Proceedings of the Korean Information Science Society Conference (한국정보과학회:학술대회논문집)

  • 2006.10a
  • /
  • Pages.22-27
  • /
  • 2006
  • /
  • 1598-5164(pISSN)
Korean Institute of Information Scientists and Engineers (한국정보과학회)
권호 표지

Biomarker Detection on Aptamer-based Biochip Data by Potential SVM

Potential SVM을 이용한 압타머칩에서의 바이오마커 탐색

  • 김병희 (서울대학교 컴퓨터공학부 바이오지능 연구실) ;
  • 김성천 ((주) 제노프라) ;
  • 장병탁 (서울대학교 컴퓨터공학부 바이오지능 연구실)
  • Published : 2006.10.20
Download PDF
⟨ Previous Next ⟩

Abstract

압타머칩은 혈청(serum) 내의 지정된 단백질의 상대적 양을 직접 측정할 수 있는 바이오칩으로서, 의학적 질병 진단에 유용하게 사용할 수 있는 툴이다. 압타머칩 데이터 분석에는 기존의 마이크로어레이 분석기법을 그대로 적용할 수 있다. 본 논문에서는 Potential SVM(PSVM)을 이용하여, 심혈관질환 샘플 기반의 압타머칩 데이터에서 바이오마커 후보 단백질을 선정한 결과를 정리한다. PSVM은 분류 알고리즘으로서 뿐만 아니라 자질 선택(feature selection)에서도 우수한 성능을 보이는 알고리즘으로 알려져 있다. 심혈관 질환의 단계에 따라 구분한 4개 클래스, 135개 샘플로 구성된 3K 압타머칩 데이터에 대해 PSVM을 적용하여 자질을 선택하고 분류성능을 측정한 결과, 마이크로어레이에서의 자질 선택에 많이 사용되는 Gain Ratio 기법과 비교하여 보다 적은 수의 단백질 정보로 보다 나은 분류 성능을 보임을 확인하였다. 더불어, PSVM을 이용해 선택한 단백질군을 심혈관 질환 진단을 위한 바이오마커 후보로 제시한다.

Keywords