Proceedings of the Korean Information Science Society Conference (한국정보과학회:학술대회논문집)

  • 2003.04a
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  • Pages.124-126
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  • 2003
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  • 1598-5164(pISSN)
Korean Institute of Information Scientists and Engineers (한국정보과학회)
권호 표지

Design of Gene Alignment Program(FastA) Using Carpool and Grouping Schemes

카풀 및 그룹핑 기법을 이용한 유전자 서열 정렬 프로그램(FastA) 설계

  • 이성준 (아주대학교 정보통신전문대학원) ;
  • 김재훈 (아주대학교 정보통신전문대학원) ;
  • 정진원 (아주대학교 정보통신전문대학원) ;
  • 이원태 (연세대학교 생화학과)
  • Published : 2003.04.01
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Abstract

생물정보학에서 사용되는 많은 프로그램들은 데이터베이스로 부터 방대한 양의 데이터를 검색하고 처리한다. 이러한 환경에서 사용자의 요청마다 데이터베이스를 검색하는 경우 사용자들의 대기 시간이 길어지고 시스템 용량을 초과한다. 이러한 데이터베이스 액세스의 문제점을 해결하기 위하여 카플 기법과 그룹핑 기법이 제안되었다. 본 논문에서는 카플 기법과 그룹핑 기법을 이용하여 유전자 서열 비교 프로그램인 Fasta를 구현하였고 사용자 응답시간을 측정하여 프로그램의 성능을 높일 수 있음을 확인하였다.

Keywords