• Journal of Plant Biotechnology
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• 제50권
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• pp.34-44
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• 2023

멕시코 유래의 4배체 감자 근연야생종 중 하나인 Solanum hjertingii는 괴경에서 발생하는 흑변현상에 강한 것으로 알려져 감자의 신품종 육성에 유용한 형질로 이용이 가능하다. 이러한 저항성은 생리적 장해인 효소적 갈변과 흑반을 감소시킬 수 있다. 하지만, S. hjertingii와 S. tuberosum은 생리적 장벽에 기인한 교잡종 생산이 제한적인 관계로 직접적인 교배육종보다는 체세포잡종을 육성하는 방법을 활용할 수 있다. 체세포잡종 계통이 육성이 되면 분자표지를 이용한 적절한 잡종 계통을 선발하는 것이 필요하여, 본 연구에서는 S. hjertingii의 전체 엽록체 유전체 정보를 이용하여 S. hjertingii 특이적인 PCR 기반의 분자마커를 개발하였다. S. hjertingii의 전체 엽록체 유전체는 155,545 bp였으며, 다른 Solanum 종들과 구조 및 유전자 구성이 매우 유사하였고, 가지과의 다른 15개의 종들과 계통수 분석에서 근연야생종 S. demissum, S. hougasii, S. stoloniferum과 매우 가까운 유연관계를 나타냈다. 또한, S. hjertingii의 전체 엽록체 유전체와 8개의 다른 Solanum 종의 전체 엽록체 유전체의 다중 정렬 결과로 S. hjertingii 특이적인 1개의 InDel 영역과 7개의 SNP 영역을 확인하였고, 이를 이용하여 1개의 InDel 및 4개의 SNP 기반 PCR마커를 개발하였다. 본 연구의 결과는 S. hjertingii의 진화적 측면에서의 연구와 S. hjertingii를 이용한 감자의 신품종 육성 연구에 기여를 할 수 있을 것이다.

• 식물분류학회지
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• 제36권3호
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• pp.163-187
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• 2006

태백제비꽃파 근연 분류군인 단풍제비꽃과 남산제비꽃의 종간 유연관계를 알아보기 위하여 극단적인 형태를 보이는 7개 집단에 대해 외부형태학적, 화분학적, 해부학적 형질에 대한 분류학적 연구와, 국내에 분포하는 분류군을 비롯하여 유럽, 중국과 일본에 분포하는 근연 분류군을 포함한 28개 집단에 대한 핵 DNA의 ITS와 V. pinnata를 제외한 27집단에 대한 엽록체 DNA의 trnL-F 지역에 대한 분자계통학적 연구를 수행하였다. 외부형태학적 형질에서 엽연 거치의 수, 화피의 크기, 주두와 종자의 형질 등은 형태가 유사하거나 중복되는 형질을 갖는 것으로 나타나 구분이 불가능 하였으나 잎의 모양에 의해서는 두 그룹으로 유집되었다. 화분은 단립으로 극면입상은 반각형이었고, 발아구는 3공구형이며, 표면의 돌기는 미립상, 표면무늬는 난선상으로 집단간 유사한 특징을 보였다. 화분입상은 5개 집단이 장구형으로 관찰된 반면 단풍제비꽃 type 1과 남산제비꽃 type 3은 아장구형으로 나타났다. 해부학적 형질에서 엽병, 화경, 뿌리와 주맥의 횡단면을 관찰한 결과는 7개 집단이 유사한 형태로 나타나 차이점을 찾을 수 없었으며, 기공은 모두 잎의 아랫면에만 존재하였고, 단위 면적당 기공의 수는 결각이 심할수록 많은 것으로 나타났다. 핵 DNA의 ITS지역에 대한 염기서열 분석 결과 V. pinnata와 V. dissecta는 단계통을 형성하였고 군외군으로 부터 가장 먼저 분지되어 독립된 분계조를 형성하면서 나머지 분류군들을 위한 자매군으로 유집되어 태백제비꽃과 근연 분류군을 위한 조상형으로의 가능성을 제시하였다. 그러나 태백제비꽃의 종내분류군과 V. eizanensis가 포함된 그룹은 뚜렷한 분계조를 형성하지 않았다. 이러한 결과는 엽록체 DNA의 trnL-F 지역에 대한 결과에서도 유사한 경향올 보였다. 이상의 결과에서 잎의 모양을 제외한 나머지 형질들은 태백제비꽃과 근연 분류군들을 구별하는데 유용하지 않은 것으로 확인되어 단풍제비꽃과 남산제비꽃은 태백제비꽃의 종하 분류군으로 취급하는 것이 타당할 것으로 판단된다.

