권호 표지

Korean Journal of Microbiology (미생물학회지)

The Microbiological Society of Korea

  • Quarterly
  • /
  • 0440-2413(pISSN)
  • /
  • 2383-9902(eISSN)

Domain

  • Life Science ＞ Molecular Cell Biology

Aim & Scope

Korean Journal of Microbiology (Korean J. Microbiol., KJM) publishes papers that deal with research on microorganisms, including archaea, bacteria, yeasts, ungi, microalgae, protozoa, and simple eukaryotic microorganisms. Topics considered for publication include biochemistry, physiology, molecular biology, genetics, genomics, molecular biotechnology, virology, immunology, microbial pathogenesis, ecology, environmental microbiology, molecular systematics, ioinformatics, chemical or physical characterization of microbialstructures or products and basic biological properties of organisms. -Genetics and Molecular Biology -Physiology and Biochemistry -Immunology and Clinical Microbiology -Ecology and Environmental Microbiology -Systematics and Evolution -Industry and Applied Microbiology -Genome Announcements

http://msk.jams.or.kr/ KSCI KCI SCOPUS

Volume 55 Issue 3

  1. Lee, Yonho;Yun, Sang Hoon;Lim, Heon M. 181
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9022 PDF KSCI
    대장균 세포분열 조절에 관여하는 DicA 단백질은 $37^{\circ}C$보다 $25^{\circ}C$에서 DNA에 더욱 잘 결합한다. 그러나 DicA 단백질의 온도의존적 DNA 결합에 대한 분자적 원인은 명확하지 않다. 본 연구에서는 DicA 단백질이 어떻게 DNA에 결합하며, 왜 온도 의존적 결합양상을 보이는지 알아보았다. In vivo DNA 결합 분석 결과 RovA나 SlyA와 같은 DicA의 상동성 단백질과는 달리 DicA는 N 말단에 있는 DNA 결합 도메인을 이용하여 20개의 염기쌍으로 이루어진 dicC 조절자 유전자(Oc)에 결합함을 보여주었다. 또한 in vivo 실험에서 DicA는 $37^{\circ}C$ 보다 $25^{\circ}C$에서 DNA에 더 잘 결합하는 것으로 알려진 Cnu 또는 H-NS의 영향을 받지 않고 자체적으로 Oc에서의 온도 의존적 DNA 결합을 보인다. 하지만 정제된 DicA 단백질을 이용한 in vitro binding 실험에서는 온도 의존적 DNA 결합이 관찰되지 않았다. Crude 단백질을 이용한 실험에서 DicA 단백질의 온도 의존적 DNA 결합이 관찰되는 것으로 보아 DicA의 온도 의존적 DNA (Oc) 결합은 crude 단백질내에 존재하는 아직 알려지지 않은 in vivo factor에 의해 일어난다.
  2. Yun, Sang Hoon;Lee, Yonho;Lim, Heon M. 191
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9068 PDF KSCI
    H-NS는 대장균에서 DNA 결합 단백질로 수많은 유전자의 발현에 영향을 주는 것으로 잘 알려져 있다. DicA 단백질은 dicF, dicB의 발현을 억제하여 대장균의 분열을 조절한다. dicA의 발현에 Cnu, H-NS의 관여 여부는 CnuK9E 돌연변이가 $37^{\circ}C$에서 dicA의 발현을 억제하여 대장균이 길게 자라는 현상을 일으키며 처음 알려졌다. 하지만 Cnu와 H-NS 두 단백질이 어떻게 dicA의 발현을 조절하는지에 대한 분자적인 기작 연구는 잘 되어있지 않다. 본 연구에서 H-NS가 dicA와 dicC 유전자의 프로모터 부근에 염기서열 특이적으로 결합하며, $37^{\circ}C$ 보다 $25^{\circ}C$에서 DNA 더 잘 결합하는 것을 확인하였다. 그리고 EMSA를 통해 Cnu는 H-NS의 DNA 결합의 oligomeric state를 변화시키는 방식으로 작용하는 것을 보여주었다. In vivo transcription assay와 real time PCR을 통해 H-NS가 제거된 대장균에서 dicA 프로모터 활성이 높아지고, 분열 초기 dicA의 발현이 조절 받지 못하고 증가하는 것으로 보아, H-NS는 dicA의 발현에 억제자로서 기능한다.
