• EDISON SW 활용 경진대회 논문집
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• 제5회(2016년)
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• pp.96-101
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• 2016

대부분의 단백질-리간드 도킹 프로그램에서 리간드의 구조 유연성은 리간드의 회전 가능한 torsion angle들을 샘플링 하는데 국한된다. 따라서 도킹에 사용되는 초기 리간드 구조의 결합길이, 결합각, ring 구조 등에 따라 단백질-리간드 도킹의 성공여부가 달라질 수 있다. 실제 단백질-리간드 도킹 프로그램을 이용하여 단백질-리간드 상호작용을 연구하는 경우, 리간드의 구조를 임의의 구조 데이터베이스로부터 얻거나 다양한 리간드 3차원 구조 생성 프로그램 등을 이용하여 생성하게 된다. 따라서 리간드의 초기 구조가 단백질-리간드 도킹 프로그램의 성능에 어떤 영향을 주는지 살펴보는 것은 실제 단백질-리간드 도킹을 활용하는 경우에 단백질-리간드 도킹 프로그램의 성능이 어떨 것인지 알아볼 수 있다는 점에서 매우 중요하다. 본 연구에서는 리간드 분자의 초기 구조가 단백질-리간드 도킹에 미치는 영향을 알아보기 위해 30개의 단백질-리간드 복합체 표적에 대해 리간드의 초기 구조를 다양하게 생성하여 GalaxyDock으로 단백질-리간드 복합체 구조를 예측하였다. 도킹을 위한 리간드 분자를 만들 때 Ring library에서 여러 가능한 ring의 conformation을 가져오는 방법으로 리간드의 구조를 다양하게 만들었으며, 도킹 결과 한 가지 모델만 사용했을 때에 비해 도킹의 성공률이 70%에서 80%로 10% 증가한 것을 확인하였다. 또한 특히 구조적으로 유연한 ring이 리간드에 있는 경우 초기 구조가 도킹의 성공률에 큰 영향을 미치는 것을 확인할 수 있었다.

• EDISON SW 활용 경진대회 논문집
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• 제2회(2013년)
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• pp.125-137
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• 2013

2012년 G 단백질 연결 수용체(G-Protein Coupled Receptors ; GPCR) 연구가 노벨 화학상을 받았다. 상당히 많은 병과 관련되어 있어 잠재력이 크고, 많은 연구가 진행 중이다. 현재 리간드와 단백질간의 정전기적 포텐셜 연구를 통한 예측 연구가 진행되고 있지만, GPCR과 리간드 간의 연구에서 아직 리간드의 전하를 통한 단백질과 리간드간의 상호작용 예측 연구가 되어 있지 않다. 그렇기 때문에 이번 연구에서는 8가지 방법으로 전하(charge)를 띠게 하여서 단백질과 리간드의 상호작용을 계산을 통하여 예측하여 보았다.

• 대한화학회지
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• 제31권4호
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• pp.315-321
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• 1987

우라늄 추출을 위한 리간드를 페닐알라닌과 3-oxoglutaric acid로 부터 합성하였다. 여러가지 pH, 리간드와 우라늄의 여러 농도비에서 리간드를 녹인 이염화메탄 용액을 사용하여 우라늄 추출 실험을 한 결과, pH 8에서 최대의 추출효율이 나타났으며, 리간드와 우라늄의 농도비가 커질수록 추출율이 증가하였고, 농도비가 4이상에서 완전추출이 되었다. 또한 다른 양이온들과의 경쟁반응에서 리간드가 우라늄에 대해 높은 선택성을 나타내는 것이 확인 되었으며, 추출된 우라늄이 1M 염산용액에 정량적으로 회수되었고 리간드도 재사용 할 수 있었다. 그리고 우라닐 이온과 리간드의 안정도 상수를 측정 하였으며, 총괄 생성상수 값들은 다음과 같다. ${\beta}_1=1.20{\times}10^5\;,\;{\beta}_2=1.01{\times}10^8$.

