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바이오인포매틱스 Web Services (Web Services of Bioinformatics)

  • 조희형;안부영;안성수;박재홍;박형선
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2005년도 추계학술발표대회 및 정기총회
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    • pp.635-638
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    • 2005
  • 근래 들어 생명과학 및 생명정보에 대한 관심이 높아지면서, 활발한 연구 활동의 결과물로 많은 정보를 얻을 수 있게 되었다. 방대한 생명정보를 분석할 수 있는 많은 알고리즘이 개발되었으며, 웹 기술이 발달함에 따라 생명정보의 활용도가 높아져서 다양한 방법으로 정보 서비스가 가능하게 되었다. Web Services는 XML, SOAP, WSDL, UDDI를 사용하는 분산 컴포넌트 기반의 컴퓨팅 기술로 서비스를 제공하는 Service Provider와 서비스 제공자의 정보를 저장하는 Service Registry 및 서비스를 사용하는 Service Requestor로 구성된다. 본 논문에서는 바이오인포매틱스 분야에서 Web Services를 구성하는 모든 요소들을 개발한다. 특히 One-Stop Web Services는 GUI 환경의 인터페이스로 사용자에게는 용이한 실행 환경을 제공하고 있으며, Web Services 개발자에게는 사용자 인터페이스 개발 부담을 줄일 수 있다.

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카드뮴 유도 잉어 혈액으로부터의 Metallothionein 정제 및 이에 대한 다클론 항체 생산 (Purification of Carp Serum Metallothionein Induced in Carp with Cadmium and Production of Polyclonal Antibody)

  • 유형석;강호준;김슬기;김남수;김우연
    • 산업식품공학
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    • 제13권4호
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    • pp.314-319
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    • 2009
  • Metallothioneins (MTs) are low molecular weight, cysteine-rich, and heavy metal binding proteins, which could be induced with heavy metals such as Cd, Hg, Zn and Cu in liver, kidney, and in cultured cells. By using ion exchange chromatography on DE-52, MT was purified from the serum of carp induced with cadmium in order to produce antibody against MT. Polyclonal antibody produced against purified carp MT reacted well with MT in the serum of carp induced with cadmium, whereas control serum did not. This may indicate that the polyclonal antibody against the carp MT could be used for the preparation of biosensors to detect MT in fishes like carp.

빅데이터 활용을 위한 클라우드 기반의 링크드 데이터 인덱싱 시스템 (Linked Data Indexing System for Big Data Processing on the Cloud System)

  • 이민아;정진욱;김응희;김홍기
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2013년도 추계학술발표대회
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    • pp.1596-1598
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    • 2013
  • 2000년대 초반 등장한 시맨틱 웹 기술은 최근 재조명을 받고 있다. 이는 초기에 구축된 시맨틱 데이터와 최근에 구축하는 시맨틱 데이터의 양적 비교를 통해서도 알 수 있다. 그러나 기존의 시맨틱웹 기술은 대용량 데이터를 처리하는데 어려움이 많아, 이를 처리하기 위한 기술이 중요한 문제로 대두되고 있다. 본 논문에서는 앞에서 말한 바와 같이, 기존 RDF Repository의 대안으로, 다양한 데이터 베이스를 복합적으로 사용하였다. RDF 데이터를 효율적으로 처리하기 위해, NoSQL DB와 메모리 기반 관계형 DB를 활용하여 시스템을 구성하였다. 또한, 사용자가 이에 대한 별도의 지식 없이 기존의 SPARQL 질의를 그대로 사용하여, 원하는 결과를 얻을 수 있는 시스템을 제안한다.

디지털 의류 기술을 활용한 생체신호 측정 (Measurement of the Bio-signal using the Digital Clothing Technology)

  • 우창우;정기수;주문일;손호선;류근호;김영규
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2013년도 추계학술발표대회
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    • pp.593-595
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    • 2013
  • 유비쿼터스 컴퓨팅은 IT기술을 기반으로, 의료 도시환경 건축 의류 등 사회 전반적인 분야로 확대되고 있다. 특히, 의료 기술의 발전과 고령인구의 증가, 삶의 질 향상에 대한 사람들의 욕구는 점점 헬스케어 산업의 중요성을 부각시켜주고 있다. 본 논문에서는 사용자 생체정보 측정을 위해 통신이 가능한 디지털 의류를 제작하여 생체신호를 측정할 수 있는 시스템을 제안하였다. 디지털 의류는 심전도 센서, 디지털 실, 모듈을 통해 구성되어 있으며 이를 안드로이드 어플리케이션을 통하여 스마트폰과 통신하도록 개발 하였다.