  3. Park, Seong Kyun;Seo, Su Ryeon;Hwang, Byung Joon 199
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9083 PDF KSCI
    Yeast two-hybrid는 특정 단백질에 대한 상호작용 파트너 단백질의 선별을 위한 방법으로 개발되었다. 하지만 대규모 단백질 상호작용체 분석을 수행하기에 요구되는 노동과 대량의 한천배지 사용에 따른 문제에 의해 널리 사용되지 못하고 있다. 따라서 본 연구에서는 새로운 리포터 시스템을 yeast two-hybrid 방법에 도입하여 fluorescence-activated cell sorting (FACS) 또는 magnetic-activated cell sorting (MACS)를 이용하여 상호작용 파트너 단백질을 포함하는 효모 클론을 손쉽게 선별할 수 있도록 하였다. 새로운 리포터 시스템은 c-myc 항원 결정기가 총 10번 반복되는 형태로 효모 표면에 발현되도록 하였으며, p53과 SV40 T항원을 이용한 실험을 통하여 리포터 단백질의 정상적인 발현을 flow cytometry 분석을 통하여 확인하였다. 따라서, 새로운 리포터 시스템을 도입한 yeast two-hybrid 방법은 대규모 상호작용체 분석을 위해 필요한 노력을 현저히 줄일 수 있을 것으로 기대한다.
  4. Shin, Jin Hak;Lee, Eun Hye;Kim, Seon Sook;Yi, Dong-Keun;Roh, Jin Kyung;Seo, Su Ryeon 206
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9055 PDF KSCI
    Propionibacterium acnes (P. acnes)는 모낭과 모공 속에 존재하며 세포 찌꺼기, 피지 및 주변 피부 조직의 대사 부산물을 에너지와 영양소로 사용한다. 과도한 피지생성과 모낭의 막힘으로 피지 생성이 증가하면 P. acnes의 증식 및 성장을 유발할 수 있다. 모낭에 있는 P. acnes의 급속한 성장은 염증을 일으킬 수 있는 세포 손상, 신진 대사 부산물을 생성한다. 본 연구는 S. iscoensis Hieron. (S. iscoensis) 추출물이 P. acnes에 의한 염증반응을 조절할 가능성이 있는지 확인하고, 그 신호 전달 기전을 밝히고자 하였다. S. iscoensis 추출물은 마우스 대식세포주인 Raw 264.7에서 P. acne에 의해 유도되는 IL-$1{\beta}$, TNF-${\alpha}$, iNOS와 같은 염증성 사이토카인의 발현을 매우 효과적으로 억제하였다. 이러한, 염증성 사이토카인의 발현 억제는 NF-${\kappa}B$와 NF-AT와 같은 전사 조절 인자의 활성화 저해를 통해 일어남을 확인하였다. 그러나, MAPK 신호 전달 기전과는 상관이 없음을 확인하였다. 이 연구는 S. iscoensis 추출물이 여드름의 치료제로 사용될 가능성이 있음을 최초로 제안한다.
  5. Shin, Jin Hak;Seo, Su Ryeon 213
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9082 PDF KSCI
    여드름은 일반적인 피부 염증성 질환으로 알려져 있다. 여드름은 모낭 내 피지선에서 나타나는 만성 염증 질환이다. Propionibacterium acnes (P. acnes)의 증식은 대식세포가 염증성 사이토카인을 분비하도록 자극한다. 최근 연구에서 여러 천연 추출물이 P. acnes에 의해 매개되는 염증반응을 감소시키는 것을 확인하였다. 그러나 P. acnes에 의한 염증반응에서 E. persicifolia Gagnep. (E. persicifolia) 추출물의 억제효과에 관한 연구는 수행되지 않았다. 따라서 본 연구에서는 P. acnes에 의해 유도된 염증 반응에서 E. persicifolia 추출물의 항 염증효과를 조사하였다. P. persicifolia 추출물은 마우스 대식세포주인 RAW 264.7에서 P. acnes에 의해 유도된 IL-$1{\beta}$, IL-6, TNF-${\alpha}$ 및 iNOS와 같은 염증 매개체의 발현 수준을 억제하였다. 또한 E. persicifolia 추출물이 염증성 사이토카인 발현의 주요 조절인자인 NF-${\kappa}B$ 전사 활성화를 억제한다는 것을 발견했다. 본 연구 결과는 P. acnes의 치료를 위한 잠재적인 치료물질로서 E. persicifolia 추출물을 제안한다.
