Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference (한국지능시스템학회:학술대회논문집)
- 2007.11a
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- Pages.419-422
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- 2007
Characteristic Signature Extraction using the Base Distribution Substitution Comparison
염기분포와 대치 비교를 이용한 염기서열 집단의 고유 시그너쳐 추출
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Hwang, Gyeong-Sun
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- Lee, Hye-Ri ;
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Lee, Geon-Myeong
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Kim, Seong-Su
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Lee, Chan-Hui
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Lee, Seong-Deok
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- Yun, Hyeong-U
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황경순
(충북대학교 전기전자컴퓨터공학부)
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- 이혜리 (충북대학교 전기전자컴퓨터공학부) ;
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이건명
(충북대학교 전기전자컴퓨터공학부)
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김성수
(충북대학교 전기전자컴퓨터공학부)
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이찬희
(충북대학교 생명과학부)
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이성덕
(충북대학교 정보통계학과)
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- 윤형우 (주성대학 임상병리학과)
- Published : 2007.11.02
Abstract
유전자 변이가 쉽게 일어나는 바이러스 등은 변이 계통에 따라 집단을 형성하게 된다. 이러한 집단들에 대한 분석은 해당 바이러스 집단에 대한 추적, 백신 및 치료약 개발에서 필수적이다. 어떤 집단의 염기 서열의 특성을 효과적으로 표현하는 패턴을 시그너쳐라 하며, 이러한 시그너쳐는 특정 염기서열 집단의 고유한 특성을 나타내면서 다른 집단과 구별되는 정보를 포함하는 것이 바람직하다. 이 논문에서는 가능한 후보 시그너쳐들을 염기분포를 이용하여 생성해가면서, 시그너쳐 해당부위의 염기를 상대 서열집단의 공통 서열의 염기로 변환하여 집단간의 상대거리를 측정함으로써, 후보 시그너쳐에 의한 집단의 고유성질 표현능력과 집단간 차별화 능력을 고려하여 시그너쳐를 추출하는 방법을 제안한다.