Proceedings of the Korean Information Science Society Conference (한국정보과학회:학술대회논문집)

  • 2004.04b
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  • Pages.340-342
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  • 2004
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  • 1598-5164(pISSN)
Korean Institute of Information Scientists and Engineers (한국정보과학회)
권호 표지

Promoter Prediction on the Human Chromosome 22 by Promsearch

PromSearch를 이용한 인간 염색체 22번의 프로모터 예측

  • 김윤희 (서울대학교 컴퓨터공학부 바이오지능연구실) ;
  • 김병희 (서울대학교 컴퓨터공학부 바이오지능연구) ;
  • 장병탁 (서울대학교 컴퓨터공학부 바이오지능연구실)
  • Published : 2004.04.01
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Abstract

Promsearch는 인간 DNA에서 코어 프로모터 영역을 예측하는 프로그램이며, PWM(position weight matrix)과 신경망을 기반으로 전사시작지점을 예측한다. 프로그램은 대량의 서열 데이터를 처리할 수 있도록 구성되었으며, 본 논문에서는 인간 염색체 22번에 대한 프로모터 예측 결과를 제시한다. Annotated된 936개의 유전자와 Promsearch가 예측한 프로모터간의 위치의 상관관계를 계산한 결과 87개에 대해 프로모터 예측 결과가 의미 있는 것으로 밝혀졌다. 예측의 민감도는 25%이며, Promsearch가 대규모 시퀀싱 프로젝트에서 나오는 대량의 서열 데이터를 1차적으로 분석하는 도구로서 사용될 수 있음을 확인하였다.

Keywords