  6. Jo, Hyejun;Hong, Jiwan;Unno, Tatsuya 220
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9058 PDF KSCI
    최근 10년간 미생물생태분석 기반의 연구는 차세대염기서열분석법이 개발된 이래로 지속적으로 증가하고 있다. 장내미생물생태와 건강의 연관성은 미생물 생태학 분야에 있어서 중요한 결과로 여겨지고 있다. 미생물 군집 분석은 주로 16S rRNA 유전자 가변 영역의 염기서열을 통해 분석되지만 이는 미생물의 활성 정보를 제공하지 않는다. 본 연구에서는 cDNA 기반의 미생물 생태분석을 수행하고 DNA 및 cDNA기반의 미생물생태분석 결과를 비교하였다. 두 가지의 서로 다른 접근법이 Butyrate producer와 probiotics와 같이 장내 대사과정에서 중요한 미생물의 abundance 뿐만 아니라 비만 지표로 알려진 Firmicutes 와 Bacteroidetes의 비율에 있어서 차이가 있음을 나타내었다. 따라서, cDNA 기반 미생물 군집은 이전에 수행된 DNA 기반 미생물 군집 분석과 비교하여 장내미생물생태의 역할과 관련된 또 다른 분석 방향성을 제공한다.
  7. Hwang, Ji-Seon;Choi, Ho-Yeong;Song, Hong-Gyu 226
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9080 PDF KSCI
    Ochratoxin A (OTA)는 주로 Aspergillus가 생성하는 진균 독소의 하나로 저장 곡물의 흔한 오염물질로 인간과 가축의 건강을 위협하고 있다. 본 연구의 목적은 분리 세균인 Bacillus subtilis AF13과 Streptomyces shenzhenensis YR226의 OTA 생성 Aspergillus 균주들에 대한 생장과 OTA 생성 저해능 조사이다. OTA 생성 세 균주들의 균사 생장과 포자 형성에 대한 항진균활성은 한천 평판에서 AF13과 YR226 균주와의 공동배양에 의해 조사되었다. AF13과 YR226은 10일 배양 중 진균 집락 직경을 각각 77.58%와 78.48% 감소시켰으며, 두 균주 모두 포자 형성을 99%까지 저해하였다. YR226은 또한 세 진균 균주의 포자 발아도 91% 이상 감소시켰다. Yeast extract sucrose 배지에서 Aspergillus와 AF13 또는 YR226 균주를 동시배양하였을 때 세 종류 진균 모두 균사체 생장과 OTA 생성이 감소하였다. 특히 AF13은 A. alutaceus의 균사체 생장을 완전히 저해하고 OTA 생성은 99% 감소시켰으며, YR226은 균사체 생장과 독소 생성을 99%까지 저해하였다. AF13과 YR226이 생성하는 항진균물질에는 siderophore, chitinase, protease, ${\beta}$-1,3-glucanase와 biosurfactant가 포함된다. 이 결과는 AF13과 YR226이 독소생성 진균으로부터 가치있는 농작물을 보호하는 생물학적 방법으로 이용될 수 있으며, 따라서 농업과 사료산업에서 경제적 피해를 감소시킬 수 있을 것이다.
  8. Kim, Ju-Young;Jung, Hee-Young;Park, Jong-Seok;Cho, Sung-Jin;Lee, Hoon Bok;Sung, Gi-Ho;Subramani, Gayathri;Kim, Myung Kyum 234
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9056 PDF KSCI
    효모와 곤충 간의 집중적인 상호 작용은 곤충의 먹이에 대한 유인과 발달 및 행동에 대한 관련성을 보였다. 곤충 내장에서 분리된 효모는 먹이의 소화를 돕는 셀룰라아제(셀룰로오스 분해)를 분비한다. 한국의 경기도에서 수집한 메뚜기의 장에서 셀룰로오스를 분해하는 효모 세 균주를 분리 하였다. 효모 균주의 cellulase 활성을 확인하기 위해, 카르복시 메틸 셀룰로즈(CMC)를 함유하는 배지로 플레이트상의 투명한 영역을 요오드 용액을 사용하여 관찰하였다. 효모 $ON22^T$, $G10^T$ 및 $G15^T$ 균주는 CMC-플레이트 분석에서 양성 셀룰로오스 활성을 나타냈다. Large subunit rDNA 유전자와 Internal transcribed spacer (ITS) 영역의 D1/D2 영역의 서열 분석에 기초한 계통수를 통해 $ON22^T$와 $G10^T$ 균주가 Moesziomyces aphidis JCM 10318 (D1/D2 영역에서 각 100%와 99.8%, ITS 영역에서 각 98.4% 및 99.5% 서열유사성)와 가장 가깝고 G15는 Moesziomyces antarcticus JCM $10317^T$ 종 (D1/D2 영역에서 100%, ITS에서 100% 서열 유사성)에 속한다는 것을 밝혔다. 셀룰라아제는 바이오 에탄올 생산과 같은 바이오 연료와 같은 다양한 산업 공정에서 사용되고 있다. 따라서, 셀룰로오스 분해 미생물의 분리 및 연구는 중요성을 갖게 되었다. 이 논문은 한국의 Moesziomyces 속의 셀룰로오스 분해 효모 균주인 $ON22^T$, $G10^T$, $G15^T$에 대한 첫 번째 보고이다.
