• Journal of the Korean Chemical Society
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• v.60 no.1
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• pp.82-87
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• 2016

• Applied Biological Chemistry
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• v.39 no.5
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• pp.379-383
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• 1996

The ultrastructure of the compound starch granules and the protein bodies of Odaebyeo rice of early matured variety were examined by light microscope and electron microscope. The endosperm cell appealed rectangular or octangular shape on the cross section. The thickness of cell wall containing of membraneous materials was about $0.5\;{\mu}m$ in diameter. The starch cell was filled compactly with globular or oval shaped compound starch granules with the size of $20{\sim}25\;{\mu}m$ in diameter. The compound starch granules were consisted of central core starch granule and concentrical $2{\sim}3$ layers of starch granules. The average thickness of the starch granules were about $5\;{\mu}m$. Most protein bodies were found in the aleurone layer The globular protin bodies were scattered near the compound starch granules and $2.5{\sim}3\;{\mu}m$ in diameter. The protein bodies composed of central electron dense materials and peripheral electron loose materials in limiting membrane.

• Journal of the Korea Society of Computer and Information
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• v.14 no.1
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• pp.73-80
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• 2009

G protein-coupled receptors(GPCRs) family is a cell membrane protein, and plays an important role in a signaling mechanism which transmits external signals through cell membranes into cells. But, GPCRs each are known to have various complex control mechanisms and very unique signaling mechanisms. Structural features, and family and subfamily of GPCRs are well known by function. and accordingly, the most fundamental work in studies identifying the previous GPCRs is to classify the GPCRs with given protein sequences. Studies for classifying previously identified GPCRs more easily with mathematical models have been mainly going on. In this paper Considering that functions of proteins are determined by their stereoscopic structures, the present paper proposes a method to compare secondary structures of two GPCRs having different amino acid sequences, and then detect an unknown GPCRs assumed to have a same function in databases of previously identified GPCRs.

• Korean journal of food and cookery science
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• v.20 no.4
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• pp.396-402
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• 2004

The aim of this study was to examine the effect of rice protein on the network structure of the Jeung-Pyun. The major component of Jeung-Pyun rice protein was extracted, the change of rice protein during the Jeung-Pyun fermentation was assessed, and the effect on the viscosity and volume of adding protease to Jeung-Pyun was investigated. In addition, the result of adding protein to rice starch on the viscosity and volume of Jeung-Pyun was that the rice protein mediated the volume and expansion ability. The results were as follows. In rice and dough of Jeung-Pyun, the SDS soluble protein content was higher than that of wheat flour and no change was detected in the amount of extracted protein with the fermentation time. However, in the FPLC pattern, low molecular weight peaks were decreased with the fermentation time, which indicates the increase in the ratio of high molecular weight substances. In contrast, the addition of protease substantially decreased, the viscosity and volume of Jeung-Pyun, whereas the viscosity and volume were increased by adding protein to rice starch in order to reconstitute Jeung-Pyun. This suggested that rice protein in Jeung-Pyun had a mediating effect on both the volume and the formation of the texture.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2016.05a
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• pp.187-188
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• 2016

열대열 말라리아(Plasmodium falciparum, P. falciparum, P. f) 신속진단키트의 경우, P. falciparum에 특이적인 단백질로써 Histidine Rich Protein 2 (PfHRP2)가 사용되고 있다. 그러나 최근 연구에서 남아메리카와 중앙아메리카를 중심으로 pfhrp2/pfhrp3 유전자가 결여된 P. falciparum 열원충이 나타나는 것으로 보고된 바 있다. 본 연구에서는 생물정보학을 기반으로 PfHRP2 항원 단백질을 대체할 수 있는 새로운 P. falciparum 특이 항원 단백질을 선정하고자, PlasmoDB에서 5,777개의 P. falciparum 관련 단백질 리스트를 얻었다. 이후 NCBI BLAST를 통해 단백질 아미노산 서열을 분석하고 정상인에게 존재하지 않으며, 동시에 다른 말라리아 열원충(P. vivax, P. ovale, P. malariae, P. knowlesi)에도 존재하지 않는 P. falciparum 특이 아미노산 서열을 가진 단백질 15개를 추출하였다. IEDB analysis를 이용하여 에피토프, 수용성, 베타-턴, 접근성, 유연성, 면역원성을 분석하여 높은 평균값을 갖는 상위 3개 단백질을 선별하였다. KEGG pathway와 EMBL-EBI를 통해 선별된 3개 단백질의 혈액내 검출 가능성 및 아미노산 서열의 보존성을 분석하여 최종적으로 Glutamate-Rich Protein (GLURP)을 선정하였다. AIDA를 통해 단백질 아미노산 서열을 이용한 3차 구조 예측으로 GLURP의 구조 및 항체와의 결합을 도식화하였다. 최종적으로 선정한 GLURP는 pfhrp2/pfhrp3 유전자 결여 P. falciparum까지 특이적으로 진단이 가능하여 차세대 P. falciparum 특이 신속진단키트 개발에 도움이 될 수 있을 것으로 기대한다.

