• 한국축산식품학회:학술대회논문집
• /
• 한국축산식품학회 2005년도 제36차 추계 학술발표대회
• /
• pp.123-126
• /
• 2005

본 연구는 고등동물의 불포화지방산 생합성의 핵심 효소로 알려져 있는 Stearoyl-CoA desaturase(SCD) 유전자의 특정한 단일염기다형(single nucleotide polymorphism; SNP)이 한우의 도체 및 육질형질에 미치는 영향을 분석하기 위해 SCD 유전자의 Intron 7번 영역의 특정부위를 포함하는 primer를 제작하고, 염기서열 분석을 통하여 유전자 구조를 해석한 결과 총 211bp 크기를 갖는 염기서열의 122번째에서 아데닌(A)${\leftrightarrow}$구아닌(G) 염기치환으로 발생한 단일염기다형(SNP) 부위를 발견하였다. 이들 단일염기다형 염기서열 부위를 PCR-SSCP(single-strand conformation polymorphism) 기법을 이용하여 분석한 결과 3종류의 SNP 유전자형(A/A, A/G 및 G/G)을 검출하였다. 이 가운데 A/G 유전자형이 한우의 근내지방도와 등지방두께와 고도의 유의적 연관성이 있다는 새로운 사실을 발견하였다. 따라서, 본 연구를 통해 개발된 한우 SCD 유전자의 특정한 단일 염기다형 표지인자는 한우의 연령 및 성별에 관계없이 육질이 우수한 고급육을 생산하는 우량 한우의 조기식별에 매우 유용한 DNA 표지인자로 활용할 수 있을 것으로 기대된다.

• 한국가금학회지
• /
• 제36권1호
• /
• pp.85-88
• /
• 2009

조류에서 미토콘드리아내 유전자인 cytochrome c oxidase I(COI)는 종 구분을 위한 바이오마커로 많이 이용이 되고 있다. 본 연구는 이 유전자의 변이를 이용하여 닭의 품종 구분이 가능한지를 실험하기 위하여 실시하였다. 그 결과 한국 재래닭은 공시축으로 사용한 산란계인 White Leghorn과 육계인 Cornish가 가지고 있는 단일염기다형을 모두 가지고 있는 것으로 판명되어 품종구분을 위한 마커로 사용하기에는 적합하지 않은 것으로 확인되었다. 그러나 본 연구 결과를 통하여 한국재래계가 육계와 산란계의 특성을 모두 가지고 있다는 기존의 학설을 뒷받침하였으며, 품종 구분을 위하여 미토콘드리아와 genomic DNA 유래 단일염기다형 선발의 중요성을 확인할 수 있었다.

• 농업과학연구
• /
• 제37권3호
• /
• pp.399-404
• /
• 2010

닭의 진화를 이해하기 위하여 변이가 많다고 알려진 LYZ 유전자의 엑손과 인트론에 존재하는 단일염기다형이 본 연구를 통해 확인되었다. 2개의 한국 재래실용계에서 총 24개체의 DNA 샘플이 본 연구에서 이용되었으며 단일염기 다형의 확인을 위하여 3개체의 샘플을 혼합하여 염기서열 분석을 실시하였다. 적색야계와의 비교를 통하여 두 한국 재래실용계는 18개의 염기서열변이를 확인할 수 있었으며 한국 재래실용계 간에는 15개의 염기서열 변이를 확인할 수 있었다. 총 33개의 변이 중 두 개의 삽입변이(21 bp와 4 bp)가 확인되었다. 한편, 2번째 엑손의 1426 bp 위치에 존재하는 단일염기 다형(p.Ala49Val)은 아미노산의 변이를 나타내는 미스센스 돌연변이로 확인되었다. 이 돌연변이는 이 lysozyme 효소의 촉매작용을 하는 위치에 놓여 있어 효소의 활성과 밀접한 관계가 있을 것으로 추정된다. 본 연구에서 밝혀진 LYZ 유전자의 변이는 이 유전자의 기능뿐 아니라 한국 재래실용계 집단의 구조를 이해하는데 기초자료로 이용될 것으로 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제49권6호
• /
• pp.719-728
• /
• 2007

CSRP3, APOBEC2, CAV1, CAV2 및 CAV3 유전자들은 포유동물에서 도체와 육질 형질에 중요한 역할을 하는 것으로 보고되고 있다. 따라서, 이 유전자들의 단일염기다형(Single nucleotide poly- morphism; SNP)을 8개의 다른 소의 품종에서 확인한 결과 coding region에서 caveolin family 유전자에서 9개의 SNP, CSRP3유전자에서 1개의 SNP 및 APOBEC2 유전자에서 3개의 SNP가 존재함을 확인하였다. 이 coding region의 SNP들은 PCR-RFLP 방법에 의해 재확인하였으며 이들 유전자의 intronic region에서도 9개의 SNP가 존재함을 확인할 수 있었다. 8개의 다른 품종 소에 각 유전자들의 SNP들을 이용하여 유전자 빈도를 확인한 결과 CAV2, CAV3, CSRP3 및 APOBEC2 유전자의 SNP 중에서 5개가 품종간에서 유의적으로 차이가 있음을 확인할 수 있었다. 이 SNP들은 차후 검증작업을 통하여 육질관련 형질 마커로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
• /
• 제29권12호
• /
• pp.1314-1320
• /
• 2019