  9. Koh, Hyeon-Woo;Kim, Hongik;Park, Soo-Je 242
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9069 PDF KSCI
    폐수 처리 설비에서 생물학적 요인은 유기물 분해 또는 제거에 필수적인 역할을 수행한다. 본 연구에서는, 폐수처리장의 미생물 기능적 역할을 이해하기 위해, 활성 슬러지 샘플로부터 박테리아 균주를 분리하고 그들의 특성 분석을 시도했다. S16 균주는 대한민국 대전광역시의 폐수처리장의 활성슬러지로 부터 분리되었다. 세포들은 그람음성, 비운동성, 통성 혐기성 그리고 막대모양이였다. S16 균주는 $15{\sim}40^{\circ}C$ (최적 $30^{\circ}C$), 0~9.0% (w/v) NaCl (최적 1.0~2.0%), pH 5.5~9.0 (최적 pH 7.0~7.5)에서 성장하였다. 분자계통학적 분석결과, S16은 Miniimonas 속의 고유종인 Miniimonas areae NBRC $106267^T$ (99.79%, 16S rRNA 유전자 염기서열 유사성)와 가장 밀접한 것으로 나타났다. 해양 미생물로 여겨지는 표준균주 NBRC $106267^T$의 분리 원은 바다 모래이지만 S16 균주는 육상 환경이다. 이는 서식지 전환에 대한 생태학적 의문을 제기할 수 있다. 따라서 비교 유전체 분석은 잠재적인 대사 특성 및 유전체 간소화를 밝히기 위한 가치있는 연구가 될 것이다.
  10. Han, Bit;Kim, Minji;Ryu, Dajung;Lee, Ki-Eun;Lee, Byoung-Hee;Lee, Eun-Young;Park, Soo-Je 248
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9043 PDF KSCI
    본 연구에서는 제주 지역의 토양 및 해양 환경으로부터 약 70주의 미생물들을 분리하였으며, 16S ribosomal RNA 유전자 분석을 통하여 최종 21종의 미생물을 발굴하였다. 이들 미생물들은 5 강(Class) 16 속(Genus)에 속하며, 모두 국내 미기록종으로 확인되었다. 분리된 미생물의 기질 특이성 및 고분자 물질 분해능을 바탕으로 내산성과 호염성 미생물들의 생리활성 표현형은 서로 구별되는 것으로 관찰되었다. 본 연구결과는, 국내 미생물 자원활용에 기초적 정보를 제공할 것으로 기대된다.
  11. Lim, Eun-Seo 258
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9060 PDF KSCI
    본 연구의 목적은 탈지유와 두유 내에서 Enterobacter aerogenes CIH05의 증식과 바이오제닉 아민(biogenic amines, BA) 생성량에 대한 유산균의 영향을 조사하는 것이다. 갓김치로부터 분리된 Lactobacillus acidophilus GK20, Lactobacillus paracasei GK74 및 Lactobacillus planatrum GK81은 탈카르복시화 배지 상에서 BA를 생성하지 않았다. 탈지유와 두유 내에서 L. paracasei GK74에 의해 가장 많은 생균수와 항균 물질 생성량이 측정되었고, 반면 L. plantarum GK81은 다른 균주들에 비해 유의하게 낮은 균수와 항균 물질을 생산하였다. 유산, 과산화수소 및 박테리오신의 생산량은 Lactobacillus의 균종과 배지 종류에 의존하였다. 유산균과 유사하게 E. aerogenes CIH05도 단독 배양 시 두유보다 탈지유에서 더 많은 균수가 측정되었다. 탈지유와 두유 내에서 L. acidophilus GK20이나 L. paracasei GK74와 혼합 배양하거나 박테리오신 용액(300 AU/ml)을 처리했을 때 E. aerogenes CIH05의 균수가 유의하게 감소되었고 히스타민과 카다베린의 생성도 효과적으로 억제되었다.
