• Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference
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• 2006.11a
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• pp.75-78
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• 2006

계통발생학적 분석은 바이오인포메틱스에서 분류 단위의 진화적인 관계를 추정하는데 있어서 중요한 문제 중 하나이다. 계통발생학적 분석에서 사용되는 계통수는 분류 단위들 사이의 진화 거리에 대한 정보를 표현하기에는 부족하다. 이 논문은 진화거리 표현을 위해 3차윈 공간으로 분류 단위가 표현되기 위한 방법을 제안하고, 2차원 트리 뷰와 함께 3차원 공간에서 분류 단위들을 시각화하기 위한 도구를 개발하였다.

• The Korean Journal of Zoology
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• v.37 no.4
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• pp.580-591
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• 1994

한국산 Drosophila melanogaster species group 8종의 생화학적 유연관계를 조사하기 위하여 3령기 유충, 말기 번데기, 성체의 세 발생단계에서 각각 효소 분석을 실시하였다. Rogers의 공식에 의해 각 발생단계 별로 8종간의 유전적 유사도를 계산하고 그 값을 근거로 UPGMA법에 의한 dendrogram을 작성하였다. 발생단계에 따라 관찰된 효소allele의 빈도는 큰 차이를 나타냈는데 이는 효소의 활성도나 유전자 발현의 발생단계별 차이로 생각되었다 이러한 발생단계별 효소분석 결과의 차이에도 불구하고 세 발생단계에서 모두 같은 pattern의 dendrogram이 얻어졌다. 따라서 대소 분석은 성체뿐만 아니라 유충이나 번데기와 같은 초기발생단계를 재료로 취할 때에도 종간 유연관계의 분석에 유용한 분석법이 될 것으로 생각할 수 있었다 세 발생단계에서 효소분석을 통해 얻어진 결과로 볼 때 D. melanogaster species group 8종은 크게 두개의 계통으로 나뉘었는데 D. melonogaster와 여. simulons, D. lutescens가 한 계통에 속했고 D. suzukii와 D. aurauia, D. biourariu, D. trioururia, D. rufa가 다른 한 계통에 속하고 있는 것으로 나타났다.

• Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference
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• 2005.11a
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• pp.523-526
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• 2005

계통발생학적 분석기법은 서열의 유사성을 비교하여 이들의 유연관계를 알아내는 것으로, 각각의 관계를 시각적으로 표현하는 것이 매우 중요하다. 일반적으로 2차원 계통수를 사용한다. 그러나 2차원으로 시각화했을 때 서로 유사성이 높은 OTU(Operational Taxonomic Unit)들을 서로 멀리 떨어뜨려 놓는 경우도 생기게 된다. 이 논문에서는 이러한 점을 보완하고자 3차원 공간에 OTU들을 배치시키기 위한 2단계 좌표 배치 기법을 제안한다. 단계는 유클리디안 거리를 3차원 좌표로 변환하는 것이다. 1단계 방법은 서열의 비교 순서에 영향을 받기 때문에 2단계를 통해 유전자 알고리즘 기법을 적용하여 보다 적절한 좌표를 찾는다.

• The Journal of the Korean dental association
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• v.44 no.6 s.445
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• pp.368-373
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• 2006

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2017.04a
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• pp.848-849
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• 2017

차세대 염기 분석(NGS) 장비의 발달로 시퀀스 분석에 대한 연구는 가속화 되고 있다. 조각들로 이루어진 리드들을 어셈블하는 방법부터 이미 유전체의 정보가 알려진 데이터베이스를 이용하여 정보를 명명하는 방법까지 다양한 방법들에 대한 방법들이 주를 이루고 있다. 하지만 어셈블하는 툴마다 다른 입력 포맷을 요구하고 있어 NGS의 결과로 다양한 방법으로 어셈블하여 비교 분석하기 쉽지 않다. 뿐만 아니라 생물 학자들이 세포내의 진화나 계통발생학적 분류를 위한 연구를 위해서 유전체 지도 완성 후 세포내의 기관별 분리 분석이 필요하나 참고 시퀀스로부터 매핑 및 기관별 분리 분석을 위해 사용목적에 따라 입력 포맷이 다른 다른 툴을 사용해야한다. 따라서 본 논문에서는 핵, 색소체, 미토콘드리아와 같은 세포내 기관에 대한 정보를 알기 위해 최소의 정보를 입력하여 분석하고자하는 시퀀스을 입력하여, 최대한 유사하게 매칭되는 유전체를 찾아 분석하는 방법을 제안함으로써, 진핵세포내의 발생학적 연구에 도움이 되는 방법을 제안하고자 한다.

