Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference (한국생물정보학회:학술대회논문집)

Korean Society for Bioinformatics (한국생명정보학회)
권호 표지

CAMVS(V1.0) : CGH Analyzer and Map Viewer using S-Plus(V1.0)

  • Kim, Sang-Cheol (Cancer Metastasis Research Center, College of Medicine, Yonsei University) ;
  • Park, Chan-Hee (Cancer Metastasis Research Center, College of Medicine, Yonsei University, Brain Korea 21 Project for Medical Science, College of Medicine, Yonsei University) ;
  • Seo, Min-Young (Cancer Metastasis Research Center, College of Medicine, Yonsei University) ;
  • Jeong, Ha-Jin (Cancer Metastasis Research Center, College of Medicine, Yonsei University, Brain Korea 21 Project for Medical Science, College of Medicine, Yonsei University) ;
  • Kim, In-Young (Cancer Metastasis Research Center, College of Medicine, Yonsei University) ;
  • Chung, Hyun-Cheol (Cancer Metastasis Research Center, College of Medicine, Yonsei University, Brain Korea 21 Project for Medical Science, College of Medicine, Yonsei University) ;
  • Rha, Sun-Young (Cancer Metastasis Research Center, College of Medicine, Yonsei University, Brain Korea 21 Project for Medical Science, College of Medicine, Yonsei University)
  • Published : 2004.11.04
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Abstract

DNA 단계에서의 유전자의 증폭과 소실은 종양의 발생과 진행에 중요한 역할을 한다. 유전자의 변화를 관찰하기 위해서 Comparative Genomic Hybridization(CGH) 기술이 많이 이용되어져 왔다. 최근에는 이러한 CGH 기술을 응용하여 cDNA microarray 를 이용한 고밀도 CGH(Microarray-CGH) 기술이 보고 되고 있다. Microarray-CGH 에서 유전자별 변화 정도를 유전자의 log-비의 값의 변화 정도와 염색체 위치 정보를 이용하여 DNA 단계에서의 유전자의 변화 정도를 확인 할 수 있다. 또한 동일한 유전자의 칩을 사용하여 RNA단계에서의 발현 양상과 직접 비교할 수 있는 장점이 있다. 현재 microarray 분석법은 많이 개발되고 실용화 되고 있으나 Microarray-CGH 분석을 위한 프로그램들은 아직 초보 단계며, 생물학자들이 사용하기 힘들고, 프로그램에 분석 자료를 적용하기 어려운 경향이 있다. 위와 같은 단점을 보완하기 위해서 개발된 CAMVS(V1.0) 프로그램은 S-plus(2000)을 기반으로 개발하였고, 복잡한 분석보다는 모든 결과들을 이미지화 할 수 있으며 파일로 결과를 쉽게 확인할 수 있도록 디자인하였다. CAMVS(V1.0)는 전체 염색체를 각 실험별로 비교 분석하는 부분, 특정 염색체를 특정 실험별로 비교 분석하는 부분과 실험간의 차이를 통계적으로 비교 분석하는 3 가지 카테고리로 구성되어 있다. 쉬운 알고리즘과 사용의 편리함, 분석결과의 다양한 그래픽, 새로운 알고리즘 추가의 용이성 등이 CAMVS(V1.0)가 가지고 있는 장점이며, Microarray-CGH를 분석하는데 아주 유용한 분석 도구이다.

Keywords