  12. Kim, Kyeong Soon;Shin, Jung;Sim, JiSoo;Yeon, SuJi;Lee, Pyeong An;Chung, Moon Gyu 268
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9075 PDF KSCI
    장 내에 존재하는 microbiome은 생활환경, 나이와 섭취하는 음식물에 따라 변하게 된다. 본논문에서는 모유를 섭취한 영아와 분유를 섭취한 영아들에 대한 장내미생물 군집의 변화를 비교하였다. 미생물의 군집변화를 차세대 염기서열 분석기법을 이용하여 분석하였으며 총 80개의 영아 분변을 통해 미생물 군집변화를 확인하였다. 모유그룹(BIG)과 분유그룹(FIG-A, FIG-B, FIG-C)간의 장내세균의 군집을 비교한 결과 BIG에서는 Actinobacteria 문이 전체 군집의 $74.22{\pm}3.48%$로 우점을 차지하였다. 분유그룹의 Actinobacteria 문을 비교하였을 때 FIG-A는 $73.46{\pm}4.12%$였지만 FIG-B와 FIG-C는 $66.52{\pm}5.80%$와 $68.88{\pm}4.33%$로 BIG와 FIG-A에 비해 낮은 비율을 보였다. 속(genus) 수준에서 살펴보면 Bifidobacterium이 전체 미생물군집에서 가장 높은 비율로 분포하고 있었으며 BIG가 $73.09{\pm}2.31%$로 가장 높았고 FIG-A, FIG-B 및 FIG-C는 각각 $72.25{\pm}4.93%$, $63.81{\pm}6.05%$ 및 $67.42{\pm}5.36%$를 차지하였다. Bifidobacterium 종의 경우 모든 그룹에서 Bifidobacterium longum이 우점을 차지하고 있었으며 BIG와 FIG-A가 전체 군집의 $68.77{\pm}6.07%$와 $66.85{\pm}5.80%$를 차지하였다. 이에 반해 FIG-B와 FIG-C는 각각 $58.94{\pm}6.20%$와 $61.86{\pm}5.31%$로 BIG와 FIG-A보다 낮은 비율로 분포하는 것을 분석하였다. FIG-A가 섭취한 분유는 Bifidobacterium의 선택적 증식이 우수하다고 알려진 갈락토올리고당, 갈락토실락토스, 시너지올리고당, 비피도올리고 및 장내균총개선소재를 혼합한 5-Bifidus factor 복합물이 포함되어 있다. 이와 같은 5-Bifidus factor라는 유산균에 대한 증식능이 우수한 프리바이오틱스를 혼합하였기 때문에 모유를 섭취한 영아의 장내에 존재하는 Bifidobacterium 속의 군집과 유사하게 나타난 것으로 판단된다.
  13. Han, Kook-Il;Kang, Se Won;Eom, Mi Kyung;Kim, Ji-Sun;Lee, Keun Chul;Suh, Min Kuk;Kim, Han Sol;Park, Seung-Hwan;Lee, Ju Huck;Park, Jam-Eon;Oh, Byeong Seob;Ryu, Seoung Woo;Yu, Seung Yeob;Choi, Seung-Hyeon;Lee, Dong Ho;Yoon, Hyuk;Kim, Byung-Yong;Lee, Je Hee;Lee, Jung-Sook 274
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9067 PDF KSCI
    본 연구에서는 건강한 한국인 분변으로부터 Ruminococcus sp. KGMB03662 균주를 분리하고 유전체서열을 PacBio Sequel 플랫폼을 사용하여 분석하였다. 염색체의 크기는 2,707,502 bp로 G + C 구성 비율은 43.09%, 총 유전자수는 2,484개, 단백질 코딩 유전자는 2,367개, rRNA는 14개 및 tRNA는 53개로 구성되었다. 본 유전체로부터 가수분해효소, 지방산생합성 및 대사와 항생제생합성 및 내성 관련 유전자를 확인하였다. 이러한 유전체의 분석은 KGMB03662 균주가 사람의 건강 및 질병에 관여할 것으로 여겨진다.
