Journal of the Korean Chemical Society (대한화학회지)

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Study on the Structure of 5S rRNA from Pseudomonas alcaligenes by Metallotripeptides

금속펩타이드를 이용한 Pseudomonas alcaligenes의 5S rRNA의 구조 연구

  • Kim, Hee-Joung (Division of Physics and Chemistry, Chosun University) ;
  • Kim, Si-Wouk (Division of Environmental Engineering, Chosun University) ;
  • Koh, Moon-Joo (Division of Physics and Chemistry, Chosun University)
  • 김희정 (조선대학교 자연과학대학 물리화학부 화학) ;
  • 김시욱 (조선대학교 공과대학 환경공학부) ;
  • 고문주 (조선대학교 자연과학대학 물리화학부 화학)
  • Published : 2002.02.20
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Abstract

The recognition and cleavage of 5S rRNA from P. alcaligenes by metallopeptides to the form $Ni(II){\cdot}Gly$-Gly-His(Arg)COOH and $Cu(II){\cdot}Gly$-Gly-His(Arg)COOH were investigated. The results of RNA cleavage analyses suggest that metallopeptides selectively target the unpaired or unstably paired bases of stem-loop structure of 5S rRNA. The selectivity of metallopeptides was little affected by the species of metal ion, Ni(II) or Cu(II). When the result of cleavage by metallopeptides was compared with that of by metal complexes M(II)CR, the recognition by metallopeptides was more selective and structure specific. The cleavage data by metallopeptides and other metal complexes were used to probe the secondary structure of 5S rRNA from P. alcaligenes.

$Ni(II){\cdot}Gly$-Gly-His(Arg)COOH와 $Cu(II){\cdot}Gly$-Gly-His(Arg)COOH 형태의 금속펩타이드를 이용하여 P. alcaligenes에서 얻은 5S rRNA의 구조를 조사하였다. 그 결과 금속 펩타이드들은 5S rRNA의 줄기-고리 구조에서 염기쌍을 이루지 않거나 불안정하게 이루는 부분을 선택적으로 변형시켰다. 금속펩타이드의 선택성은 중심 금속이 Ni(II)인 경우와 Cu(II)인 경우에 차이가 거의 없었다. 금속펩타이드를 이용한 절단 결과를 금속 착물 M(II)CR을 이용한 결과와 비교하면 금속펩타이드에 의한 선택성이 더 크게 나타났다. 금속펩타이드와 금속착물을 이용한 절단 결과로부터 P. alcaligenes에서 얻은 5S rRNA의 이차구조를 살펴보았다.

Keywords

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