• Proceedings of the Korean Society of Life Science Conference
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• 2001.06a
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• pp.3-41
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• 2001

단백질의 부분 가수분해는 산성 음료에서의 용해도 증가, 환자들의 소화력과 알러지 내성의 개선, 다른 기능적 특성의 개발 등을 위하여 식품산업에 널리 이용되고 있다. 그러나 우유 단백질이나 대두 단백질과 같은 몇 가지 단백질들은 가수분해에 의하여 강한 쓴맛을 형성한다, 단백질 가수분해물의 쓴맛에 관한 연구는 1950년대 초에 시작되었으며, 여러 가지 원료로부터 쓴맛물질이 분리되었다. 이들 단백질 가수분해물의 쓴맛 물질은 올리고펩타이드로 알려져 있으며, 펩타이드 분자를 구성하는 소수성 아미노산의 존재와 밀접한 관계가 있는 것으로 보고되고 있다. 본 연구에서는 최근에 발달된 분석기술과 생명공학적 기법으로 E. coli에서 생산한 콩 단백질 단일 subunit를 이용하여 효소적 가수분해물의 분자구조를 확인하고자 하였다. 탈지대두박으로부터 115 glycinin와 E.coli떼서 발현된 proglycinin을 각각 90%, 97%의 정제도로 분리하여 이들 단백질을 trypsin으로 각각 가수분해하였다. 115 glycinin은 효소/기질 비 3%에서 4시간 가수분해에 의해 $14.0{\times}10^{-5}$ M quinine-HCI equivalent의 강한 쓴맛을 나타내었으며, 12%의 가수분해도(DH)를 나타내었다. 대두 단백질의 쓴맛 성분을 확인 위하여 이미 아미노산 서열이 밝혀진 11S glycinin과 proglycinin 가수분해물에서 GP-HPLC, $C_{18}$ RP-HPLC 등을 통하여 쓴맛 peptide들을 분리하였다. 각각의 분획은 다시 21개의 peptide로 분리되어 그 서열이 결정되었으며 이중 RP와 GI는 이미 알려진 쓴맛 dipeptide였고, LAGNQEQE, SAEFG, NALPE, KLHENIAR, GMIYPG 등이 주된 쓴맛 Peptide로 확인되었다. 이들은 11S glycinin의 5개의 subunit 중에서 그 위치가 확인되었다. Proglycinin 가수분해물에서도 11S glycinin과 같은 방법으로 7개의 쓴맛 peptide가 분리되었다. 이들은 $A_{1a}B_{1b}$의 아미노산 서열 중에서 37-42, 103-110, 164-167, 323-327, 367-373의 위치에 분포하고 있었으며, NALKPD, IYPGCPST, SlDT, HNIGQT, NAMFVPH의 서열을 나타내었다. 분리된 쓴맛 peptide 중에서 가장 쓴 두 분회의 peptide를 합성하여 관능 검사한 결과, NALPE는 매우 쓴맛을 내는 peptide로 확인되었다.