  14. Park, Soo-Je 278
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9073 PDF KSCI
    Actinobacteria 문 Beutenbergiaceae 과에 속하는 Miniimonas arenae KCTC $19750^T$는 해양모래에서 분리되었다. 본 연구에서는 KCTC $19750^T$의 비완전 유전체를 보고한다. 본 유전체는 3,402,690 bp의 크기와 73.6%의 평균 G + C 함량을 지니고 있으며, 2,947개의 단백질 코딩 유전자, 2개의 ribosomal RNA 및 44개의 transfer RNA로 구성되어 있다. 또한, 삼투압과 관련된 유전자를 포함하고 있다. 본 유전체 서열의 가용성은 Miniimonas 속의 유일한 구성원으로KCTC $19750^T$에 대한 더 많은 이해를 제공할 것이다.
  15. Moon, Ji-Hoi;Kim, Suegene;Yang, Seok Bin;Jang, Eun-Young;Shin, Seung-Yun;Lee, Jin-Yong;Lee, Jae-Hyung 280
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9070 PDF KSCI
    본 논문에서는 농흉 환자의 흉막액에서분리된 Bifidobacterium dentium ATCC 15424균주의 유전체 염기서열을 분석하여 보고한다. 이 균주의 유전체는 구강에서 분리된 다른 B. dentium 균주에 존재하지 않는 type III 및 IV secretion system proteins, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase 그리고 PRTRC system protein E를 암호화하는 유전자 등 247개의 ATCC 15424균주 특이적인 유전자들을 포함한다. 이 유전체의 서열 정보는 B. dentium의 자연적 변이와 세균 종 내의 유전체 다양성을 이해하는 데 유용할 것이다.
  16. Oh, Ji-Sung;Roh, Dong-Hyun 283
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9090 PDF KSCI
    이 연구에서는 Illumina Hiseq platform을 사용하여 동해 심층 해양수로부터 분리된 Pelagicola sp. DSW4-44 (= KCTC 62762 = KCCM 43261)의 초안 유전체 염기서열 해독을 수행하였다. 그 결과, 유전체는 대략 4.85 Mbp의 길이 및 54.3%의 G + C 함량으로 구성되었고, 전체 4,566개의 단백질 암호 유전자, 3개의 rRNA 유전자, 48개의 tRNA 유전자, 3개의 non-coding RNA 유전자 및 67개의 위유전자(pseudo gene)가 확인되었다. 초안 유전체에서 균주 DSW4-44는 Pelagicola 속의 다른 균주에서 발견되지 않는 이화적 질산염의 암모늄 환원과 탈질화의 질소대사 유전자를 가지고 있었다.
  17. Dutta, Swarnalee;Wabyona, Alex;Kakembo, David;Lee, Yong Hoon 286
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9065 PDF KSCI
    벼 종자에서 분리한 Pseudomonas parafulva PpaJBCS1880 (PpaJBCS1880) 균주는 lipopeptide를 분비하여 식물의 세균 병원균에 대해 강력한 항균력을 나타냈다. 또한, PpaJBCS1880는 콩불마름병의 발생을 억제하였을 뿐만 아니라, 벼의 생육을 촉진하였다. 이에 따라, 본 연구에서는 PpaJBCS1880 균주의 전체염기서열을 해독하고 분석하였는데, 총 염기서열은 5,208,480 bp였고, GC 함량은 63.4%였다. 염색체는 4,487개의 단백질을 암호화하였고, 19개의 rRNA와 74개의 tRNA로 구성되어 있었다. 유전체의 분석을 통해 2차 대사산물인 lipopeptide, pyoverdine, phenazine 및 hydrogen cyanide 등을 생산하는 것을 확인하였는데, 이들 대사산물에 의해 항균력, 생물방제 및 생육촉진 효과를 나타내는 것으로 판단된다.