의료용 소프트웨어생명주기 프로세스 분석 (A Analysis of Medical Device Software Life Cycle Processes)

  • 최민용;강영규;허찬회;이정림;박기정;박해대;이인수;김혁주
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2006년도 추계학술발표대회
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    • pp.571-574
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    • 2006
  • 2006년 5월 국제전기기술위원회(International Electrotechnical Commission, IEC) TC62(의료용전기기기기술위원회) SC62A(의료용전기기기 공통특성에 관한 세부분과위원회)에서 의료기기 소프트웨어의 생명주기 프로세스에 관한 국제규격인 IEC 62304, Ed.1을 제정하였다. 전체 내용은 크게 일반적인 요구사항(General requirements)과 소프트웨어 개발과 유지보수에 대한 프로세스(Software development & maintenance process)로 구성되어 있다. 그리고 소프트웨어 개발과 유지보수 프로세스가 진행되는 동안에 기본적으로 확보되어야 하는 소프트웨어 위험관리와 형상관리에 대한 프로세스 Software risk management & configuration management process)를 규정하고, 또한 문제 발생 시 이를 해결하기 위한 소프트웨어 문제 해결 프로세스(Software problem resolution process)를 규정하고 있다. 이는 기존의 정보통신 분야에서 사용되던 소프트웨어 생명주기 프로세스인 ISO/IEC 12207 규격과 외형상 많은 차이를 나타내고 있다. 이에 본 논문에서는 의료기기 소프트웨어의 생명주기 프로세스에 관한 국제규격인 IEC 652304를 분석하여 실제 의료용 소프트웨어 개발 및 유지보수 작업들이 어떠한 방식으로 이루어지는지를 분석하고, 또한 기존의 소프트웨어 생명주기 프로세스인 ISO/IEC 12207 규격과의 차이점을 비교 분석하여 본 규격에 대한 근본적인 활용 방안을 모색하고자 한다.

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2005년 이전 생성되어 동결보관중인 배아의 처리 (Disposition of Cryopreserved Embryos Generated before the Year of 2005)

  • 이경훈;최영민
    • Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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    • 제36권3호
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    • pp.209-217
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    • 2009
  • 목 적: 2005년 생명윤리법 시행 이전에 생성되어 동결보관중인 배아 (이후 '2005년 이전에 생성된 잔여 배아')의 처리에 관련된 문제점을 논의하고, 문제 해결을 위한 방안을 모색하고자 하였다. 연구방법: 2009년 12월 31일 이후 폐기되어야 하는 '2005년 이전에 생성된 잔여 배아'의 재이용에 관련한 각 이해 당사자들 사이의 의견 차이를 예측하였다. 또한 "2005년 이전에 생성된 잔여 배아 폐기" 및 "동의서 획득" 과정에 필연적으로 부각하게 될 여러 문제점을 파악하였다. 결 과: 관계 당국에서는 2006년 11월 23일 '국가생명윤리심의위원회'에서 심의, 의결한 '법 시행 이전에 생성된 배아 관리 지침'을 마련해 놓았으나, 이후 뚜렷한 후속 조치가 없는 것으로 파악되고 있다. 결 론: '2005년 이전에 생성된 잔여 배아'의 처리와 관련된 동의서 취득 방식에 대한 국가적 또는 사회적인 공론화 과정이 형성되지 않는다면, 생명윤리법이 궁극적으로 지키고자 하는 인간의 존엄과 가치가 침해될 가능성이 있다. '2005년 이전에 생성된 잔여 배아'에 관련된 동의서 획득 과정에 필연적으로 제기될 "합리적이고 정당한 합의 절차"를 시급히 마련하여 향후 지속적으로 제기될 생명윤리 관련 문제들에 대한 해결의 시발점이 되어야 한다.

바이오차 비드를 이용한 수용액에서 Pb의 효율적인 처리효율 평가 (Evaluation of Efficient Pb Removal from Aqueous Solutions using Biochar Beads)

  • 박유진;이재훈;노준석;최아영;김신실;이슬린;박종환;서동철
    • 한국환경농학회지
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    • 제42권1호
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    • pp.35-43
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    • 2023
  • 본 연구는 저비용 고효율 중금속 흡착제를 개발하기 위해 바이오매스 전소발전소에서 배출된 바이오차를 이용하여 바이오차 비드를 다양한 혼합조건으로 제조하고, 등온흡착과 동적흡착 모델을 활용하여 Pb 처리 효율을 조사하였다. 바이오차 비드의 Pb 흡착 효과를 확인하기 위해 다양한 조건에서 흡착실험을 수행하였다. Freundlich 등온흡착 모델로 흡착특성을 분석해 본 결과 Pb에 대한 바이오차 비드의 흡착패턴은 L형이었다. Langmuir 등온흡착 모델을 통한 바이오차 비드의 최대 흡착량(a)은 2.5% 바이오차 비드(2.5-BB) 처리구에서 28.736 mg/g로 가장 많았다. Pb에 대한 바이오차 비드의 동적흡착 특성을 조사한 결과 반응 8시간에 포화에 도달하였고, 화학적 흡착이 우세하였다. Pb 흡착량은 Pb 용액의 pH가 3일 때 가장 낮았으며, pH 4-5.5에서는 유사한 Pb 흡착량을 보였다. 2.5% 바이오차 비드(2.5-BB) 처리구의 투입량이 26.6 g/L일 때 Pb 제거 효율이 97.9%로 가장 높았다. 이상의 결과를 미루어 볼때, 바이오차 비드는 바이오차의 장점을 살린 저비용 고효율 흡착제로서 활용이 가능할 것으로 판단된다.

