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Difference in Haplotype Phasing According to the Use of Quality Information

품질정보의 사용유무에 따른 하플로타입 페이징의 결과 차이

  • Lee, Jong-Chan (Dept. of Computer Science & Engineering, Sejong University) ;
  • Na, Joong Chae (Dept. of Computer Science & Engineering, Sejong University)
  • 이종찬 (세종대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 나중채 (세종대학교 컴퓨터공학과)
  • Published : 2017.04.27

Abstract

인간 유전자의 SNP 서열 정보를 통해 하플로타입을 추정하는 하플로타입 페이징은 생명공학분야에서 중요한 연구분야이다. 최근에는 SNP 데이터가 많아짐에 따라 많은 하플로타입 페이징 알고리즘들이 제시되었다. 본 논문에서는 SNP 데이터의 오류로 인한 하플로타입 페이징의 한계점과 이를 해결하기 위한 품질정보의 사용에 관한 문제점을 언급한 후 이와 관련된 실험을 통해 품질정보가 하플로타입 페이징의 결과에 미치는 영향을 알아본다. 실험은 기존의 하플로타입 페이징 알고리즘을 사용하여 품질정보의 사용 유무에 따라 하플로타입 페이징 결과를 비교하는 과정으로 진행되었다. 실험 결과 하플로타입 페이징에 과정에서 품질정보를 사용하는 것은 품질정보를 사용하지 않았을 때 보다 좋은 결과를 보여주었다.

Keywords