Improving the runtime of BLAST by using SSDs and multi-core CPUs

BLAST 성능 향상을 위한 SSD/멀티코어 적용 및 최적화 방안 탐색

오래전부터 바이오 정보 처리에 대한 관심은 매우 높았으며, 컴퓨터의 성능 발달에 따라 기존에 처리할 수 없었던 대용량 바이오 데이터의 처리가 가능해 지면서 바이오 컴퓨팅의 역할이 점차 커지고 있다. 보다 효과적인 바이오 컴퓨팅을 위해서는 빠른 데이터 처리 속도가 필수적이며 이를 위하여 근본적으로 컴퓨터의 데이터 처리 성능을 향상시킬 필요가 있다. 본 논문에서는 최근에 각광받고 있는 SSD와 멀티코어 시스템을 이용하여 컴퓨터의 성능을 올려 대표적인 바이오 데이터의 처리 도구인 BLAST에 얼마나 효과적인지를 실험을 통하여 검증하고 그 가능성을 분석하였다. 또한 SSD에서의 바이오 데이터 최적화를 위하여 필요한 정보를 수집하고 사용 방안을 모색해보았다.