• Journal of the Korean Chemical Society
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• v.58 no.6
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• pp.560-568
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• 2014

The contribution of electrostatic interactions to protein folding reaction was studied by using mutant ubiquitin with lysine to alanine mutation at residue position 29. Based on the three dimensional structure of ubiquitin, lysine 29 is located close to negatively charged glutamate 16 and aspartate 21 and considered to stabilize the native state of ubiquitin by electrostatic interactions between these residues. The equilibrium unfolding experiment showed that the native stability was decreased by about ~20% upon mutation. This observation indicates lysine 29 indeed forms electrostatic interactions with nearby residues. Folding kinetics measurements using stopped-flow device and quantitative analysis of kinetics data indicate that ubiquitin folds from unfolded state to native state via intermediate state as observed previously. This intermediate state was observed to form immediately after the initiation of folding reaction. The folding intermediate was shown to be destabilized considerably upon lysine to alanine mutation. These observations indicate that electrostatic interactions can form early stage of protein folding and hence lead the folding reaction.

• The Science & Technology
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• no.4 s.443
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• pp.84-87
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• 2006

'CTO에게 듣는다' 네번째 주인공은 장종환 녹십자 부사장이다. 장종환 부사장은 서울대 화학과 졸업 후 미국 피츠버그대학교에서 구조결정학으로 박사학위를 받았다. 그후 아르곤국립연구소 연구원, 일리노이 대학교 약학대학 겸임교수, 듀폰제약 단백질 구조결정학 연구그룹 책임자, BMS 단백질 구조결정학 및 분자설계 연구그룹 책임자, BMS 리서치 펠로로 활동하다 지난 2005년부터 녹십자 CTO를 맡고 있다.

• Proceedings of the Korea Multimedia Society Conference
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• 2000.11a
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• pp.571-574
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• 2000

오늘날 단백질 정보 분석은 HGP(Human Genome Project)이후 Post-genome 시대를 맞이하면서 매우 중요한 분야로 인식되고 있다. 이 단백질 정보를 이용하는 응용은 Discovery of Protein Structure/Function Relationships, Evolutionary Relationships, 3D Modeling 등 많은 분야에서 활용되어진다. 여러 가지 분야들 중에서 특히 단백질 구조 분석을 위한 많은 다양한 소프트웨어들이 출현되고 있다. 하지만 복잡하게 얽혀 있는 단백질들을 검증하기 위해서 Mass Spectrometry에서 발생되는 Peptide Masses의 정보들을 이용할 수 있다. 이에 본 논문에서는 Mass Spectrometry에서 생성된 Peptide Mass Map을 이용하여 기존의 단백질 Database에 있는 단백질들과 비교하는 자동화 단백질 검증 시스템 설계 및 구현에 관한 연구내용을 담고 있다. 이 시스템은 3-계층 중심으로 개발이 이루어지며 이 기종 시스템과의 원활한 통신 다중 계층의 환경에 있는 각 객체들간에 통신을 위해서 RMI 기반의 미들 웨어를 활용하기로 한다.

• Proceedings of the KAIS Fall Conference
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• 2012.05a
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• pp.239-242
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• 2012

효모 (Saccharomyces Cervisiae)는 단일 세포의 형태로 존재하는 진핵 세포로써 동물세포와 유사한 기작으로 분비성 단백질을 생성한다. 따라서 박테리아와 달리 효모를 이용하면 당단백질이나 이황결합을 포함하는 분비성 단백질을 경제적으로 대량 합성할 수 있다. 효모의 필수 단백질 중 하나인 단백질 이황이성질화 효소는 소포체에 위치하며 분비성 단백질에 구조적으로 안정한 이황결합을 제공하는 효소이다. 본 연구는 단백질 이황이성질화 효소 (protein disulfide isomerase)가 지니고 있는 두 개의 활성도메인 중 분비성 단백질들의 합성 효율에 직접적으로 관여하는 부위를 찾는 연구이다. 효모 유전체로부터 단백질 이황이성질화 효소의 유전자 (PDI1)을 제거하고 효소의 변이 유전자를 주입한 후 효모의 성장 속도를 측정하였다. 또한 효모의 대표적 분비성 단백질을 각 변이 효소를 지니는 효모에 과발현시켜 합성 및 이황결합 형성 효율을 측정하였다. 단백질 이황이성질화 효소내 두 개의 활성 부위 중 아미노 말단쪽에 위치한 a 도메인에 있는 활성 부위가 분비성 단백질의 활성에 중요한 역할을 한다는 것을 알 수 있었다. 이 결과는 이황결합이나 당을 포함하는 외래 단백질의 고효율 합성을 위한 새로운 효모종 개발에 중요한 정보를 제공할 것으로 기대 된다.