In genetic and molecular breeding studies of plants, researchers need to design various kinds of primers based on their research purposes. So far many kinds of web- or script-based non-commercial programs for primer design are available. Because most of them do not include user interface for multipurpose usage including gene structure prediction and direct target selection on sequences, it has been a laborious work to design primers targeting on the exon or intron regions of interesting genes. Here we report a primer designing graphic user interface program, Pickprimer, that includes gene structure prediction and primer design modules by combining source codes of the Spidey and Primer3 programs. This program provides simple graphic user interface to input sequences and design primers. Genomic sequence and mRNA or coding sequence of genes can be copy and pasted or input as fasta or text files. Based on alignment of the input sequences using the Spidey module, a putative gene structure is graphically visualized along with exon-intron sequences of color codes. Primer design can be easily performed by dragging mouse on the displayed sequences or input primer targeting position with desirable values of primers. The output of designed primers with detailed information is provided by the Primer3 module. PCR evaluation of 24 selected primer sets successfully amplified single amplicons from six Brassica rapa cultivars. The Pickprimer will be a convenient tool for genetic and molecular breeding studies of plants.
Kim, Tae Kyun;Kim, Se Kwon;Kim, Hyun Jun;Kim, Chang Young;Yoo, Wan Kyu;Hwang, Sung-Pil
Journal of Korean Tunnelling and Underground Space Association
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v.22
no.2
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pp.171-183
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2020
The purpose of this study is to analyze in advance the problems and improvements that may occur during the construction of intermediate slabs and the loading of intermediate slabs through the preliminary structural safety evaluation of intermediate slabs for Test bed structures in deep depth tunnels. The Test bed construction can verify and confirm the results of the design and construction technology development of large depth double deck tunnel through the process, and can also be used as a learning site for engineers and the general public to speed up the time of underground space development. There will be an opportunity to do this. In particular, the design load of middle slab built inside the circular deep-depth double-sided tunnel cross-section varies depending on the construction method and the construction equipment load used. Class 3 truck load of KL-510 assumed to be common load to upper and middle slab during loading and installation is loaded on upper and lower slab with different working position for each load combination Analyzed.
Journal of the Korea institute for structural maintenance and inspection
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v.13
no.3
s.55
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pp.135-144
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2009
The cable system of suspension bridges is a very important non-elastic element which caries an external load by a tension force of the cable, such that creates the integrity of a structure. It is not easy to find if cable system have been changed by the maintenance activities such as repairs or reinforcement. Sometimes the maintenance can cause structural deformations and changes of the tension force in cables. In most cases, the cable stayed bridges are managed by health monitering system, however, the main cable of suspension bridges need to develop more accurate and efficient monitoring system. The Namhee Bridge was constructed 35 years ago and it has been continually repaired and reinforced after then. This study describes the behavior of the cable system by analysing many of inspective reports and by using the results of hanger rope test and for the shape of main cables surveys.
Water content of sub-layer in pavement systems has a large effect on pavement performance. Many researchers lately make use of time-domain reflectometry(TDR) probes to measure the soil water content of sub-layer from field monitoring. The laboratory calibration test of TDR probe should be performed with soil field, because TDR probe can cause an error by type, gradation, density, and temperature of soil. This study performed the laboratory calibration test of TDR probe(CS616) with subgrade and subbase material in long term pavement performance(LTPP) sections. And the calibration equations of TDR probe(CS616) were then proposed. It was confirmed from the study that the data of TDR probe monitored in field could be used to estimate the freezing, unfrozen water content, and matric suction of soil.
Journal of the Korea institute for structural maintenance and inspection
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v.22
no.3
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pp.97-102
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2018
Conventional PSC I type girders were adversely affected by the self - weight of concrete, anchorage, prestressing. In order to overcome this problem, PSC girder was constructed with a hollow in the web and developed a hollow web PSC type I girder which is applicable to 50 - 70m span by multistage stressing and then actually long span hollow web PSC girder bridge was constructed. In this study, the results of Static Load Test and the Finite Element Analysis of the hollow web PSC I girder bridges were compared and analyzed, and the Load Carrying Capacity and safety of PSC girder bridges were evaluated. The Static Load Test and the numerical analysis results of this bridge showed similar tendency and the behavior of the hollow web PSC I girder was well simulated. The entire girders of the bridges had sufficient Load Carrying Capacity under the live load design condition and the bridges satisfied the safety and confirmed the appropriateness of the construction.
