한국균학회지 (The Korean Journal of Mycology)

  • 제35권2호
  • /
  • Pages.61-67
  • /
  • 2007
  • /
  • 0253-651X(pISSN)
  • /
  • 2383-5249(eISSN)
한국균학회 (The Korean Society of Mycology)
권호 표지
DOI QR코드

DOI QR Code

URP-PCR 다형성에 의한 국내 느타리버섯 품종의 유전적 특성 분석

Genetic Analysis of Cultivars in Pleurotus spp. of Korea by URP-PCR Polymorphism

  • 김종군 (한경대학교 생물환경 정보통신전문대학원) ;
  • 임선화 (한경대학교 생물환경 정보통신전문대학원) ;
  • 이대성 (한경대학교 생물환경 정보통신전문대학원) ;
  • 지정현 (경기도농업기술원 버섯연구소) ;
  • 서건식 (한국농업대학) ;
  • 주영철 (경기도농업기술원 버섯연구소) ;
  • 강희완 (한경대학교 생물환경 정보통신전문대학원)
  • Kim, Jong-Kun (Graduate School of Biotechnology and Information Technology, Hankyong National University) ;
  • Lim, Seon-Hwa (Graduate School of Biotechnology and Information Technology, Hankyong National University) ;
  • Lee, Dae-Sung (Graduate School of Biotechnology and Information Technology, Hankyong National University) ;
  • Chi, Jeong-Hyun (Mushroom Research Institute, Gyonggi Province ARES) ;
  • Seo, Geon-Sik (Korea National Agricultural College) ;
  • Ju, Young-Cheol (Mushroom Research Institute, Gyonggi Province ARES) ;
  • Kang, Hee-Wan (Graduate School of Biotechnology and Information Technology, Hankyong National University)
  • 발행 : 2007.12.31
PDF 다운로드
⟨ 이전 논문 다음 논문 ⟩

초록

일반 느타리(P. ostreatus) 59품종, 사철느타리(P. florida) 2품종, 여름느타리(P. sajor-caju) 1품종, 전복느타리(P. abalonus) 1품종, 큰 느타리(P. eryngii) 2품종을 포함 하는 국내 등록된 총 65느타리버섯 품종이 URP-PCR다형성 분석에 적용되었다. 12종류의 URP primer 중 6종류의 URP primer가 품종간의 PCR 다형성 분석에 유효하였으며, URP2F primer는 높은 PCR 다형성 밴드를 형성하면서 품종간 PCR 다형성을 15 type으로 분류할 수 있었다. URP2F, URP6R, URP4R, URP2R에 의해 생성된 느타리 품종의 PCR다형성 밴드가 유전적 유사도 산출에 이용되어 UPGMA cluster분석을 적용 dendrogram을 작성하였다. P. ostreatus의 품종군은 group 1에서 group 5까지를 포함하고 있었으며, 그룹간에 70% 이상의 유전적 유연관계를 보였으며 기 장려품종으로 보급된 원형느타리 1, 2, 3호와 춘추 1, 2호 농기2-1, 농기201, 농기202 등 8품종은 group 1에서 4에 포함되어 있었다. group 5는 수한 및 신농 품종군이 밀접한 유전적 유사도를 보여 특징적인 품종군을 이루고 있었다. outside group으로서는 전복느타리, 큰 느타리, 여름느타리, 백송이가 group 6과 group 7에 포함되었다.

Twelve URP primers were used to assess genetic characteristics of oyster mushroom including 59 Pleurotsu ostreatus cultivars, two of P. florida cultivars, one P. sajor-caju cultivars, one P. abalonus cultivar and two P. eryngii cultivars registered in Korea. Six URP primers produced PCR polymorphic bands within and between the Pleurotus species. Primer URP2F produced distinct cultivar specific PCR polymorphic bands that profiled to 15 cultivar types. PCR polymorphic bands amplified by URP2F, URP6R, URP4R and URP2R were used for UPGMA cluster analysis. Fifty nine cultivars of Pleurotus ostreatus are genetically clustered into 5 groups, showing genetic similarity over 70% among them and P. abalonus. P. eryngii and P. sajor-caju, were involved in outside groups.

