Structure Searching of Biological Sequence using DCG in Constraint Logic Programming Language

제한 논리 프로그래밍 언어에서 DCG를 이용한 생물학적 서열의 구조 검색

  • 이근우 (창원대학교 전자계산학과) ;
  • 이수현 (창원대학교 전자계산학과) ;
  • 이명준 (울산대학교 컴퓨터정보통신공학부)
  • Published : 2001.10.01

Abstract

생물학적 서열의 구조 검색은 생물학적 특성을 예측하는데 많은 도움을 주며, 서열에서 나타나는 구조의 패턴은 촘스키의 형식 언어로 기술 가능하다. 본 논문에서는 문맥무관문법의 확장된 표기법인 DCG를 이용하여 구조 검색을 위한 구조 패턴의 생성 규칙을 정의하였다. 또한 구조 검색의 효율향상을 위하여 구조와 관련한 제한(constraint)을 정의하였고 이를 제한 논리 프로그래밍 언어로 구현하였다. 구현된 구조 검색 엔진은 웹 인터페이스를 통하여 접근할 수 있다.

Keywords