도암의 생성에 관여함을 알 수 있었고 식도 편평세포암 환자에서 cyclin Bl의 발현은 불량한 예후를 나타내며 술 후 보강 항암요법을 시행함으로써 생존율의 향상에 기여할 수 있을 것으로 생각된다.

생후 발달과정동안 숫 백서의 Efferent Ductules에서 Connexins 발현 양상 연구 (Expression Profiling of Connexins in the Efferent Ductules of Male Rats During Postnatal Development)

  • 이기호;최인호;정정수;장종수;김지영
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제49권1호
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    • pp.15-24
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    • 2007
  • 본 연구의 목적은 생후 발달과정에서 숫 백서 생식기의 일부인 efferent ductules (ED)에서 다양한 connexin 이형질체의 발현과 양상을 알아보았다. 1주, 2주, 1개월, 3개월 그리고 6개월령의 백서의 ED로부터 total RNA을 분리하였으며, semi-quantitative RT-PCR 방법을 사용하여 총 14개 connexin 이형질체의 mRNA 발현 양상을 알아보았다. 백서의 ED에서 연구된 14개 중 6개 connexin 이형질체의 발현이 보여졌으며, connexin 26과 30의 mRNA 발현은 연령에 따라 심한 변화를 보여주었다. Connexin 31.1의 발현은 1달령의 ED에서 가장 낮게 나타났으며, connexin 37과 45는 주로 초기 발달 과정에서 높은 수준으로 발현됨을 보여주었다. 또한, connexin 43의 발현은 1주령에서 가장 낮았으며 2주령 이후에는 큰 변화없이 일정한 수준을 유지하였다. 본 연구는 백서의 ED에서 다양한 종류의 connexin 이형질체가 발현되며, 이러한 발현은 생후 연령에 따라 서로 다르게 조절됨을 보여준다.

Microarray 분석을 이용한 유채 종자성숙단계별 유전자 발현 양상 (Gene Expression Profiling of Oilseed Rape Embryos Using Microarray Analysis)

  • 노경희;박종석;김종범;김현욱;이경렬;김순희
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • 제55권4호
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    • pp.227-234
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    • 2012
  • 유채 종자 성숙단계별 변화하는 종자의 특성을 살펴본 결과, 개화 후 25일된 미성숙 종자에서 지방산 생성이 관찰되기 시작하였으며, 개화 후 35일된 미성숙 종자에서 지방산 생성이 거의 최고치에 달하는 것을 관찰하였으며, 이 때 백립중이 406 mg으로 가장 무거웠다. 유채 300k Microarray를 이용하여 유채 종자 성숙단계별 발현되는 유전자의 발현양상을 살펴보았다. 유채 300k Microarray는 NCBI에 등록되어 있는 543,448개의 ESTs와 780개의 cDNA정보를 군집 분석하여 80,696개의 유전자정보를 얻어 제작되었다. 개화 후 10, 25, 그리고 35일된 종자에서 total RNA를 분리하여 유채 300k Microarray 실험을 수행한 결과, 약 7,000개의 유전자에 해당하는 8.5%가 잎에 비해 종자(25DAF)에서 발현 양이 2배 이상 증가됨을 알 수 있었고, 10배 이상 증가하는 유전자 비율도 0.4%에 해당하였다. 종자 특이 발현 유전자의 발현양상을 보면, 초기에는 저장 및 세포분화 관련 유전자들의 발현 양이 높게 나타난 반면, 후기에는 지방산 대사 관련 유전자를 포함한 에너지 축적 관련 유전자들의 발현 양이 높게 나타나는 것을 관찰 할 수 있었으며, reverse transcriptase-polymerase chain reaction을 통해서 이를 확인하였다. 본 실험 결과는 종자 특이 발현 프로모터를 발굴하거나 특정 대사 기작 연구에 관여하는 유전자 발현 양상을 광범위하게 살펴봄으로써 좀 더 심도 있는 연구를 할 수 있는 기초자료를 제공하는데 많은 도움이 될 거라 사료된다.

ODAM과 BMPRIB가 법랑질의 석회화에 미치는 영향 (Effect of ODAM and BMPRIB on Enamel Mineralization)

  • 박종태;조광희;배현숙;조영식;김흥중
    • 치위생과학회지
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    • 제11권1호
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    • pp.55-61
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    • 2011
  • 최근에 Odontogenic ameloblast-associated protein (ODAM)은 MMP-20의 발현을 조절하여 법랑모세포 분화와 법랑질의 석회화에 중요한 역할을 한다고 보고되었다. 그러나 이에 대한 명확한 기전은 알려져 있지 않다. 그러므로 이 연구의 목적은 법랑모세포 분화와 법랑질의 석회화 과정에서의 ODAM의 생물학적 기능과 신호 전달 경로를 찾고자 하였다. Ameloblast-lineage cells (ALCs)를 이용하여 ODAM 재조합 단백질을 생성하고 ODAM 과발현 (ODAM overexpressing) 또는 ODAM 억제(ODAM silencing) 세포주를 만들었다. 세포들은 2주 동안 분화 배지에서 ODAM 재조합 단백질을 처리한 군과 처리하지 않는 군으로 나누어 배양하였다. ODAM의 신호 전달 경로를 확인하기 위하여, ALCs에 BMP2와 BMP receptor 1B (BMPR-1B) 억제제인 BAMBI 재조합 단백질을 처리하였고, 또한 BMPR-1B siRNA 이용하여 BMPR-1B의 발현을 억제하였다. 단백질 발현은 western blot 이용하여 분석하였다. 석회화는 sense ODAM 과발현 세포와 ODAM 재조합 단백질을 첨가한 법랑모세포 세포주에서 증진되었다. 또한 ALP 활성화는 sense ODAM 과발현 세포와 ODAM 정제된 단백질를 첨가한 법랑모세포 세포주에서 뚜렷하게 증진되었다. 기관발생과 관련이 있는 BMPR-IB와 석회화 과정과 관련된 CBP2는 ODAM 과발현을 유도한 경우에는 발현이 증가되었으나, ODAM 발현을 억제시킨 경우에는 발현이 현저히 감소하였다. 이상 실험의 결과는 법랑질 형성과정에서 ODAM이 법랑질 석회화를 증진시킬 수 있음을 시사한다.