• Journal of Korea Multimedia Society
• /
• v.7 no.3
• /
• pp.408-417
• /
• 2004

Genome analysis process requires several steps of various software analysis tools. We propose WGAT(Web-based Genome Analysis Tool), which combines several tools for gene analysis and provides a graphic user interface for users. Software tools related to gene analysis are based on Linux or Unix oriented program, which is difficult to install and use for biologists. Furthermore, files generated from gene analysis frequently require manual transformation for next step input file. Web-based tools which are recently developed process orily one sequence at a time. So it needs many repetitive processes to analyze large size data file. WGAT is developed to support Web-based genome analysis for easy use as well as fast service for users. Whole genome data analysis can be done by running WGAT on Linux server and giving sequence data files with various options. Therefore many steps of the analysis can be done automatically by the system. Simulation shows that WGAT method gives 20 times faster analysis when sequence segment is one thousand.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2003.04d
• /
• pp.157-159
• /
• 2003

BioPlace는 유전체 연구자에게 유전체 검색 시스템을 제공하고 특정 연구 분야의 연구자들 사이에 연구 관련 정보를 효율적으로 공유하고 교환하기 위한 웹기반 협업지원 환경이다. BioPlace 시스템에서 효과적인 공동작업을 수행하기 위해서는 개인 및 작업그룹간의 일정을 편리하게 관리할 수 있는 일정관리 도구가 필요하다. 본 논문에서는 BioPlace 시스템 상에서 개인 및 작업그룹의 일정을 편리하고 효율적으로 관리할 수 있는 도구를 JSP 및 EJB 컴포넌트 기술을 이용하여 개발하였다. 개발된 일정관리 컴포넌트는 일정보기, 일정추가, 일정수정, 일정삭제, 공지전달 등의 기능을 통하여 사용자들 간의 효율적인 공동작업을 수행할 수 있는 편리함을 제공한다.

• The Journal of Korean Institute of Electromagnetic Engineering and Science
• /
• v.12 no.2
• /
• pp.217-226
• /
• 2001

A small sized ceramic dielectric patch antenna is designed and implemented for GPS/GLONASS combined receiver, and it shows a wideband characteristics with circular polarization. For the miniaturization of the antenna, high-permittivity dielectric material is used, and the wideband characteristics with low axial-ratio is achieved by using dual feed with 90$^{\circ}$ phase difference. The measured data of the manufactured antenna show that the bandwidth is 242 MHz, the axial ratio is less than 3 dB, the half-power beam-width is more than 112$^{\circ}$, and the antenna satisfies the required characteristics of the GPS/GLONASS antenna.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2003.04a
• /
• pp.635-637
• /
• 2003

본 논문에서는 경기도 안성과 안산 지역에 설치된 유전체역학센터에서 조사 지역에 거주하는 45세 이상 69세 이하의 성인을 대상으로 고혈압, 당뇨, 골다공증, 천식, 비만 등 총국민의료비용에서 큰 부분을 차지하는 4-5개의 중요 만성질환을 주요 분석 분야로 진행중에 있는 한국인 유전체 역학조사사업으로부터 산출되는 임상검사 및 역학정보를 입력.관리하는 시스템에 대해 소개하고 있다. 검진 대상자를 접수하는 접수자 및 정보 관리자는 본 시스템을 통해 검진 대상자의 개인식별 정보, 생활습관 정보 등과 같은 설문 정보와 임상 검사 정보를 입력 후 이에 대한 조회, 관리, 집계 현황 출력, 데이터 백업 등을 수행할 수 있다.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
• /
• 2006.02a
• /
• pp.11-18
• /
• 2006

바이오칩의 대표 주자인 DNA 칩은 점차 분자생물학의 주요 도구로 인식되고 있다. 쓰임새 또한 다양해져 기초 생물학, 기능 유전체학 연구뿐만 아니라 임상 현장에서의 적용을 위한 연구가 활발히 진행되고 있다. 임상분야에서 최근 주목 받고 있는 분야가 DNA 칩을. 이용한 질병진단 및 예후 측정이다. 개별 환자 세포의 분자유전학적 상태는 DNA 칩의 유전체 프로파일링(genome-wide profiling)으로 상세히 파악될 수 있으므로, DNA 칩은 질병의 세부아형 진단, 약물에 대한 개인 민감도 측정, 정확한 예후 측정을 통한 환자의 세심한 관리 등 미래 의료의 핵심이라 할 수 있는 개인별 맞춤 치료(personalized medicare)를 가능하게 하는데 지대한 역할을 할 것으로 기대되고 있다. 특히 수많은 질병 중에서 현대인의 난치병으로 손꼽히는 암은 DNA 칩 분석의 주요 적용 대상이다. 암에 연관된 복잡한 메커니즘을 기존의 단일 표지자로 진단하는 데는 한계가 있기 때문에, DNA 칩을 이용해 질병의 특정 phenotype과 관련 있는 암의 특이 패턴을 전사체 수준에서 분석하여 새로운 형태의 분자유전학적 표지자(transcriptional molecular signature)를 발굴하는 것이다 본 발표에서는 이러한 연구에 쓰이는 DNA 칩 분석 방법들과 실제 위암 데이터에 적용한 사례에 대해 논의하고자 한다. 연세의대 암전이 연구센터의 17K cDNA 칩을 이용하였으며, 진단 및 예후 측정을 위한 여러 분석 방법을 수행하였다.