• 공업화학
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• 제10권7호
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• pp.1079-1085
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• 1999

본 연구에서는 여러 가지 균일계 전이 금속 촉매를 사용하여 니트로벤젠을 아닐린 및 일산화탄소와 반응시켜 N,N'-디페닐우레아(DPU)를 생성하는 반응에 있어서 촉매와 리간드 및 promrter가 반응에 미치는 영향을 고찰하였다. 촉매로서는 Pd, Ni, Pt, Ru, Rh, 그리고 Fe 화합물을 이용하였고 리간드로서는 monodentate 리간드인 $PPh_3$와 bidentate 리간드인 1,3-bis(diphenylphosphino)proane(dppp)를 사용하여 효과를 비교하였다. Promoter로서는 $Et_4NCl$을 사용하였다. Pd 및 Ni 촉매는 니트로벤젠, 아닐린, 그리고 일산화탄소로부터의 DPU 합성에 매우 효과적이었고 상대적으로 온화한 조건에서도 거의 정량적인 수율로 DPU를 합성할 수 있었다. 이 경우 바이덴테이트 리간드인 dppp는 모노덴테이트 리간드인 $PPh_3$에 비하여 반응 속도가 훨씬 빠르고 니트로벤젠에 대한 아닐린의 소모량이 훨씬 적었는데 이는 리간드인 cis coordination에 기인하는 것으로 추정된다. $PPh_3$ 리간드인 경우에는 $Et_4NCl$ 조촉매의 사용이 필수적인데 비하여 dppp인 경우에는 오히려 조촉매가 반응 속도를 저해하였다. Pd-dppp 촉매계는 촉매의 재사용이 가능하나 촉매가 서서히 비활성화 됨을 알 수 있었다.

• 대한화학회지
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• 제23권2호
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• pp.75-79
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• 1979

Benzolgous pyridine계 리간드에 대한 전자상태와 반응성을 조사하기 위하여 단순 Huckel 분자궤도법을 이용하여 프론티어궤도함수의 에너지상태 및 superdelocalizability와 전하밀도를 계산하였다. 리간드의 최고 점유궤도함수와 최저비점유궤도함수사이에 에너지차인 ${\Delta}E_{\pi}$ 값에 대한 계산결과로부터 착물을 형성하는 리간드의 안정도 순위는 1,10-Phen > 4,5-Phen > 1,5-Phen > 8-Hox > Hox-azolinato순으로 나타났으며, 리간드의 superdelocalizability와 전하밀도로서 친적자적, 친핵적 및 라디칼반응에 대한 반응성과 결합강도를 각각 조사하였다.

• 대한화학회지
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• 제24권1호
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• pp.20-24
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• 1980

Benzologous pyridine계 리간드의 프론티어전자밀도와 pK값을 단순 Huckel 분자궤도함수법을 이용하여 계산하였다. 이들 리간드의 양성자 첨가과정에서 이론적인 pK 값을 구하는 기본식을 유도하였으며, 이 식을 이용하여 계산한 pK값은 실험치와 잘 일치하였으며, 리간드내의 질소원자 위치에 대한 $\pi$ 전자밀도와 사이에는 병행관계가 성립됨을 보여주었다. 또한 리간드의 프론티어전자밀도의 분포로서 친전자적, 친핵적, 라디칼반응에 대하여 각각 조사하였다.

• 대한화학회지
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• 제22권3호
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• pp.133-137
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• 1978

새로운 네자리 아민리간드 1,10-dipropyl-5R-methyltriethylenetetramine(R-$Pr_2$metrien)이 합성되었고 이 리간드로부터 디클로로 몇 디니트로코발트(III) 착물이 합성되었다. 합성된 리간드는 트란스 이성체의 착물만을 형성할 것이 예측되었으며 예측된대로 트란스 이성체만을 형성하였다. 원소분석, 핵자기공명분광학, 흡수분광분석 및 원편광이색성분광법을 이용하여 리간드와 착물의 구조가 설명되었다.

