Proceedings of the Korean Information Science Society Conference (한국정보과학회:학술대회논문집)
- 2005.07b
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- Pages.286-288
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- 2005
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- 1598-5164(pISSN)
MicroRNA Target Prediction using a Support Vector Machine and Position based Features
SVM과 위치 기반의 자질을 이용한 MicroRNA 목표 유전자 예측
- Kim Sung-Kyu (Graduate Program in Bioinformatics, Center for Bioinformation Technology, Seoul National University) ;
- Zhang Byoung-Tak (Graduate Program in Bioinformatics, Center for Bioinformation Technology, Seoul National University, Biointelligence Laboratory, School of Computer Science and Engineering, Seoul National University)
- 김성규 (서울대학교 대학원 생물정보학, 서울대학교 바이오정보기술연구센터(CBIT)) ;
- 장병탁 (서울대학교 대학원 생물정보학, 서울대학교 바이오정보기술연구센터(CBIT), 서울대학교 컴퓨터 공학부 바이오지능 연구실)
- Published : 2005.07.01
Abstract
MicroRNA (miRNA)는 작은 크기의 RNA분자로서 동식물의 유전자 발현 과점을 직접적으로 조절하는 인자로 알려져 있다. MiRNA는 보통 목표 유전자의 3'-UTR 영역에 상보성을 갖고 결합함으로써 작용하며 특히 miRNA의 5'부분의 8 nt 정도가 seed로서 중요하다고 알려져 있다. 반면 최근의 연구에 따르면 seed 부분의 서열의 조성 및 양상이 변화함에 따라 특이도가 결정됨을 알 수 있지만 기존의 컴퓨터를 이용한 miRNA 목표 유전자 예측 방법들은 이러한 정보를 활용하지 못한다. 본 논문에서는 열역학적인 수치와 서열의 조성뿐 아니라 miRNA:mRNA pair의 위치에 기반한 정보들을 학습에 자질로서 포함하여 목표 유전자를 예측한다. 그 결과는 위치 기반 자질이 학습 성능 향상에 중요하게 기여함을 보여준다.
Keywords