Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)

  • 2010.11a
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  • Pages.1395-1398
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  • 2010
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  • 2005-0011(pISSN)
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  • 2671-7298(eISSN)
Korea Information Processing Society (한국정보처리학회)
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A local search algorithm for predicting epistatic interactions of SNPs

복합 질환 관련 SNP 상호작용 예측을 위한 국소탐색 알고리즘

  • Hong, Won-Pyo (Dept. of Computer Engineering, Ajou University) ;
  • Wee, Kyubum (Dept. of Computer Engineering, Ajou University)
  • 홍원표 (아주대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 위규범 (아주대학교 컴퓨터공학과)
  • Published : 2010.11.12
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Abstract

최근 GWAS(Genome-wide association study)로 인해 수십만 개의 SNP들이 사용 가능하게 되었다. 그러나 SNP 정보의 양이 방대하여 모든 SNP 조합을 검토하는 방식은 계산 비용이 클 뿐 아니라 오버피팅의 위험이 따른다. 본 논문에서는 필터링 기반 알고리즘인 SNPHarvester의 속도를 개선하고 평가함수를 상호정보량으로 대체하여 실험한다. 기존 SNPHarvester와 비교해 속도면에서 50%가 향상되었고 평가함수 면에서는 기존 SNPHarvester와 동일한 성능을 보였다.

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