기후변화 지표종 구상나무(Abies koreana E. H. Wilson)의 생태학적 반응 (The ecological response of the climate change indicator species, Korean fir (Abies koreana E. H. Wilson))

  • 김윤서;김세희;이정민;박지원;박여빈;박재훈;김의주;조경미;최윤경;서지현;서주현;김규리;이주선;유도훈;김민선;유영한
    • 한국습지학회지
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    • 제26권1호
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    • pp.62-71
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    • 2024
  • 기후변화조건에서 구상나무의 생태적 변화를 파악하기 위해 5년 동안 대조구(야외)와 RCP 4.5에 근접하게 온도 및 CO2를 상승시킨 기후변화처리구에서 생육 및 생리적 반응을 분석하였다. 그 결과, 기후변화처리구에서 구상나무의 년생별 가지 길이는 시간이 지날수록 증가하는 경향이 나타났다. 그리고 기후변화 조건은 구상나무 잎의 형태적 차이에는 큰 영향을 주지 않지만, 잎의 생물량에는 영향을 주어, 기후변화가 진행될수록 구상나무의 잎 생산성이 저하될 것으로 예상되었다. 한편, 기후변화 조건에서 구상나무의 엽록소 함량은 기후변화처리구에서 높은 반면, 광합성률, 기공전도도, 증산율, 그리고 수분이용효율은 대조구가 더 높게 나타났다. 이는 온도와 CO2가 상승된 환경이 기공밀도 증가에 영향을 줄 수 있으나, 광합성 반응에는 부정적 영향을 주는 것으로 예상된다. 향후 이를 확인하기 위해 각각의 환경 처리에서 기공 밀도에 대한 추가적인 연구가 필요할 것으로 판단된다. 한편, 본 연구에서는 잎의 생물량 변화만 관찰하였기 때문에 기후변화 조건 하에서 구상나무의 생물량 변화에 대한 추가적인 실증 연구가 고려되어야 할 것으로 사료된다. 결과적으로 장기간 상승된 온도와 CO2에서 구상나무의 환경 적응력은 약화될 것으로 판단된다.

HEC-RAS를 이용한 한강권역 하천 단면 분석 연구 (River Section Analysis Using HEC-RAS in Han River Watershed)

  • 노연정;김성준;허준욱;홍은미
    • 한국수자원학회:학술대회논문집
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    • 한국수자원학회 2022년도 학술발표회
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    • pp.477-477
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    • 2022
  • 환경문제가 사회적으로 크게 대두되면서, 환경 보전 및 복원에 대한 국민들의 관심이 높아졌다. 특히 하천의 경우, 시민들의 레저 활동 및 휴식을 위한 공간으로도 활용되고 있어 청정한 환경 유지를 위한 노력이 필요하다. 하천의 생태기능은 하천에서 살아가는 각종 생물의 서식 조건을 유지함으로써 하천이 환경적으로 건강한 상태를 유지하도록 하는데 매우 중요한 역할을 한다. 우리나라는 70년대 이후부터 오염물질로부터의 수량 보장 등의 목적으로 하천 유지유량을 설정하여 관리하고 있다. 최근에는 이러한 단순 수질 환경 및 물수요의 충족을 위한 취수량 확보 목적을 넘어 수생태계 보호를 위한 유량인 환경생태 유량의 확보가 중요한 문제로 대두되고 있다. 일반적으로 생태계 기능을 보존하는데 필요한 최적 또는 최소 유량에 대한 평가는 다양한 종의 어류에 대한 하천의 유량과 서식지 가용성 사이의 관계를 정의하는 서식지 기반 모델에 의해 수행되어왔으며, 이를 위해서 우선적으로 하천 단면에 대한 수위, 유량, 지반고 등의 하천 고유 특성에 대한 정보를 필요로한다. 이에 본 연구는 생태유량 산정에 앞서 HEC-RAS(하천 분석 시스템)를 이용하여 한강권역내 생태유량 산정을 위한 취약지역 3지점에 대한 하천 단면 정보에 대한 분석을 진행하였다. 본 연구 결과는 한강권역 환경생태유량 산정 및 하천 관리를 위한 기초자료로 활용할 수 있을 것이다.

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