Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference (한국생물정보학회:학술대회논문집)
- 2004.11a
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- Pages.167-177
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- 2004
A New Method for Detecting Isotope Patterns in Liquid Chromatography/Mass Spectrometry Data
LC/MS 데이터에서 동위 원소 패턴을 찾는 새로운 방법
- Kim, Youn-Dong (Department of Life Science, POSTECH) ;
- Han, Joon-Hee (Department of Computer Science and Engineering, POSTECH) ;
- Hwang, Ji-Woon (Department of Computer Science and Engineering, POSTECH)
- Published : 2004.11.04
Abstract
본 논문에서는 LC/MS 데이터로부터 동위 원소 패턴(isotope pattern)을 찾는 새로운 방법을 제시하고자 한다. 기존의 분석 방법에서는 LC/MS 데이터를 1차원적으로 분석하고 있기 때문에 2차원에서 적용할 수 있는 알고리즘을 적용하기가 어렵다. LC/MS 데이터를 2차원 영상으로 가시화해 본 결과, 하나의 동위 원소 패턴에 속하는 단일 동위 원소 피크(single isotope peak)는 모양, 크기와 같은 2차원 형태적 특징들도 유사함을 알 수 있다. 따라서, 기존의 방법들이 질량 스펙트럼과 같은 1차원 신호를 분석하는 것에 중점을 둔 것에 비해, 본 논문에서는 LC/MS 데이터를 2차원 신호 즉, 영상(image)으로 간주하고 영상 처리 방법과 객체 인식 방법을 적용하였다. 실험 결과 같은 동위 원소 패턴에 속하는 각각의 단일 동위원소 피크들 사이에 peak maxima position 뿐만 아니라 skewness, variance등도 유사였으며 이러한 유사도를 기반으로 동위 원소 패턴을 찾을 수 있었다.
Keywords