• 한국양식학회지
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• 제17권3호
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• pp.197-208
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• 2004

백합과에 속하는 유용이매패류인 살조개, Protothaca jedoensis, 바지락, Rudirapes philippinam, 개조개, Saxidomus punuratus, 가무락조개, Cyciina sinensis, 백합, Meretrix lusoria 등 5종간의 패각 외부와 내부의 형태형질을 비교 조사하여 계통유연관계를 밝히고자 하였다. 계측형질중에서 주치의 길이만 패각의 크기와 일치할 뿐, 모든 계측형질의 크기가 패각의 크기순으로 나열되지 않는 점으로 보아, 계측형질은 고유의 종 형태적 특징을 나타낸다고 할 수 있겠다. 교판의 길이는 각장, 각고, 각폭 어느 것으로 비교하든지 종간 지수가 일정하게 나타났으나 다른 계측형질 지수는 일정하게 종간순으로 나타나지 않았다. 살조개와 바지락간의 형태적 유사도는 가장 높게 나타났으며, 살조개와 백합의 형태적 유사도는 낮은 값을 나타내었다. 이는 서식장의 환경적인 영향이 가장 크다고 생각되며, 형태형질의 비교에서 백합이 다소 유사도가 낮게 되는 것은 유전적인 형질에 의해서 영향을 받는다고 사료된다. 살조개를 자원증식을 위한 인공종묘생산을 시도하고자 한다면, 형태적 계통유연관계에서도 가장 근연종으로 보이는 바지락을 중심으로 활용방안을 모색해 보아야 할 것으로 사료된다

• 한국자원식물학회지
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• 제22권5호
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• pp.446-453
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• 2009

동아시아에 분포하는 콩과에 속하는 칡 1종의 13집단과 근연분류군 2종의 4집단 등 총 17개의 개체군에 대하여 유전적 유연관계 및 종간 특이적인 분류학적으로 유용한 분자마커를 알아보기 위해 RAPD 분석을 실시하였다. 15개의 oligo primer를 이용한 효소중합반응을 통해 증폭된 RAPD 절편들은 200 bp에서 2,800 bp 사이의 구간에서 관찰되었다. 이중 유효한 polymorphic band makers는 총 208개, monomorphic bands는 3개를 확인하였으며, 칡의 종 특이적 분자마커는 4개로 확인되었다. 이러한 자료에 근거하여 칡속의 17개 개체군 집단에 대한 UPGMA 분석을 실시하였다. 도출된 UPGMA phenogram에서 한국산 칡 9개체군과 국외산 칡 3개체군이 각각 독립적인 두 개의 작은 유집군을 형성하였으며, 이후 두 유집군이 하나로 크게 유집되어 다른 칡 근연분류군과는 뚜렷하게 구분되었다. 따라서 RAPD 분석은 칡과 근연분류군간의 유연관계 분석 및 한국산과 국외산 집단의 원산지판별에 매우 유용한 분자마커로 생각된다.

• 식물분류학회지
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• 제34권3호
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• pp.189-203
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• 2004