• Korean Journal of Environmental Biology
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• v.29 no.3
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• pp.225-235
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• 2011

The change of microbial communities during cyanobacterial bloom was comparatively analyzed by 16S rDNA PCR-DGGE in Daechung Reservoir during 2003~2005. Morphological analysis showed that Cyanophyceae dominated algal community in the bloom. Dominant cyanobacteria were Microcystis, Planktothrix (Oscillatoria), Phormidium and Anabaena. We used 16S rDNA-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) profiles and phylogenetic affiliations of the DGGE bands to analyze the community structure and diversity of the predominant microbial community. The DGGE band patterns demonstrated that the most frequent bands were identified as Microcystis during the monitoring periods, Planktothrix also dominated on September 2003 and 2004, whereas Anabaena was showed a peak on September 2005 and Aphanizomenon on August 2003. DGGE and phylogenetic analysis provided us new information that could not be obtained by traditional, morphological analysis. The relationship between cyanobacteria and other aquatic bacteria can be traced and their genetic diversity also identified in detail.

• Nuclear Engineering and Technology
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• v.26 no.2
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• pp.225-236
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• 1994

The sudden discharge of the loop seal water, which is present upstream of the SEBIM POSRV, creates large momentum and inertia forces on the downstream of the discharge piping system. This study provides the procedures and results of analysis of the thermal-hydraulic transient in the SEBIM POSRV discharge piping during the valve opening. The analysis is peformed by RELAP5/MOD3. The appropriate modeling of the discharge piping system, SEBIM POSRV opening characteristics, and loop seal water discharge for the RELAP5/MOD3 analysis is suggested. Also performed is the sensitivity study for the selection of proper options for the junction and volume control. flags. The analysis results demonstrate the adequacy of the RELAP5/HOD3 for the thermal-hydraulic transient analysis of the loop seal water discharge of the SEBIM POSRV discharge piping system. From the sensitivity analysis results, it is shown that the smooth area change option with reasonable geometric pressure drop distribution, non-equilibrium option, and proper time step should be selected for loop seal water discharge analysis.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2008.05a
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• pp.127-130
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• 2008

환경적, 식품적 본질의 변화로 인해 소아의 호흡기 계통에 대한 질환은 모든 부모들의 집중적 관심분야가 되고 있다. 또한 저출산 등의 사회적 문제가 심각해지면서 소아 때부터의 건강 관리 및 유지는 사회적 이슈가 되고 있는 실정이다. 따라서 본 논문에서는 소아 호흡기 계통의 질환에 대한 종류와 그에 대한 특징을 파악하여 조기에 진단할 수 있는 방법을 제안하고자 한다. 특히 소아 호흡기 계통 관련의 질환 중에서도 현대사회에서 가장 많이 발생되는 질환들을 알아보고 음성학적 분석 요소들과의 연관성을 추출하기 위한 것을 연구의 목적으로 하였다. 소아 호흡기 계통의 질환은 대체로 저항력이 약할 때 발병하며 치료에 많은 시간과 노력이 소모되므로 이에 대한 진단학적 방법을 제안함으로써 기초 예방을 할 수 있을 것으로 생각된다.

• Research in Plant Disease
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• v.22 no.1
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• pp.25-31
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• 2016

During a field survey in 2014, a Rorippa palustris plant showing virus-like symptom was collected from a pepper field in Dangjin in Korea. The collected sample was subjected to examine infection with pepper-infecting viruses. Molecular diagnosis assay showed that the collected R. palustris sample was co-infected with Pepper mild mottle virus (PMMoV) and Cucumber mosaic virus (CMV). This is the first identification of PMMoV from R. palustris and the first report of CMV infection of R. palustris in Korea. To examine phylogenetic positions of the identified PMMoV and CMV isolates, their complete genome sequences of were determined and compared with those of previously reported isolates of the cognate viruses. Phylogenetic analyses revealed the isolates of PMMoV and CMV obtained from R. palustris are closely related to the pepper isolates of the cognate viruses. Our results suggest that R. palustris could act a weed reservoir of PMMoV and CMV.

• Research in Plant Disease
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• v.26 no.1
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• pp.53-56
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• 2020

Red spots symptoms were observed on the leaves of Rumex japonicus Houtt. in Goesan, Korea, in May 2019. Diseased leaf showing red spot and white-colored sori were found behind of diseased leaves. Aeciospores were confirmed and observed using a stereomicroscope, light microscope, and scanning electron microscope. They were globose or ovoid and measured 19.0-24.4×19.0-24.5 ㎛, with verrucae ornamentation. For the phylogenetic analysis, partial of large subunit rDNA region and cytochrome c oxidase subunit III were sequenced. As a result, the isolated fungus species showed high similarities with Puccinia prizeliana. Based on the previous report, morphological characters, phylogenetic analysis, it was confirmed as Puccinia phragmitis which have not been reported in Korea, and we firstly report this fungal agent on R. japonicus as P. phragmitis in Korea.