A Study on Web Services for Sequence Similarity search in the Workflow Environment

워크플로우 환경에서의 대규모 서열 유사성 검색 웹 서비스에 관한 연구

In recent years, a life phenomenon using a workflow management tool in bioinformatics has been actively researched. Workflow management tool is the base which enables researchers to collaborate through the re-use and sharing of service, and a variety of workflow management tools including MyGrid project's Taverna, Kepler and BioWMS have been developed and used as the open source. This workflow management tool can model and automate different services in spatially-distant area in one working space based on the web service technology. Many tools and databases used in the bioinformatics are provided in the web services form and are used in the workflow management tool. In such the situation, the web services development and stable service offering for a sequence similarity search which is basically used in the bioinformatics can be essential in the bioinformatics field. In this paper, the similarity retrieval speed of biology sequence data was improved based on a Linux cluster, and the sequence similarity retrieval could be done for a short time by linking with the workflow management tool through developing it in the web services.

최근 생물정보학에서의 워크플로우 관리 도구를 이용한 생명 현상에 대한 연구가 활발하게 진행되고 있다. 워크플로우 관리 도구는 서비스의 재사용과 공유를 통해 연구자들이 서로 협업할 수 있는 기반으로 MyGrid 프로젝트의 Taverna를 비롯하여 Kepler, BioWMS 등의 다양한 워크플로우 관리 도구들이 오픈소스로 개발되어 사용 되고 있다. 이러한 워크플로우 관리 도구는 공간적으로 떨어진 서로 다른 서비스들을 웹 서비스 기술을 기반으로 하나의 작업공간에서 연구 과정을 모델링하고 자동화 할 수 있도록 해준다. 생물정보학에서 사용되는 많은 도구와 데이터베이스들이 웹 서비스 형태로 제공되어 워크플로우 관리 도구에서 사용되고 있다. 이러한 상황에서 생물정보학에서 기본으로 사용되는 서열 유사성 검색에 대한 웹 서비스의 개발과 안정적인 서비스 제공은 생물정보학 분야에서 필수적이라 할 수 있다. 본 논문에서는 리눅스 클러스터를 기반으로 생물학 서열 데이터의 유사성 검색 속도를 향상시키는 한편, 이를 웹 서비스 형태로 개발하여 워크플로우 관리 도구와의 연동하여 단시간에 서열 유사성 검색을 가능하게 하였다.