Journal of the Korea Society of Computer and Information (한국컴퓨터정보학회논문지)

Korean Society of Computer Information (한국컴퓨터정보학회)
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Simulation for Signaling Pathway of MAPK Hypotonic Shock

MAPK Hypotonic Shock의 Signaling Pathway에 대한 시뮬레이션

  • Published : 2009.05.31
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Abstract

We extracted protein signal delivery path from protein interaction data, using location information and weight of protein. We obtained the protein interaction data by experimenting in two-hybrid system using Yeast. We simulated function's data of Hypotonic Shock comparing to signal delivery path provided in KEGG from the results. We measured process running period as well. In future, this research can be key to discover the origin of various genetic diseases and develop treatment.

Yeast를 이용하여 Two-Hybrid System 실험을 통해 밝혀진 단백질 상호작용 데이터에 단백질 위치 정보를 이용하여 가중치를 부여하고 단백질 신호 전달 경로를 추출하였다. 그 결과 중 MAPK Hypotonic Shock 기능의 데이터를 가지고 KEGG에서 제공하는 신호전달 경로와 비교하여 어느 정도 일치하는지의 유사도를 측정하고 시뮬레이션 하였다. 이때 프로세스 실행 시간도 측정하여 제시하였다. 향후 연구를 발전시키면 다양한 유전적 질병의 원인과 치료제 개발의 단서를 제공할 수 도 있으며 더 나아가 신약 개발을 할 수 있다.

Keywords

References

  1. Schikowski B, Uetz P and FieldsS, "A network of Protein-Protein Interaction in Yeast", Nat Biotechnol, 18:pp. 1257-1261, 2000. https://doi.org/10.1038/82360
  2. Uets P, Giot L. Cagney G, Mansfield TA, Jusdson RS, Knight JR, Lock-shon D. Narayan V. Srinivasan M and Pochart P. "A comprehensive analysis of Protein-Protein Interactions in Saccharomyces Cerevisiae", Nature 2000.
  3. L. Giot, J. S. Bader, C. Brouwer et al., "A Protein Interaction Map of Drosophila melanogaster", Science, Vol. 302, No. 5651, pp. 1727-1736, 2003. https://doi.org/10.1126/science.1090289
  4. Reuven Cohen, Shlomo Havlin, "Scale-Free Networks Are Ultrasmall", vol. 90, 90-94, 2002.
  5. Ibert-Laszloarabasi, Zoltan N. Oltvai, "Understanding the Cell's Funcrional Organization", Nature, Vol. 5, pp. 101-103, 2004.
  6. Silvia D. M. Santos, Peter J. Verveer, Philippe I. H. Bastiaens, "Growth factor-induced MAPK network topology shapes Erk response determining PC-12 cell fate", Nature, Vol. 9, pp.324-330, 2007. https://doi.org/10.1038/nmat2634
  7. Jose B. Pereira-Leal, Anton J. Enright, Christos A. Ouzounis, "Detection of functional modules from protein interaction networks", Vol. 54, pp. 49-57, 2004. https://doi.org/10.1002/prot.10505
  8. Victor Spirin, Leonid A. Mirny, "Protein complexes and functional modules in molecular networks", Vol. 100, No. 21, 12123-12128, 2003. https://doi.org/10.1073/pnas.2032324100
  9. 김은하, "단백질 상호작용 정보와 위치정보를 활용한 신호전달 경로 추출 및 시각화 시스템 구현", 이화여자대학교, 2006.
  10. DIP. http://dip.doe-mbi.ucla.edu.
  11. MIPS, http://mips.gsf.de.
  12. YPLD. http://ypl.uni-graz.at/pages/home.html.
  13. KEGG. http://www.genome.jp/kegg/.
  14. Won-ki Huh, James V.Falvo et al., "Global analysis of Protein localization in budding Yeast," Nature, 2003.
  15. 조미경, 김민경, 박현석, "S. cerevisiae 단백질과 상호작용과 세포 내 위치 정보를 활용한 MAP inase 신호 전달경로추출 및 예측을 위한 고성능 알고리즘 연구", 한국컴퓨터정보학회 논문지, 제14권, 제3호, 193-207쪽, 2009년 3월.