한국산 개나리족 식물의 분류학적 한계를 규명하고 계통학적 유연관계를 논의하고자 2속 8분류군 25집단으로부터 33개의 형태형질을 측정하여 수리분류학적 분석을 실시하였다. 본 연구에는 개나리족 8분류군 외에 향선나무를 비교군으로 설정하여 미선나무속의 분류학적 한계에 대한 검토를 실시하였고 근연분류군인 개나리족과 향선나무족간의 유연관계를 밝히고자 하였다. 주성분 분석결과 주성분 1, 2, 3이 전체분산의 79.6%를 설명할 수 있는 결과를 나타내었다. 주성분적재값을 기초로 공간배열을 실시한 결과, 각 속별로 크게 3개의 유집군이 형성되었고, 개나리속은 개나리-산개나리-의성개나리 유집군과 만리화-장수만리화 유집군으로 구분되었다. 미선나무속집단은 분류군의 구분 없이 무작위적인 배열을 나타냄으로써 종하분류군들은 기본종의 개체변이로 생각된다. 향선나무는 개나리족의 개나리속집단과 미선나무집단과는 명확하게 독립적인 군집을 형성하여 족 간의 뚜렷한 한계를 나타내었다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제19권2호
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• pp.297-304
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• 2003

Mitochondrial cytochrome b 유전자를 이용하여 한국에서 채집된 5종을 포함한 올빼미과(Strigidae)의 12속 31종의 계통분석을 하였다. Maximum likelihood 분석과, Kimura two-parameter와 p-distance를 이용하여 유전적 근연 관계를 측정하였다. 본 연구에 이용된 959개의 염기서열 가운데, 459개의 서열에서 변이를 확인하였고, 398개의 서열은 계통학적 정보를 가졌다. 올빼미과는 Clade I (Aegolius) , Clade II (Athene, Micrathene, Glaucidium, Surnia), 그리고 Clade III(Bubo, Nyctea, Pulsatrix, Strix, Otus, Ptilopsis, Ninox) 등 세 개의 그룹으로 나뉘어졌다. 또한 Otus속은 지리적으로 다른 두 개의 그룹으로 분리되는 것이 확인되었다.

• 한국어류학회지
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• 제29권3호
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• pp.157-164
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• 2017

2015년 겨울, 우리나라 남해안 소재 육상 양식장에서 사육 중이던 능성어의 약 30%가 폐사하였다. 수온 $9{\sim}12^{\circ}C$의 겨울철에 발생한 능성어 폐사는 신경괴사성바이러스 (NNV) 감염에 의한 바이러스성뇌망망증 (VER)으로 밝혀졌다. 시험어는 비정상적인 유영, 배를 위로한 채 수면을 떠 다니는 현상, 체색흑화, 안구백탁 및 부레의 과도한 팽창 소견을 보였다. 원인 바이러스는 일반적으로 고수온기 능성어에 감염되는 RGNNV genotype이 아닌, 냉수성 어류에서 분리되는 BFNNV genotype으로 밝혀졌으며, NNV 가장 근연관계가 높은 Pacific cod betanodavirus (PCNNV)와 99.7~100% 상동성을 보였다. 병리조직학적 관찰 결과, 바이러스성뇌망망증 (VER)의 특징적인 병변인 뇌조직의 공포화 및 괴사를 수반하였다. 이 연구는 수온 $12^{\circ}C$ 이하의 겨울철에 능성어에 감염된 BFNNV genotype에 대한 첫 보고이다.

• 원예과학기술지
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• 제31권3호
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• pp.337-343
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• 2013

본 연구의 목적은 SSR과 SRAP 마커 시스템을 이용하여 팔레놉시스 14품종 간 유전적 거리를 비교하고, SSR 마커를 이용하여 품종 간 구분을 하기 위한 것이다. 전체적으로 111개의 SSR 프라이머와 30조합의 SRAP primer를 먼저 스크리닝하였다. 국립원예특작과학원에서 보존중인 국내 육성품종을 포함한 14품종의 팔레놉시스에서 12개의 SSR 프라이머와 30조합의 SRAP 프라이머에서 높은 다형성을 보였다. 증폭된 DNA 단편들은 acrylamide gel에서 분리시킨 후 silver staining 방법으로 검출하였다. SSR 마커 55개와 SRAP 419개로, 총 474개의 마커를 획득하였으며 이를 유전적 다양성 분석에 사용하였다. 다형성 밴드들은 MVSP 3.1프로그램을 이용하여 유전적 유사도와 UPGMA clustering 분석을 위해 scoring 되었다. 14 팔레놉시스 품종은 SRAP과 SSR 분석을 통해 각각 0.683과 0.66의 유사도 지수에서 3그룹으로 분류되었다. 또한 SSR 20번과 22번만으로도 이들 육성 품종을 구분할 수 있었다. 이 결과는, SSR 분석은 팔레놉시스 품종간 구분에 효과적이고 SRAP은 염기서열의 정보가 없을 때 유전적 다양성 분석에 유용하다는 것을 보여준다. 이번 연구된 SSR과 SRAP 마커들은 팔레놉시스의 유전자형 판별, 유전자원 보존, 유전적 근연관계를 분석하는데 유용한 기술이 될 것이다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제45권2호
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• pp.168-177
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• 2017