• 대한화학회지
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• 제39권7호
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• pp.538-542
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• 1995

Hydrazide schiff base 리간드인 N,N'-oxalylbis(salicylalde hydehydrazone)(OBSH)과 N,N'-malonylbis(salicylaldehydehydrazone)(MBSH), N,N'-succinylbis(salicylaldehydehydrazone)(SBSH) 리간드들과 $UO_2^{2+}$ 이온과의 착물형성에 따르는 안정도상수와 열역학적 파라미터를 95% DMF 용액에서 전위차 적정법을 사용하여 측정하였다. 안정도상수의 크기는 SBSH$UO_2^{2+}$ 이온과의 착물형성에 대한 ΔH는 OBSH에 대해서는 음의 값을 갖는 발열반응임을 알 수 있었고, MBSH, SBSH에 대해서는 양의 값을 갖는 흡열반응임을 알 수 있었다. ΔS는 OBSH < MBSH < SBSH로 증가하였다.

• 한국진공학회:학술대회논문집
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• 한국진공학회 2013년도 제44회 동계 정기학술대회 초록집
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• pp.278-278
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• 2013

최근 나노 입자의 안전성에 대한 연구가 활발하게 이루어 지고 있다. 대부분의 연구는 세포독성과 쥐에 흡입시켜 각 장기에 침착 정도를 측정하는 연구에 집중되어 있고, 나노입자의 리간드 특성에 대한 연구는 활발이 진행되고 있지 않다. 따라서 같은 나노입자를 이용한 연구결과가 다르게 나타나는 것을 종종 확인 할 수 있어서, 나노입자 특성평가의 중요성이 커지고 있다 [1,2]. 본 연구에서는 용매에 리간드가 존재하는 PEG-conjugated AuNPs과 원심분리로 용액내의 free-ligands가 제거된 PEG-conjugated AuNPs에 대하여 ToF-SIMS 이미지를 얻었고, PEG와 AuNPs 이미지의 statistical correlation으로부터 AuNPs의 표면에 존재하는 리간드들의 stability를 평가할 수 있는 방법을 개발하였다. 또한, citrated-conjugated AuNPs을 PEG 리간드로 표면을 치완시키고, phagolysosomal simulant Fulid(PSF) 용액에 incubation 과정 동안의 PEG 리간드가 표면에서 제거되어 용액에 존재함을 확인하였다. ToF-SIMS의 이미지와 statistical correlation을 이용하면 나노입자의 표면에 존재하는 다양한 리간드들의 안정성을 평가할 수 있고, 이를 통한 나노입자의 안전성에 대한 연구에 기여 할 수 있을 것으로 기대된다.

• 대한화학회지
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• 제42권5호
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• pp.539-548
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• 1998

여러자리 산소-질소계 리간드들은 시프염기 리간드인 Bis(salicylidene)-ethylendiamine(BSED), Bis(salicylidene)-propylenediamine(BSPD), Bis(salicylidene)-diethylenetriamine(BSDT), Bis(salicylidene)-triethylenetetraamine(BSTT) 및 Bis(salicylidene)-tetraethylenepentaamine(BSTP)의 이민기를 수소환원장치에서 백금촉매를 이용하여 네자리 리간드인 N,N'-bis(2-hydroxybenzyl)-ethylenediamine(BHED)과 N,N'-bis(2-hydroxybenzyl)-propylenediamine(BHPD), 다섯자리 N,N'-bis(2-hydroxybenzyl)-diethylenetriamine(BHDT), 여섯자리 N,N'-bis(2-hydroxybenzyl)-triethylenetriamine(BHTT), 일곱자리 N,N'-bis(2-hydroxybenzyl)-tetraethylenepentaamine(BHTP) 리간드들을 합성하였다. 리간드들의 양성자 해리상수와 전이금속(Ⅱ)과 착물의 안정도상수는 전위차 적정법으로 측정하였다. 리간드별 전이금속(Ⅱ)이온에 대한 착물 안정도상수값$(logK_{ML})$의 크기는 BHED아연(Ⅱ)의 순서로 이 결과는 Irving-Williams 서열과 잘 일치하여 증가하였다.