Exact Matching Algorithm on Expanded Word Suffix Tree

확장된 단어 서픽스 트리에서의 완전매칭 알고리즘

DNA 염기 서열을 분석하는데 효율적으로 쓸 수 있는 자료구조서 서픽스 트리(Suffix Tree)가 제시되었다. 그러나 매우 큰 유전자 서열에 대한 서픽스 트리는 대용량의 메모리 공간을 필요로 한다. 따라서 메모리 공간의 절약을 위해서 단어 서픽스 트리를 이용하는 방법이 제안되었다. 단어 서픽스 트리는 이러한 장점에도 불구하고 단어에 의미를 두고 만든 트리 구조이기 때문에 완전 매칭 문제를 해결하기 위한 정보가 부족해서 제한적 완전 매칭 알고리즘이 제시되었다. 제한적 완전 매칭 알고리즘에서는 찾으려는 패턴이 어떤 단어의 부-문자열에 위치하거나, 두 단어 이상에 걸쳐 나오면 찾지 못하는 문제가 발생한다. 본 논문에서는 단어 서픽스 트리의 완전 매칭 문제를 해결하기 위해 각 단어들의 서픽스에 대한 정보로 구성된 Generalized 서픽스 트리를 사용하여 확장된 단어 서픽스 트리를 제시하고, 완전 매칭 알고리즘을 제안한다.