Strain A28-5는대한민국 제주도 연안의 해수샘플로부터 고체배지내 xylan과 agar를 분해하는 균주로 분리되었다. Strain A28-5는그람 음성균으로 한 개의 polar flagella로 운동성을 갖는 $Na^+$ 이온 요구성 균주로 분석되었다. 또한 ampilcillin과 thiostreptone 등의 항생제에 내성을 보였다. Genome 내 G+C content는 43.96%이고, Menaquinone-7 (MK-7)을 predominant quinone으로 함유하고 있었다. Strain A28-5의 세포벽을 구성하는 주요 지방산은 $C_{16:1}$ ${\omega}7c/iso-C_{15:0}$ 2-OH (23.32%), $C_{16:0}$ (21.83%), $C_{18:1}$ ${\omega}7c$ (17.98%)였다. strain A28-5의 16S rRNA gene sequence는 Catenovulum agarivorans YM01와 가장 높은 상동성(98.94%)을 보였으며, Neighbor-Joining phylogenetic tree 제작을 통해서 Catenovulum agarivorans YM01와 가장 높은 근연관계를 보이는 것을 증명하였다. Catenovulum agarivorans YM01과의 DNA-DNA hybridization 분석을 통하여 A28-5을 Catenovulum 속의 신종으로 분류하여Catenovulum jejuensis A28-5로 명명하였다. 이 균주의 액체배양으로부터 준비된 두 종류의 조효소를 이용한 xylan 또는 agarose와의 효소반응액을 Thin layer chromatography로 분석하여 각각 tetramer와 hexamer의 xylooligosaccharides와 (neo)agarooligosacchardes가 생산되는 것을 확인하였다.

• 식물분류학회지
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• 제43권4호
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• pp.300-311
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• 2013

플라보노이드 분석을 실시한 결과 한반도 아고산지역에 널리 분포하는 것으로 추정되는 당마가목[Sorbus pohuashanensis (Hance) Hedl.]은 중국 내륙에 분포하는 S. wilsoniana, S. amabilis과 동일한 화학형을 보이거나, 혹은 마가목[S. commixta Hedl.]의 화학형이 집단별로 나타나 잡종 가능성이 제기되었다. 따라서, 근연종과 잡종가능성이 제기되는 중국 내륙의 개체들과 당마가목과 마가목 분포지인 한중일의 721개 개체의 19개 형질에 대한 다변량분석을 시도하여 분류군의 형태적 분화와 형질에 대한 분석을 시도하였다. 정량적 형질에 대한 단변량과 다변량분석에서 마가목분류군 전체 종간에 뚜렷하게 구분할 수 있는 식별형질은 찾지 못한 반면, 정성형질인 동아의 색, 동아와 잎 뒷면의 털의 색깔 및 유무, 탁엽의 모양의 차이와 심피의 모양에서 종간 식별 형질을 확인하였다. 형태 분석과 플라보이드 연구 결과, 한반도에 분포하는 한반도당마가목은 중국동북 3성과 극동러시아의 당마가목(S. pohuashanensis)과는 전혀 다른 화학형으로서, 중국 내륙에 분포하는 S. wilsoniana와 마가목과의 과거 잡종이입에 의한 분류군으로 판단된다. 한반도에 분포하는 추정 교잡종인 당마가목은 정량적, 정성적으로 마가목과 형태적으로 별다른 차이점을 확인할 수 없어, 역사적 종의 개념(historical species concept)에 의한 신 잡종기재보다는 전형질적 종의 개념(phenetic species concept)에 근거하여 마가목과 동일종으로 보는 것이 타당하여 마가목의 이명으로 처리하였다.