키워드

참고문헌

  1. 배신철 성기영, 이신우, 고승주, 은무영, 이인구. 1996. rDNA의 ITS와 TGR부위의 염기서열분석에 의한 느타리버섯 종간의 근연관계분석. 한국균학회지 24: 155-165
  2. 강희완. 2003. 미생물 종 다양성분석을 위한 PCR검정법. 한경대학교 논문집 33: 283-292
  3. 김동현, 공원식, 김경수, 김영호, 유창현. 1998. 느타리버섯류 (PIeurotus spp.)의 생화학적방법에 의한 품종구분. 한국균학회지 26: 173-178
  4. 이희경, 유용복, 차동열, 민경희. 1998. 동위원소분석에 의한 느타리속의 종간유연관계. 한국균학회지 26: 163-172
  5. Caetano, A. G. and Gresshoff, P. M. 1997. DNA markers: protocols, Applications, and overviews. Wiley-Vch, N.Y
  6. Eger, G., Li, S. F. and Lara, H. L. 1979. Contribution to the discussion on the species concept in the Pleurotus ostreatus Mycologia 71: 577-588 https://doi.org/10.2307/3759067
  7. Kang, H. W., Kwon, S. W. and Go, S. J. 2003a. PCR based specific and sensitive detection of Pectobacterum carotovorum subsp. carotovorum by primers generated from a URP-PCR fingerprinting-derived polymorphic band. Plant Pathology 52: 127-133 https://doi.org/10.1046/j.1365-3059.2003.00822.x
  8. Kang, H. W., Lee, B. M. and Yu, S. W. 2003b. Analysis of genetic relatedness in Alternaria species producing host specific toxins by PCR polymorphism. Plant Pathol. J. 19: 221-226 https://doi.org/10.5423/PPJ.2003.19.5.221
  9. Kang, H. W., Park, D. S., Go, S. J. and Eun, M. Y. 2002a. Fingerprinting of diverse genomes using PCR with universal rice primers generated from repetitive sequence of Korean weedy rice. Mol. Cells 13: 281-287
  10. Kang, H. W., Park, D. S., Park, Y. J., Lee, B. M., Cho, S. M., Kim, K. T., Seo, K. S. and Go, S. J. 2002b. PCR based detection of Phellinus linteus using specific primers generated from Universal Rice Primer (URP) derived PCR polymorphic band. Mycobiology 30: 202-207 https://doi.org/10.4489/MYCO.2002.30.4.202
  11. Kang, H. W., Park, D. S., Park, Y. J., You, C. H., Lee, B. M. and Go, S. J. 2001. Genomic differentiation among oyster mushroom cultivars released in Korea by URP-PCR fingerprinting. Mycobiology 29: 85-89
  12. Park, D. S., Kang, H. W., Lee, M. H., Park, Y. J., Lee, B. M., Han, J. H. and Go, S. J. 2003. DNA fingerprinting analysis of genus Phytophthora in Korea. Mycobiology 31: 235-247 https://doi.org/10.4489/MYCO.2003.31.4.235
  13. Toyomasu, T., Takazawa, H. and Zennyoji, A. 1992. Restriction fragment length polymorphisms of mitochontrial DNA from the basidiomycetes Pleurotus species. Bioci. Biotechnol. Biochem. 56: 359-361 https://doi.org/10.1271/bbb.56.359
  14. Vilgalys, R. J. and Sun, B. L. 1994. Ancient and recent patterns geographic speciation in the oyster mushroom Pleurotus revealed by phylogenie analysis of ribosomal DNA sequences. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91: 4599-4603
  15. Vakalounakis, D. J. and Fragkiadakis, G. A. 1999. Genetic diversity of Fusarium oxysporum isolates from cucumber: Differentiation by pathogenicity, vegetative compatibility, and RAPD fingerprinting. Phytopathology 89: 161-168 https://doi.org/10.1094/PHYTO.1999.89.2.161
  16. White, J. J., Bruns, J., Lee, S. and Taylor, J. 1990. Amplification and direct sequencing of fungus ribosomal RNA genes for phylogenies. Pp 315-322. In: Innis, M. A., Gerfard, D. H., Sniusky, J. J. and White, T. J. Eds. PCR protocols: A guide to methods and applications. Academic Press, San Diego
  17. Welsh, J. and McClelland, M. 1990. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nucl. Acids Res. 18: 7213-7218 https://doi.org/10.1093/nar/18.24.7213
  18. Williams, J. G K., Kubelic, A. R., Livak, K. J., Rafalski, J. A. and Tingey, S. V. 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitray primers are useful as genetic markers. Nucl. Acids Res. 18: 6531-6535 https://doi.org/10.1093/nar/18.22.6531

피인용 문헌

  1. Genetic Diversity of Paecilomyces japonica and Cordypces militaris Strains by URP-PCR Fingerprinting vol.39, pp.3, 2011, https://doi.org/10.4489/KJM.2010.39.3.180
  2. Genetic relationship analysis of Pleurotus pulmonarius strains using RAPD vol.13, pp.1, 2015, https://doi.org/10.14480/JM.2015.13.1.37
  3. Genetic Divesity Analysis of Fungal Species by Universal Rice Primer (URP)-PCR vol.40, pp.2, 2012, https://doi.org/10.4489/KJM.2012.40.2.78