Design and Implementation of a Web-Based Search Engine for Single Nucleotide Polymorphism Data

웹기반의 Single Nucleotide Polymorphism 데이터 검색 시스템의 설계 및 구현

SNP는 개인과 개인간의 DNA에 존재하는 한 염기 쌍의 차이(single base-pair variation)이다. SNP를 이용하면 사람마다 다른 유전병의 형태 등을 규명할 수 있다. 본 논문에서는 한국생명공학연구원의 유전체 사업단에서 개발해 오고 있는 웹기반 SNP데이터 검색 시스템의 설계와 구현에 대해서 설명한다. 본 시스템은 일반 속성(attribute)을 저장하고 검색하기 위해 PostgreSQL DBMS를 사용하고, DNA 시퀸스 검색을 위해 BLAST검색엔진을 사용한 약결합 아키텍쳐(loosely-coupled architecture)를 채택하고 있다. 즉, 일반 속성으로 저장될 수 있는 데이터들은 데이터베이스의 테이블들의 컬럼 값으로 저장하고 SQL 언어를 통해 검색할 수 있도록 하였으며, DNA 시퀸스 검색을 위해서는 BLAST에서 제공하는 인덱스를 구축하고 BLAST 명령어를 사용하여 검색할 수 있도록 하였다. 또한, 결과 분석 모듈을 구현하여 검색 결과들이 다른 웹 사이트의 데이터를 가리키도록 하였다.