  18. Kim, Ji-Sun;Kang, Se Won;Han, Kook-Il;Lee, Keun Chul;Eom, Mi Kyung;Suh, Min Kuk;Kim, Han Sol;Lee, Ju Huck;Park, Seung-Hwan;Park, Jam-Eon;Oh, Byeong Seob;Yu, Seung Yeob;Choi, Seung-Hyeon;Ryu, Seoung Woo;Lee, Dong Ho;Yoon, Hyuk;Kim, Byung-Yong;Lee, Je Hee;Lee, Jung-Sook 289
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9086 PDF KSCI
    Lachnospiraceae bacterium KGMB03038 (=KCTC 15821)은 건강한 한국인의 대변 시료로부터 분리된 Lachnospiraceae과, Clostridia 강, Firmicutes 문에 속하는 신속 균주이다. 본 연구에서는 PacBio Sequel 플랫폼을 이용하여 KGMB03038 균주의 유전체를 해독하고 분석하였으며 그 결과, 47.8% G + C 함량을 가진 3,334,474 bp 길이의 완전한 하나의 유전체 컨티그를 얻었다. 이 유전체는 3,099개의 단백질 암호화 유전자와 12개의 rRNA 유전자, 54개의 rRNA 유전자, 그리고 4개의 ncRNA 유전자를 포함하고 있다. 이 유전체 분석 결과, KGMB 03038 균주가 탄수화물의 가수화와 아미노산의 생합성에 관련되어 있는 중요 유전자들을 가지고 있음을 확인하였다.
  19. Heo, Sojeong;Lee, Jong-Hoon;Jeong, Do-Won 293
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9085 PDF KSCI
    메주로부터 분리한 Enterococcus faecalis DM01 균주는 8종의 항생제(ampicillin, chloramphenicol, ciprofloxacin, erythromycin, gentamicin, penicillin G, tetracycline, vancomycin) 저항성, 바이오필름 및 용혈현상을 나타내지 않았다. GC 함량 37.68%, 2,785,968 bp 크기의 단일 chromosome을 보유하고 있는 DM01 균주의 유전체 정보는 콩발효식품 제조용 종균 적용에 요구되는 항생물질 저항성, 바이오필름 및 용혈현상 관련의 안전성을 뒷받침하는 것으로 확인되었다.
  20. Yu, Seung Yeob;Kim, Ji-Sun;Oh, Byeong Seob;Ryu, Seoung Woo;Park, Seung-Hwan;Kang, Se Won;Park, Jam-Eon;Choi, Seung-Hyeon;Han, Kook-Il;Lee, Keun Chul;Eom, Mi Kyung;Suh, Min Kuk;Kim, Han Sol;Lee, Dong Ho;Yoon, Hyuk;Kim, Byung-Yong;Lee, Je Hee;Lee, Jung-Sook;Lee, Ju Huck 296
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9092 PDF KSCI
    Bacteroides 속 균주들은 척추동물의 분변 등에서 분리된 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 건강한 한국인 분변으로부터 Bacteroides sp. KGMB 02408 균주를 분리하였으며 PacBio Sequel 플랫폼을 이용하여 Bacteroides sp. KGMB 02408 균주의 유전체서열을 분석하였다. 유전체는 G + C 구성 비율이 39.5%이고, 5,005개의 유전자와 rRNA 18개 tRNA 74개로 구성되었으며, 염색체의 크기는 5,771,427 bp였다. 또한, 유전체 분석 결과를 통해 산화-환원 효소와 메나퀴논 생합성 및 그와 관련된 다양한 유전자를 발견하였다.
  21. Nishu, Susmita Das;Hyun, Hye Rim;Lee, Tae Kwon 300
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9087 PDF KSCI
    제천에서의 콩 근권 시료로부터 분리한 Glutamicibacter halophytocola DR408 균주는 내건성 식물생장촉진력을 보이고 있다. 본 연구에서 DR408 균주의 완전한 유전체 서열을 해독한 결과, 유전체의 크기는 3.77 Mbp였으며, G + C 함량이 60.2%였다. 또한 총 3,352개의 유전자 서열과 65개의 tRNA, 19개의 rRNA, 3개의 ncRNA가 존재하였다. 유전체 분석을 통해 식물의 내건성을 향상시킬 수 있는 삼투질 합성과 식물생장촉진 효소를 코딩하는 유전자를 다수 포함하는 것을 확인하였다.
