Evolutionary Optimization of Models for Mature microRNA Prediction

Mature microRNA 위치 예측 모델의 진화적 최적화

  • Kim Jin-Han (Biointelligence Laboratory, School of Computer Science and Engineering, Seoul National University) ;
  • Nam Jin-Wu (Graduate Program in Bioinformatics, Seoul National University) ;
  • Zhang Byoung-Tak (Biointelligence Laboratory, School of Computer Science and Engineering, Seoul National University)
  • 김진한 (서울대학교 컴퓨터공학부 바이오지능연구실) ;
  • 남진우 (서울대학교 대학원 생물정보학 협동과정) ;
  • 장병탁 (서울대학교 컴퓨터공학부 바이오지능연구실)
  • Published : 2006.06.01

Abstract

MicroRNA (miRNA)는 생체내에서 gene regulation에 관여하는 핵심 small RNA 중 하나이다. miRNA는 Primary miRNA, Precursor miRNA, mature miRNA의 과정으로 processing 된다. miRNA 최종 형태인 mature miRNA의 정확한 위치 예측은 miRNA 예측의 필수적인 부분이다. 본 논문에서는, 진화적 최적화 예측 모델 중 하나인 유전 알고리즘을 이용하여 mature miRNA의 정확한 위치 예측을 수행한다. 제시된 방법은 이미 알려진 mature miRNA 위치를 positive example로 하고 임의로 생성한 위치를 negative example로 하여 서로의 linear scoring function 적합성 함수의 값 차이가 최대한으로 되도록 예측 모델을 진화시킨다. 유전 알고리즘을 이용한 진화적 최적화 모델로부터 mature miRNA 위치 예측에서 약 1.7nt 오차를 보여 기존의 방법 보다 개선된 성능을 보인다.

Keywords