본 연구는 한우 CLMN 유전자 exon 8번 영역의 단일염기다형과 육량 및 육질형질과의 연관성을 평가하기 위해 수행하였다. 또한, 한우 등심조직에서 근육 내 지방함량의 극명한 차이를 나타내는 고지방육 그룹과 저지방육 그룹 간 CLMN 유전자의 발현양상을 비교 분석하였다. 그 결과 CLMN 유전자는 고지방육 그룹에서 더 높게 발현되었다. 한우 CLMN 유전자의 exon 8번 영역에서 총 9개의 단일염기다형을 검출하였으며, 이들 SNP의 유전자형과 육량 및 육질형질과의 연관성을 평가하기 위해 direct-sequencing 분석을 통하여 각 개체별 SNP genotyping을 수행하였다. 그 결과, exon 8번 영역 내에 존재하는 g.23249G>C SNP가 근내지방도 형질과 유의적인 연관성이 있는 것으로 분석되었다 즉, CC 및 GC 유전자형을 가진 개체들은 GG 유전자형을 가진 개체들에 비해 유의적으로 더 높은 근내지방도를 갖는 것으로 분석되었다. 연관불평형 분석을 통해 CLMN 유전자의 haplotype을 구성하고 육량 및 육질형질과의 연관성을 분석한 결과 근내지방도와 유의적 연관성이 입증되었다. 즉, CC-CC haplotype(g.23249G>C and g.23465T>C SNPs)을 가진 개체들이 CT 및 GT haplotype을 갖는 개체들에 비해 유의적으로 더 높은 근내지방도를 갖는 것을 확인하였다. 따라서 본 연구에서 발굴된 CLMN 유전자의 SNP는 육량과 육질형질이 우수한 한우를 선발하기 위한 분자 마커로 활용 가능할 것으로 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제49권5호
• /
• pp.577-584
• /
• 2007

본 연구는 후대검정 한우 295두의 혈액으로부터 genomic DNA를 추출하여 PCR 방법에 의한 증폭과 염기서열 분석을 통하여 ADSF/resistin 유전자의 단일염기다형을 발굴하고 이들과 한우 육질관련형질과의 상관관계를 분석하기 위하여 실시하였다. 확보된 DNA로부터 염기서열을 결정한 결과 promoter와 4개의 exon영역에서는 SNP를 찾지 못하였으나 intron 영역에서 7개의 SNP를 발굴하였다. 발굴된 SNP의 출현 빈도는 0.027에서 0.16까지 그 차이가 많았다. 육질형질과의 상관분석에서 이들 SNP 중 intron 2에서 발굴된 764A ins 만이 근내지방도와 상관관계가 발견되었다(P<0.05). 근내지방도는 유전력이 매우 높기 때문에 이번에 발굴된 ADSF/resistin 유전자의 SNP 764A ins와 같이 유전표지인자를 이용하는 것이 근내 지방도의 개량을 위해 우수한 결과를 가지는 것으로 사료된다. 가축의 경제형질의 경우 다수의 유전자가 관여하기 때문에 한 개의 유전자를 이용한 가축의 선발 또는 개량에 이용한다는 것은 제한적일 수 있다. 따라서 다수의 관련 유전자를 이용한 다형현상과 경제형질과의 연관성 연구가 동반될 때 육질개선 및 가축개량에 실질적인 증대효과가 있을 것으로 사료된다.

• 한국가금학회지
• /
• 제36권4호
• /
• pp.323-328
• /
• 2009

닭의 품종 기원을 결정하거나 유전적 변이의 정도를 확인 하는데 미토콘드리아 DNA D-loop 염기서열을 이용하여 오고 있다. 본 연구는 한국재래계 갈색종과 흑색종, 로드아일랜드레드종, 코니쉬종의 4품종 41개체의 염기서열을 분석함으로 품종간의 유전적 연관관계를 확인하였다. 그 결과 총 10개의 haplotype를 확인할 수 있었으며, haplotype 1과 2는 가장 많은 수인 8개체씩이 포함되었다. 계통도 분석을 통해 한국재래계 흑색종과 갈색종은 haplotype 2를 모두 가지고 있는 것으로 확인되었으며, 이 haplotype은 적색야계와 유전적으로 가깝게 위치한 것을 알 수 있었다. 본 연구를 통해 D-loop 염기서열 변이가 품종 판별 마커로 이용 가능성이 있는지 확인하였다. 그 결과 여러 단일염기다형 마커의 조합으로 품종의 구분이 가능할 것으로 추정되며, 앞으로 더 많은 연구가 진행되어야 할 것으로 생각된다. 이 연구의 결과는 한국재래계의 보존 및 육종계획 수립과 더불어 품종판별 마커의 개발의 기초 자료를 제공할 것으로 생각된다.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제55권3호
• /
• pp.165-171
• /
• 2013

