Proceedings of the Korean Information Science Society Conference (한국정보과학회:학술대회논문집)

  • 2003.04c
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  • Pages.368-370
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  • 2003
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  • 1598-5164(pISSN)
Korean Institute of Information Scientists and Engineers (한국정보과학회)
권호 표지

An efficient optimization method for multiple sequence alignment

효율적인 복수서열정렬 최적화기법

  • Kim, Jin (Divison of Information and Communication Engineering, Department of Computer Engineering) ;
  • Jung, Woo-Cheol (Divison of Information and Communication Engineering, Department of Computer Engineering) ;
  • Uhmn, Saang-Yong (Divison of Information and Communication Engineering, Department of Computer Engineering)
  • 김진 (한림대학교 정보통신공학부 한림대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 정우철 (한림대학교 정보통신공학부 한림대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 엄상용 (한림대학교 정보통신공학부 한림대학교 컴퓨터공학과)
  • Published : 2003.04.01
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Abstract

단백질들의 복수서열정렬은 단백질 서열간의 관계를 유추할 수 있는 유용한 도구이다. 최적화된 복수서열정렬을 얻기 위해 사용되는 가장 유용한 방법은 dynamic programming이다. 그러나 dynamic programming은 특정한 비용함수를 사용할 수 없기 때운에 특별한 경우 최적의 복수서열정렬을 제공하지 못하는 문제점이 있다. 우리는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 부분정렬개선기법을 사용한 알고리즘을 제안하였으며, 이 알고리즘이 dynamic programming의 문제점을 효과적으로 해결함을 보였다.

Keywords