KSCE Journal of Civil and Environmental Engineering Research
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v.35
no.3
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pp.691-698
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2015
In the area of high traffic volume, such as expressway across large cities, the amount of nitrogen oxides (NOx) emitted into the atmosphere as air pollution can be significant since NOx gases are the major cause of smog and acid rain. Recently, the importance of NOx removal has arisen in the world. Titanium dioxide ($TiO_2$), that is one of photocatalytic reaction material, is very efficient for removing NOx. Therefore, application of $TiO_2$ concrete is a good alternative in order to remove NOx which is a main cause of air pollution. This experimental study aimed to evaluate the long-term performance of $TiO_2$ concrete such as NOx removal efficiency due to performance period and environmental resistance for application of road structures. It was found that the $TiO_2$ is reasonable applicable on the road structure because $TiO_2$ concrete has a long-term performance.
Journal of the Korea institute for structural maintenance and inspection
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v.22
no.5
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pp.1-12
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2018
This study presents the seismic response characteristics of domestic cable-supported bridges due to 3 earthquakes with magnitudes of 5.1, 5.8, and 4.5 in Richter scale, which occurred around Gyeongju region in 2016. The seismic acceleration response signals, recorded by the seismic acceleration sensors at the free field near bridge and designated positions on bridge, are utilized to characterize the seismic responses of structural elements of cable-supported bridges. The dynamic behaviors of bridges are presented through Fourier transform of acceleration time history. Using the peak accelerations normalized by those at the free fields, amplification effects on the tops of the pylons are analyzed comparatively bridge by bridge. Using aforementioned analyses, the necessity of development on the creteria of alert levels is discussed for the earthquake disaster response of cable-supported bridges.
Kim, Sang Hyo;Park, Se Jun;Lee, Dong Ho;Ahn, Jin Hee
Journal of the Korea institute for structural maintenance and inspection
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v.15
no.1
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pp.148-158
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2011
As critical infrastructure, bridges play an indispensable role in facilitating the distribution of goods. When bridges reach their end of useful life or get damaged by natural disasters such as earthquakes or storms, they have to be removed and reconstructed. When bridges in service need to be reconstructed, user costs occur from vehicle detours and traffic congestions, and social costs occur from noise and dust during construction periods. However, these user and social costs are not considered during reconstruction and the evaluation methods of those costs are vague. Thus, there is lack of appropriate bridge types that consider these costs. Therefore, this paper identifies the social overhead costs that occur during bridge reconstruction, which is also called, users' socioeconomic values. Next, it proposes a method to evaluate user costs during bridge reconstruction, and appraises the method. User costs are evaluated based on traffic information, social and material volumes including the bridge's daily traffic volume, peak hours, detour distance and time. In addition, time delay costs due to traffic operational costs and bridge reconstruction are also taken into consideration.
Park, Kang Yong;Lee, Jae Jun;Kwon, Soo Ahn;Jeong, Jin Hoon
KSCE Journal of Civil and Environmental Engineering Research
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v.30
no.3D
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pp.271-278
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2010
Semi rigid pavement is a pavement type using advantages of both flexibility of asphalt pavement and rigidity of concrete pavement by infiltrating cement paste into voids of open graded asphalt mixtures. The semi rigid pavement has better smoothness and smaller driving vibration or noise comparing to the concrete pavement, and has smaller permanent deformation and has temperature falling effect comparing to the asphalt pavement. The temperature falling effect were investigated at a semi rigid overlay pavement test section, and the temperature falling and water retaining effects were verified by measuring the temperature and weight of specimens at a housetop. Horizontal and vertical stresses and strains were compared by structural analysis of the semi rigid pavement and asphalt pavement using the Abaquser o, a commercial 3D finite element analysis program. The results were verified by Bisar 3.0, a multi-layered elastic analysis program. Performance of the semi rigid pavement and asphalt pavement were compared by predicting fatigue cracking based on the structural analysis results.
Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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2004.11a
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pp.657-660
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2004
다양한 구조를 가지는 XML 문서에 대하여 온톨로지를 기반으로 확장한 질의를 인가하면 문서의 구조적 차이를 극복할 수 있으므로 검색의 효과를 높일 수 있다. 그러나 온톨로지만을 고려하여 확장되는 질의들은 대상 문서의 구조에 부적합할 수 있으므로 검색의 효율을 저하시키게 된다. 본 논문은 온톨로지와 대상 XML 문서의 구조인 DTD를 고려하여 온톨로지로부터 불필요한 개념과 속성을 제거하는 온톨로지-DTD 정합 알고리즘을 제안하였으며, 이렇게 정합된 온톨로지를 이용하면 대상 XML 문서에 적합하도록 질의들을 생성하므로 질의의 검색 적중률을 높일 수 있다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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