Cloning and Sequence Analysis of the trpB, trpA and 3' trpC(F) Gens of Vibrio metschnikovii Strain RH530

Vibrio metschnikovii 균주 RH530의 trpB, trpA 그리고 3' trpC(F) 유전자의 클로닝 및 염기서열 결정

The genes, trpB, trpA and 3’ trpC(F) of Vibrio metschnikovii strain RH530 were cloned and sequenced. The trpB and trpA genes had open reading frames of 1,173 bp and 804 bp encoding 391 and 268 amino acids, respectively. The trpB and trpA genes had conventional ribosome-binding sequences and overlapped with each other by one nucleotide, suggesting that these two genes are translationally coupled. 115 nucleotide upstream the trpB start codon, tjere was an incomplete open reading frame of the 3’-end of the trpC(F). The amino acid sequences of trpB, trpA and trpC(F) of V. metschnikovii RH530 had identities of 64.2%, 82.4% and 73.7% respectively, for those of V. parahaemolyticus; 58.7%, 72.3% and 54.9%, respectively, for Salmonella typhimurium; and 42.6%. 54.1% and 12.5%, respectively, for brevibacterium lactofermentum. The genetic organization of these genes, especially in the noncoding region between trpC(F) and trpB, was distinct from that of Enterobacteriaceae.

Vibrio meschnikovii 균주 RH530의 trpB. trpA 및 3‘ trpC(F) 유전자를 대장균에 클로닝하여 염기서열을 결정하였다. trpB 및 trpA 유전자는 각각 391 및 268 아미노산을 coding할 수 있는 1,173 bp 및 804 bp의 open reading frame을 가졌다. trpB 및 trpA 유전자는 일반적인 ribosome-binding sequence를 가졌으며 1개의 nucleotide만큼 중복되어 있었다. 이는 이들 두 유전자가 trinslation 단계에서 연결되어 있음을 의미한다. trpB 유전자의 개시토돈에서 115 nucleotide 위에 trpC(F)와 trpF의 융합체인 trpC(F)의 3’-말단부위의 불완전한 open reading frame의 존재 하였다. V. metschnikovil RH530의 TrpB, TrpA 및 TrpC(F)의 아미노산 서열은 V. parahaemolyticus의 그것들과 각각 64.2%, 82.4%, 73.7%: S. typhimurium과 58.7%, 72.3%, 54.9%: B. lactoermentum과 42.6%, 54.1%, 12.5%의 유사성을 보였다. 이는 TrpB가 TrpA보다 서열이 잘 보존되어 있음을 나타내며 TrpC(F)는 다를 두 polypeptide에 비해서 서열의 변이가 큼을 나타낸다. 이들 유전자들의 구조, 특히 trpC(F)와 trpB 사이의 noncoding 부위는 Enterobacteriaceae 비롯한 다를 개체들과는 다른 특징을 보였다.