Journal of the Korean Chemical Society (대한화학회지)

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In vitro Selection of RNA Aptamers which Bind to Escherichia coli tRNAVal

대장균 tRNAVal에 결합하는 RNA Aptamer들의 시험관내 선별

  • Jo, Bong Rae (Department of Chemistry, Chongju University)
  • 조봉래 (청주대학교 이공대학 화학과)
  • Published : 2002.04.20
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Abstract

To identify RNA motifs interacting with $tRNA^{Val}$, a SELEX(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment) was applied. Random DNA library which contains a region of ran-domized 48-mer oligonucleotide flanked by conserved sequ ence primers was transcribed into RNA pool using T7 RNA polymerase and RNA aptamers were selected with $tRNA^{Val}$ -immobilized affinity column through 14 rounds of SELEX. Some of the resulting aptamers contained a consensus sequence similar to the sequence in the loop regions of three rRNAs; C43GAAC47 sequence of 5S rRNA, G1491AAGU1495, G1379UUCC1383 sequence of 16S rRNA and C1064UUAG1068, G2110UGUA2114, C2480GACGG2485, A2600CAGU2604 sequence of 23S rRNA. These results suggest that $tRNA^{Val}$ can interact with 5S rRNA, 16S rRNA and 23S rRNA with variety in ribosome.

$tRNA^{Val}$에 결합하는 RNA 요소들을 확인하기 위해 SELEX 방법을 수행하였다. 양끝에 보존된 primer 서열을 가지고 가운데 무작위의 48-mer 올리고 누클레오티드 영역을 가진 DNA 문고를 T7 RNA 중합효소를 이용하여 전사시켜 얻은 RNA pool을 가지고 $tRNA^{Val}$이 고정된 affinity column을 이용하여 14번의 선별 과정을 거쳐 FNA aptamer들을 선별하였다. 몇몇 aptamer들은 세 가지 rRNA들의 고리 영역에 있는 서열과 유사한 서열을 가졌다: 5S rRNA의 C43GAAC47 서열, 16S rRNA의 G1491AAGU1495와 G1379UUCC1383 서열 그리고 23S rRNA의 C1064UUAG1068, G2110UGUA2114, C2480GACGG2485와 A2600CAGU2604 서열. 이 결과들은 $tRNA^{Val}$가 리보솜에서 5S rRNA, 16S rRNA 및 23S rRNA와 다양하게 상호작용 할 수 있다는 것을 암시한다.

Keywords

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