돼지 유전체 전장의 고밀도 단일염기다형 유전자형을 이용하여 혈연관계행렬을 구성하고 이를 이용하여 유전체 육종가를 추정하였다. 이상치를 제거한 랜드레이스 순종돈 448두의 40,706개 단일염기다형 유전자형 정보를 이용하였으며, G05, GMF, GOF, $GOF^*$ 및 GN의 5가지 방법을 이용하여 유전체 관계행렬을 구성하고 이를 이용하여 유전체 육종가를 추정하였다. GOF 방법에 의하여 계산된 혈연계수가 기존의 혈통정보를 이용한 혈연계수와 가장 작은 편차를 나타내고 평균소수대립유전자빈도를 이용하는 GMF 방법에서는 큰 차이가 나타나 대립유전자빈도 기준이 혈연계수의 평균이동을 유발함을 확인하였으며, $GOF^*$를 제외한 모든 방법에서 정규 분포형태의 멘델리안샘플링이 나타나는 것을 확인하였다. 등지방두께 평균과 90 kg 도달일령에 대한 육종가 추정 모형을 설정하고 유전체 관계행렬을 이용하여 유전모수와 육종가를 추정한 결과 혈통정보를 이용한 육종가와의 상관은 GOF 방법에서 가장 높게 나타났으며, 유전체 관계행렬의 척도(scale)에 베타함수를 이용한 $GOF^*$의 경우 모든 형질에서 유전분산이 크게 추정되어 분모부분을 구성하는 척도는 유전모수 추정치 영향하는 것을 확인하였다. 동일한 표현형 정보량을 이용할 경우 유전체관계행렬을 이용한 육종가 추정의 정확도가 혈통정보를 이용한 육종가보다 높게 나타났으며, 90 kg 도달일령보다는 등지방두께 평균에서 그 차이가 더 크게 나타났다. 집단 내 누적 표현형자료가 부족한 경우, 외래 유전자원이 도입되어 집단 내 혈연관계가 부족할 경우 또는 멘델리안 분포가 전혀 고려되지 않는 어린 동복자손의 육종가를 예측해야 하는 경우에 유전체 정보를 활용하면 유전능력 평가의 정확성을 크게 향상시킬 수 있을 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
• /
• 제17권12호
• /
• pp.1622-1626
• /
• 2007

4개의 후보 유전자를 분석해본 결과, 돼지의 주요 염색체 부위 및 유전자들이 주요 경제성 요인들과 관계가 있는 것으로 확인됐다. 양돈업계에서 DNA 기술을 이용한 염색체 정보를 활용하기 위해 본 연구에서는 4개의 후보 유전자에서 생성된 중합효소연쇄반응(PCR) 생성물을 비교 재 서열 함으로써 단일염기변이(SNP) 표지들을 개발했다. 또한 이들 4개의 SNP에 대해 PCR 제한효소 절편길이 다형 성(RFLP)분석을 전개한 후, 이를 대한민국 내 버크셔 종 돼지 개체군의 유전자형을 분석하는데 활용했다. 본 연구는 유용한 단일염기변이를 식별하고 돼지개체군 내 경제적으로 중요한 특성들과 SNP의 연관성을 확인하는 데 그 목적이 있다.

• 생명과학회지
• /
• 제14권4호
• /
• pp.593-607
• /
• 2004

유해성 적조생물 Cochlodinium polykrikoides/Gyrodinium aurelum을 포함한 43 종류의 와편조류를 대상으로 SSU 부위 유전자를 분석했다. 유전자 염기서열에 의거한 상호 계통수는 parisomny, distance, maxium 방법으로 실행했다. Noctilura scintillans, Gonyaulax spinifera와 Crythecodinium cohnii 종들은 와편모조류 중 가장 유전적으로 먼 것으로 보였다. Alexandrium과 Symbiodinium 종간의 bootstrap는 70% 이상의 상호 단일 계통도를 보인 반면에, Gymnodinium과 Gyrodinium은 근립절약계수와 최대 유사도 방법에서 다형 계통도를 나타내었다. Gyroddinium aurelum과 G. dorsum/G. galathenum의 유전적 분화율은 7.4% (45 bp) 였고, G. aurelum과 G. mikimotoi 상호간에는 0.9% (5bp) 밖에 나타나지 않았다. 또한 C. polykrikoides와 G. aurelum도 5.2% (31bp)로 낮은 유전적 분화율을 보였다. 계통도를 분석한 결과 G. aureolum과 C. polykrikoides는 Gyrodinium 보다 Gymnodinim 속에 훨씬 더 근접하게 나타났다.