Korean Journal of Microbiology (미생물학회지)

The Microbiological Society of Korea (한국미생물학회)
권호 표지

Structure-Function Analysis of DNA Binding Domain of the Yeast ABF1 Protein

효모 ABF1 단백질의 DNA Binding 부위에 대한 구조 기능 연구

  • Cho, Gi-Nam (Department of Biology Education, Seoul National University) ;
  • Lee, Sang-Kyung (Department of Genetic Engineering, Kyung Hee University) ;
  • Kim, Hong-Tae (Department of Biology Education, Seoul National University) ;
  • Kim, Ji-Young (Department of Genetic Engineering, Kyung Hee University) ;
  • Rho, Hyune-Mo (Department of Molecular Biology, Seoul National University) ;
  • Jung, Gu-Hung (Department of Biology Education, Seoul National University)
  • 조기남 (서울대학교 생물교육과) ;
  • 이상경 (경희대학교 유전공학과) ;
  • 김홍태 (서울대학교 생물교육과) ;
  • 김지영 (경희대학교 유전공학과) ;
  • 노현모 (서울대학교 분자생물학과) ;
  • 전구홍 (서울대학교 생물교육과)
  • Published : 1994.01.01
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Abstract

Autonomously replicating sequence Binding Factor 1(ABF1) is a DNA-binding protein that specifically recognizes the $RTCRYN_5ACG$ at many sites in the yeast genome including the promoter element, mating-type silencer and ARS. To express the intact full-length ABF1 gene in E. coli, the ABF1 gene has been cloned into pMAL-c2 and His-61, Leu-353 and Leu-360 were substituted with other amino acid. ABF1 fusion proteins of wild type ABF1 and H61A, L353R and L360R nutants were purified by amylose resin affinity chromatography. Fusion protein of MBP and ABF1 was digested by Factor Xa and Characterized by gel retardation assay and complementation test. As aresult, we suggested that other DNA binding motif except atypical inc-finger motif is in the middle region of ABF1.

ABF1(Autonomously replicating sequence Binding Factor 1)은 효모 genome에서 $RTCRYN_5ACG$의 염기 서열을 가지고 있는 promoter, mating-type silencer, ARS에 결합하는 DNA binding 단백질이다. E. coli 에서 ABF1 유전자를 발현하기 위하여, ABF1 유전자를 pMAL-c2 벡터에 cloning하였다.(pMAHW). pMAHW를 E. coli에 형질전환하여, ABF1 융합단백질을 발현시키고, amylose resin affinity chromatography에 의하여 분리하였다. Factor Xa protease를 이용하여 분리된 융합단백질로부터 maltose binding protein을 잘라낸 후에 gel retardation analysis 방법으로 분리된 ABF1이 ARS1에 결합하는 능력을 지니고 있음을 확인하였다. DNA 결합에 관련된 부위를 찾기 위하여, 비전형적인 zinc finger motif가 위치하는 자리에서 pMAHW의 ABF1 유전자에 His-61을 다른 아미노산으로 치환하였다. DNA binding 부위로 추정되는 ABF1 단백질의 중간지역에 Leu-353, Leu-360를 다른 아미노산으로 치환하였다. Site-specific mutagenesis 를 통해 만들어진 mutant를 gel retardation analysis와 complementation test를 통해서 비전형적인 zinc finger motif이외에 다른 DNA binding motif가 있는 것을 알 수 있었다.

Keywords