  22. Kim, Yeong Seok;Kim, Seung Bum 303
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9093 PDF KSCI
    섬 해안가 토양에서 방선균주 Gordonia sp. MMS17-SY073를 분리하여 유전체 분석을 실시하였고, 그 결과 5,962,176 염기쌍 및 67.4%의 G + C 함량으로 이루어진 유전체 정보를 확보하였다. 유전정보 분석 결과 총 5,201개 단백질 지정 유전자, 6개 rRNA 유전자 및 45개 tRNA 유전자를 확인하였다. MMS17-SY073 균주는 16S rRNA 유전자를 이용한 분석 결과 분류학적으로 Gordonia soli의 표준균주와 가장 가까웠으며 그 유사도는 98.5%로 나타났다. MMS17-SY073 균주는 non-ribosomal peptide synthetase 유형을 비롯한 다수의 이차대사산물 생합성 유전자를 보유하고 있는 것으로 나타났다.
  23. Heo, Jun;Kim, Soo-Jin;Kim, Jeong-Seon;Hong, Seung-Beom;Kwon, Soon-Wo 306
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9101 PDF KSCI
    많은 Bacillus 속 균주들이 다양한 분야에서 이용할 수 있는 항균 활성을 가지고 있는 것으로 알려져 있다. 여드름을 유발하는 인자 중 하나인 Propionibacterium acne를 억제하기 위해 P. acnes에 대해 높은 항균활성을 가지는 Bacillus halotolerans F41-3 균주를 선발하였다. 우리는 B. halotolerans F41-3 균주에 대한 유전체 분석을 하였고 유전적 특성을 분석하였다. 이 유전체는 4,144,458 bp의 크기로 G + C 함량은 43.76%, 유전자의 수는 4,145개, 단백질 암호화 유전자는 3,686개로 구성되어 있다. 유전체 가운데 bacteriocin 중 하나인 subtilosin에 연관된 유전자 클러스터와 subtilosin 합성에 관여하는 nickel 수송에 연관된 유전자 클러스터가 포함되어 있는 것을 확인하였다. 두 클러스터가 P. acnes를 저해하는데 영향을 줄 것으로 보인다.
  24. Kim, Dong-Hyun;Han, Kook-Il;Kwon, Hae Jun;Kim, Mi Gyeong;Kim, Young Guk;Choi, Doo Ho;Lee, Keun Chul;Suh, Min Kuk;Kim, Han Sol;Lee, Jung-Sook;Kim, Jong-Guk 309
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9099 PDF KSCI
    본 연구에서는 폐수처리장의 바이오필터로부터 Comamonas sp. NLF-7-7 균주를 분리하고 유전체서열을 PacBio RS II와 Illumina HiSeqXten 플랫폼을 사용하여 분석하였다. 염색체의 크기는 3,333,437 bp로 G + C 구성 비율은 68.04%, 총 유전자수는 3,197개, rRNA는 9개 및 tRNA는 49개로 구성되었다. 본 유전체는 오염물질분해와 플록형성에 관여하는 황산화 경로 유전자(SoxY, SoxZ, SoxA 및 SoxB)와 플록형성 경로 유전자(EpsG, EpsE, EpsF, EpsG, EpsL 및 glycosyltransferase)를 포함하고 있다. 이러한 Comamonas sp. NLF-7-7 균주는 폐수를 정화하는데 활용될 수 있다.
  25. Heo, Jun;You, Jaehong;Park, InCheol;Han, Byeong-Hak;Kwon, Soon-Wo;Ahn, Jae-Hyung 313
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9103 PDF KSCI
    사일리지 제조에 사용하기 위한 섬유소 분해균을 탐색하는 중 절대혐기성 세균인 WCF-2 균주를 선발하였다. WCF-2 균주는 16S rRNA 유전자 염기서열 유사도가 가장 높은(98.2%) 표준균주인 Cellulosilyticum lentocellum DSM $5427^T$ 보다 높은 섬유소 분해 활성을 나타내었다. WCF-2 균주의 전체 유전체 염기서열을 분석하고 이를 C. lentocellum DSM $5427^T$와 비교하였을 때 두 균주의 OrthoANI 값은 97.9%로 나타나 WCF-2를 C. lentocellum으로 동정하였다. WCF-2 균주의 유전체 크기는 4,779,774 bp이고 G + C 함량은 34.4%였으며 4,154개의 단백질 암호화 유전자 및 142개의 RNA 암호화 유전자를 보유하고 있었다. 또한 WCF-2 균주는 7개의 cellulase를 보유하고 있었으며 이 중 5개는 C. lentocellum DSM $5427^T$의 cellulase와 낮은 유사도를 나타내었다.