Proceedings of the Korean Information Science Society Conference (한국정보과학회:학술대회논문집)

  • 2005.07b
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  • Pages.256-258
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  • 2005
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  • 1598-5164(pISSN)
Korean Institute of Information Scientists and Engineers (한국정보과학회)
권호 표지

Universal Oligonucleotide Tag Design using Genetic Algorithm

유전알고리즘을 이용한 범용 올리고뉴클레오타이드 태그 디자인

  • Lim Hee-Woong (Artificial Intelligence Lab. Seoul National University) ;
  • Yoo Suk-In (Artificial Intelligence Lab. Seoul National University) ;
  • Zhang Byound-Tak (Biointelligence Lab. Seoul National University)
  • 임희웅 (서울대학교 인공지능연구실) ;
  • 유석인 (서울대학교 인공지능연구실) ;
  • 장병탁 (서울대학교 바이오지능연구실)
  • Published : 2005.07.01
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Abstract

올리고뉴크레오타이드 서열의 디자인은 일반 분자 생물학 뿐만 아니라 DNA 컴퓨팅 분야에서도 중요한 문제이다. DNA나 RNA와 같은 생체 물질간의 화학반응을 이용하여 계산을 수행하는데 사용되는 염기 서열의 품질은 계산의 정확도에 큰 영향을 미치기 때문에, 문제의 특성에 따른 요구 조건에 안는 염기 서열을 디자인 하기위한 방법에 대해 여러 가지 연구가 있어왔다. 기존의 DNA 컴퓨팅을 위한 염기서열 디자인은 주어진 녹는점의 범위에서 단순히 서로 독립적인 염기서열들의 집합을 디자인 하거나, 분자생물학 실험에 사용되는 올리고 프로브나 프라이머 셋을 디자인 하는 것을 중심으로 이루어졌다. 반면, 본 논문에서는 세포에서 추출된 DNA/RNA 분자가 섞여있는 환경에서 어느 DNA/RNA 분자와도 흔성화 반응물 하지않는 범용 올리고뉴클레오타이드 태그를 디자인하는 간단한 유전 알고리즘을 제시하며, 이를 이용해서 디자인된 염기서열 결과를 제시한다.

Keywords