Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)

  • 2002.04a
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  • Pages.79-82
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  • 2002
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  • 2005-0011(pISSN)
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  • 2671-7298(eISSN)
Korea Information Processing Society (한국정보처리학회)
권호 표지

Building of Protein 3-D Structure Database and Similarity Search System

3D 단백질 구조 데이터베이스 및 유사성 검색 시스템 구축

  • Li, Rong-Hua (Database Laboratory, Chungbuk National University) ;
  • Park, Sung-Hee (Database Laboratory, Chungbuk National University) ;
  • Ryu, Keun-Ho (Database Laboratory, Chungbuk National University)
  • 이영화 (충북대학교 데이터베이스 연구실) ;
  • 박성희 (충북대학교 데이터베이스 연구실) ;
  • 류근호 (충북대학교 데이터베이스 연구실)
  • Published : 2002.04.12
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Abstract

단백질 3차 구조 정보는 PDB에서 플랫화일 형태로 제공되고 있으며 이러한 플랫화일 각각의 엔트리들은 단백질 3차 분자 구조를 구성하는 원자들의 공간좌표정보, 서열정보, 실험정보 및 참조정보 등으로 구성된다. 이러한 정보들을 포함하고 있는 플랫파일로부터 필수적인 구조정보 및 서열정보 등의 효율적 검색을 위해서는 플랫파일을 데이터베이스로 구축함과 동시에, 구축된 데이터베이스를 위한 유사성 검색시스템 구축이 요구된다. 따라서, 이 논문에서는 Protein DataBank에서 제공하는 플랫파일을 공간객체 모델링기법에 기반한 관계형 데이터베이스로 구축하고 PSI-BLAST를 적용하여 단백질 서열 유사성 검색 시스템을 구축한다. 이렇게 함으로써 단백질 3자 구조 분자를 구성하는 원자에 대한 검색과 구조에 대한 서열 유사성 검색을 통하여 단백질 3차 구조 분류 및 구조 예측 시스템 구축에 활용할 수 있다.

Keywords