Bulletin of the Korean Chemical Society

Korean Chemical Society (대한화학회)
권호 표지
DOI QR코드

DOI QR Code

Prediction of Binding Mode between Chemokine Receptor CCR2 and Its Known Antagonists using Ligand Supported Homology Modeling

  • Received : 2011.08.16
  • Accepted : 2011.12.12
  • Published : 2012.02.20
Download PDF
⟨ Previous Next ⟩

Abstract

Keywords

References

  1. Murphy, P. M.; Baggiolini, M.; Charo, I. F.; Hbert, C. A.; Horuk,R.; Matsushima, K.; Miller, L. H.; Oppenheim, J. J.; Power, C. A. Pharmacol. Rev. 2000, 52, 145.
  2. Viola, A.; Luster, A. D. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2008, 48, 171. https://doi.org/10.1146/annurev.pharmtox.48.121806.154841
  3. Baba, M.; Nishimura, O.; Kanzaki, N.; Okamoto, M.; Sawada, H.; Iizawa, Y.; Shiraishi, M.; Aramaki, Y.; Okonogi, K.; Ogawa, Y.; Meguro, K.; Fujino, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 5698. https://doi.org/10.1073/pnas.96.10.5698
  4. Moree, W. J.; Kataoka, K.-i.; Ramirez-Weinhouse, M. M.; Shiota, T.; Imai, M.; Tsutsumi, T.; Sudo, M.; Endo, N.; Muroga, Y.; Hada, T.; Fanning, D.; Saunders, J.; Kato, Y.; Myers, P. L.; Tarby, C. M. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008, 18, 1869. https://doi.org/10.1016/j.bmcl.2008.02.015
  5. Moult, J.; Fidelis, K.; Kryshtafovych, A.; Rost, B.; Hubbard, T.; Tramontano, A. Proteins 2007, 69, 3. https://doi.org/10.1002/prot.21767
  6. Palczewski, K.; Kumasaka, T.; Hori, T.; Behnke, C. A.; Motoshima, H.; Fox, B. A.; Trong, I. L.; Teller, D. C.; Okada, T.; Stenkamp, R. E.; Yamamoto, M.; Miyano, M. Science 2000, 289, 739. https://doi.org/10.1126/science.289.5480.739
  7. Cherezov, V.; Rosenbaum, D. M.; Hanson, M. A.; Rasmussen, S. G. F.; Thian, F. S.; Kobilka, T. S.; Choi, H.-J.; Kuhn, P.; Weis, W. I.; Kobilka, B. K.; Stevens, R. C. Science 2007, 318, 1258. https://doi.org/10.1126/science.1150577
  8. Warne, T.; Serrano-Vega, M. J.; Baker, J. G.; Moukhametzianov, R.; Edwards, P. C.; Henderson, R.; Leslie, A. G. W.; Tate, C. G.; Schertler, G. F. X. Nature 2008, 454, 486. https://doi.org/10.1038/nature07101
  9. Jaakola, V.-P.; Griffith, M. T.; Hanson, M. A.; Cherezov, V.; Chien, E. Y. T.; Lane, J. R.; Ijzerman, A. P.; Stevens, R. C. Science 2008, 322, 1211. https://doi.org/10.1126/science.1164772
  10. Todd, A. E.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Abstr. Pap. Am. Chem. Soc. 2005, 230, U2898.
  11. Evers, A.; Gohlke, H.; Klebe, G. J. Mol. Biol. 2003, 334, 327. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2003.09.032
  12. Cavasotto, C. N.; Orry, A. J. W.; Murgolo, N. J.; Czarniecki, M. F.; Kocsi, S. A.; Hawes, B. E.; O'Neill, K. A.; Hine, H.; Burton, M. S.; Voigt, J. H.; Abagyan, R. A.; Bayne, M. L.; Monsma, F. J. J. Med. Chem. 2008, 51, 581. https://doi.org/10.1021/jm070759m
  13. Dalton, J. A. R.; Jackson, R. M. J. Mol. Biol. 2010, 399, 645. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2010.04.047
  14. Kim, J.-H.; Lim, J.; Lee, S.-W.; Kim, K.; No, K. J. Mol. Model. 2011, 17, 2707. https://doi.org/10.1007/s00894-010-0943-x
  15. Palczewski, K.; Kumasaka, T.; Hori, T.; Behnke, C. A.; Motoshima, H.; Fox, B. A.; Le Trong, I.; Teller, D. C.; Okada, T.; Stenkamp, R. E.; Yamamoto, M.; Miyano, M. Science 2000, 289, 739. https://doi.org/10.1126/science.289.5480.739
  16. Sali, A.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1993, 234, 779. https://doi.org/10.1006/jmbi.1993.1626
  17. Smellie, A.; Teig, S. L.; Towbin, P. J. Comput. Chem. 1995, 16, 171. https://doi.org/10.1002/jcc.540160205
  18. Berkhout, T. A.; Blaney, F. E.; Bridges, A. M.; Cooper, D. G.; Forbes, I. T.; Gribble, A. D.; Groot, P. H. E.; Hardy, A.; Ife, R. J.; Kaur, R.; Moores, K. E.; Shillito, H.; Willetts, J.; Witherington, J. J. Med. Chem. 2003, 46, 4070. https://doi.org/10.1021/jm030862l
  19. Hall, S. E.; Mao, A.; Nicolaidou, V.; Finelli, M.; Wise, E. L.; Nedjai, B.; Kanjanapangka, J.; Harirchian, P.; Chen, D.; Selchau, V.; Ribeiro, S.; Schyler, S.; Pease, J. E.; Horuk, R.; Vaidehi, N. Mol. Pharmacol. 2009, 75, 1325. https://doi.org/10.1124/mol.108.053470
  20. Rosenkilde, M. M.; Schwartz, T. W. Curr. Top. Med. Chem. 2006, 6, 1319. https://doi.org/10.2174/15680266106061319
  21. Schutz, C. N.; Warshel, A. Proteins 2001, 44, 400. https://doi.org/10.1002/prot.1106
  22. Wang, R.; Wang, S. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2001, 41, 1422. https://doi.org/10.1021/ci010025x
  23. Yang, J.-M.; Chen, Y.-F.; Shen, T.-W.; Kristal, B. S.; Hsu, D. F. J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 1134. https://doi.org/10.1021/ci050034w
  24. Laskowski, R. A.; MacArthur, M. W.; Moss, D.; Thornton, J. M. J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 283. https://doi.org/10.1107/S0021889892009944
  25. Graaf, C. d.; Rognan, D. Curr. Pharm. Des. 2009, 15, 4026. https://doi.org/10.2174/138161209789824786
  26. Carter, P. H.; Tebben, A. J. In Methods Enzymol.; Handel, T. H., Hamel, D. J., Eds., 2009; Vol. 461, p 249

Cited by

  1. Combined 3D-QSAR modeling and molecular docking study on azacycles CCR5 antagonists vol.1045, pp.None, 2012, https://doi.org/10.1016/j.molstruc.2013.03.062