• Proceedings of the Korean Institute of IIIuminating and Electrical Installation Engineers Conference
• /
• 2009.05a
• /
• pp.309-312
• /
• 2009

본 논문에서는 탈색, 탈취 및 상 하수 정수처리에 많이 이용되고 있는 오존의 효과적인 발생을 위하여 세라믹을 이용하여 유전체 장벽 방전에 의한 오존생성특성을 연구하였다. 세라믹과 전극으로 구성된 전극 수와 오존생성을 위한 반응가스인 Air와 Oxygen의 투입량 변화에 따른 오존생성농도, 오존발생량 및 오존생성수율 특성을 분석하였다. 그 결과, 세라믹과 전극으로 구성된 전극 수가 많을수록 오존생성특성은 증가하였고, 원료가스를 Air와 Oxygen으로 사용한 경우 Oxygen을 원료가스로 사용했을 때 전극 수 5 및 10개에서 모두 오존생성특성이 우수하게 나타났으며, 그 결과 전극 수가 5개인 경우, 오존생성농도는 약 4.2배, 오존발생량은 2.5배, 오존생성수율은 2.5배 증가하였으며, 전극 수가 10개인 경우, 오존생성농도는 약 5.1배, 오존발생량은 3.8배, 오존생성수율은 3.4배 증가하였다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
• /
• 2006.05a
• /
• pp.435-438
• /
• 2006

Single Nucleotide Polymorphism(SNP)는 인간 유전자 서열의 0.1%에 해당하는 부분으로 이는 각 개인의 체질 및 각종 유전질환과 밀접한 관련이 있다고 알려져 있으며 이 SNP 정보를 이용 각종 질환의 유전적 원인규명에 대한 많은 생물학적 연구가 진행되고 있다. 그러나 아직 SNP를 이용한 효율적인 분석방법에 대한 전산학적 연구는 많지 않다. 본 논문에서는 대표적인 패턴인식기 중 하나인 Support Vector Machine(SVM)을 이용 한국인의 대표적인 유전질환으로 알려진 위암에 대한 예측율을 실험하였다. 실험 데이터는 간 및 소화기 질환 유전체 센터에서 얻어진 위 질환 환자를 대상으로 하였으며 실험 결과 예측율은 67.3%로 이는 Case Based Reasoning(CBR)방법의 55% 보다 더 좋은 예측 결과를 보였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2004.10b
• /
• pp.37-39
• /
• 2004

현재 생물학 연구실에서 시퀀싱 실험을 통해 생성되거나 또는 공개용 생물 데이터베이스로부터 획득된 유전체 및 단백질 정보는 각각 이질적인 데이터형식을 사용하고 있다. 이 때문에, 생물정보를 분석하여 상호간의 정보를 효율적으로 사용하기 위해서는 공통된 형식의 데이터 표준화작업이 필수적이다. 그리고 이러한 이질적 데이터 형식에 대한 표준화 연구의 미비로 인하여 플랫 파일간의 정보공유에 어려움을 겪고 있다. 따라서, 이 논문에서는 다양한 유전체 및 단백질 정보를 관리.공유하기 위해 이질적인 포맷간의 맵핑 과정을 통하여 BSML(Bioinformatic Sequence Markup Language) 형태로 변환하고, 이를 객체관계형 데이터베이스(Object Relational DataBase)에 저장하는 시스템을 개발하였다. 그리고, 개발된 시스템은 생물정보 데이터의 표준화를 위해 개발된 XML(Extend Markup Language) 기반의 BSML을 이용함으로써 효율적으로 생물학 데이터들 간의 정보를 공유할 수 있으며, 개인 생물학 데이터베이스 구축이나 다양한 생물학적 데이터를 통합 관리하는 시스템에서 유용하게 쓰일 수 있다.

• Journal of the Korean Institute of Electrical and Electronic Material Engineers
• /
• v.11 no.11
• /
• pp.975-983
• /
• 1998

A duplexer filter operating at 1.9 GHz band for personal communication system is designed and fabricated using $lambada$/4 TEM mode dielectric resonator. The transmitting band pass filter is designed in the type of the elliptic function band rejection filter by 3 dielectric resonators with 5 additional capacitors and 3 inductors. The receiving band pass filter is designed by 3 dielectric resonators with 5 additional capacitors which give additional series resonance. The parameters which are evaluated by design theory are practically applied to the duplexer filter construction and the simulation.

• Journal of Platform Technology
• /
• v.6 no.4
• /
• pp.87-95
• /
• 2018

With the decrease of sequencing price, many national projects that analyzes 0.1 to 1 million people are now in progress. However, large portion of budget of these large projects is dedicated for construction of the cluster system or purchase servers, due to the lack of programs or systems that can handle large amounts of data simultaneously. In this study, we developed NGSOne, a client program that is easy-to-use for even biologists, and performs SNP analysis using hundreds or more of Whole Genome and Whole Exome analysis without construction of their own server or cluster environment. DRAGEN, BWA / GATK, and Isaac / Strelka2, which are representative SNP analysis tools, were selected and DRAGEN showed the best performance in terms of execution time and number of errors. Also, NGSOne can be extended for various analysis tools as well as SNP analysis tools.