Helicobacter pylori vacA Mosaicism and New Primers for vacA Signal Sequence Indigenous to Korea

Helicobacter pylori vacA 대립유전자의 Mosaicism과 Signal Sequence의 한국고유 시발체

Purpose: Helicobacter pylori has been known to have diverse vacA allelic types. The purpose of the study was to identify vacA diversity in Korea and design new primers for signal sequence alleles indigenous to Korea. Methods: Fifty antral biopsy specimens, which had been proven to be H. pylori-positive, were examined for vacA status; signal sequence and mid-region. After PCR amplification and DNA sequencing, vacA alleles of Korean H. pylori strains were compared with those from other countries. Results: Among Korean H. pylori strains vacA alleles with all combinations of signal sequence and mid-region were found, with the exception of s1b or s2. vacA genotype s1c/m1 was predominant in Korea. We found that GGGAGCGTTR in s1a and GGGGYTATTG in s1c were the indigenous sequences to Korea and constructed the new Korean specific primers for the vacA signal sequence; VASK-F, VASK-R, S1AK-F, and S1CK-F. Conclusion: This study showed that s1c/m1 is the predominant type of vacA allele in Korea. We designed new primers for the vacA signal sequence.

목적: H. pylori의 vacA 대립유전자는 종족과 지역에 따라 다양하게 나타나고 있다. 저자들은 H. pylori에 감염된 소아의 위생검조직에서 vacA 대립 유전자에 대한 중합효소연쇄반응과 유전자염기분석을 실시하여 한국의 signal sequence와 mid-region의 다형성 및 고유의 시발체를 연구하고자 하였다. 방법: 상부 위내시경을 시행한 후 H. pylori 감염으로 진단된 10~18세 50명의 환아를 대상으로 위생검조직을 이용하여 vacA 대립유전자에 대한 PCR과 DNA 분석을 실시하였다. 이들 결과와 다른 나라의 vacA 대립유전자를 비교분석하였고 우리나라의 고유한 염기배열을 갖는 시발체를 제작하였다. 결과: 1) 서구의 시발체를 사용한 50명 중 30명(60%)에서 모두 s1이 검출되었고 이중 s1a가 14명, s1c 15명, s1a/s1c hybrid가 한 명이었으며 s1b는 발견되지 않았다. s1c/m1이 가장 많은 형이었다. 2) 우리 나라에 공통으로 발견되는 염기변이가 s1a에서는 GGGAGCGTTR, s1c는 GGGGYTATTG 이었으며 이들을 이용하여 새로운 시발체를 고안하였다(VASK-F, VASK-R, S1AK-F, S1CK-F). 새로이 제작된 시발체로 처음의 50개 조직을 재검한 결과 50개 모두에서 s region이 양성이었다. 결론: 우리 나라의 주된 vacA 대립유전자형조합은 s1c/m1이었고, vacA signal sequence의 한국 고유의 시발체를 만들었음을 보고하는 바이다.