신두리 해안의 조하대와 갯벌에서 2002년 7월 대형저서동물의 분포를 조사하였다. 조사 해역에서는 총 134종, 3,511개체, 388g의 저서동물이 채집되었다. 조하대 10개 정점에서는 109종, 1,298개체/$m^2$, $69.4g/m^2$의 저서동물이 출현하였으며, 이 가운데 갯지렁이류가 54종, 813개체/$m^2$의 분포를 보이며 출현 종수 (49.5%)와 서식밀도 (62.7%)에서 가장 우점하는 분류군이었다. 집괴분석 결과 신두리 해역에는 퇴적물 특성에 따라 네 개의 저서동물군집이 형성되어 있었다. 펄과 자갈이 혼재하는 양식장 주변 해역에는 Cirrophorus armatus와 Lumbrineris longifolia로 대표되는 군집, 암반기질로 된 해역에는 Aonides oxycephala 군집, 모래 함량이 높으며 최저조선에 인접한 곳에는 Scoloplos armiger와 Grandifoxus cuspis 군집, 그리고 역시 모래 함량이 높으며 외해쪽으로 인접한 해역에는 뚜렷하게 우점하는 종 없이 균등도지수가 높은 군집이 형성되어 있었다. 양식장 주변 해역의 저서동물 군집은 출현 종수, 서식밀도, 종다양도지수가 높았으나 오염지시종들이 우점하고 있었다. 모래 퇴적물 해역에는 S. armiger와 G. cuspis 등이 우점하는 일반적 모래 조하대 군집 특성을 보였다. 갯벌 두 조사선에 설정한 8개 정점에서는 50종, 2,443개체/$m^2$, $381.3g/m^2$의 저서동물이 출현하였으며, 연체동물이 출현 종수, 서식밀도, 생체량에서 각각 20종, 1,345개체/$m^2$, $350.4g/m^2$를 차지하며 가장 우점하는 분류군이었다. Umbonium thomasi, Veneridae sp., Mandibulophoxus mai, Armandia lanceolata, Eohaustorius spinigerus, Urothoe convexa 등이 신두리 갯벌의 우점종이었으며, 전체 개체수의 83% 이상을 이들 종이 차지하였다. 갯벌의 저서동물 분포는 노출시간 정도에 따라 구분되는 특성을 보였다. 즉, 상부에서 하부로, 노출시간이 감소하면서 Scopimera globosa, M. mai, E. spinigerus 군집이 뚜렷한 대상분포를 하였다. 양식장이 위치한 남서해역을 제외한 신두리 해안은 자연성을 가진 건강한 서식지였으며, 특히 천연기념물인 신두리 사구와 연결되는 갯벌과 주변 조하대 해역에는 인위적인 구조물이 거의 없으며 외부로부터의 오염원도 없어 향후 보전을 위한 가치가 충분히 있는 서식지로 판단되었다.