권호 표지

The Korean Journal of Microbiology (한국미생물학회지)

The Microbiological Society of Korea (한국미생물학회)

  • Quarterly
  • /
  • 0440-2413(pISSN)
  • /
  • 2383-9902(eISSN)

Domain

  • Life Science ＞ Molecular Cell Biology

Aim & Scope

Korean Journal of Microbiology (Kor. J. Microbiol., KJM) publishes papers that deal with research on microorganisms, including archaea, bacteria, yeasts, fungi, microalgae, protozoa, and simple eukaryotic microorganisms. Topics considered for publication include biochemistry, physiology, molecular biology, genetics, genomics, molecular biotechnology, virology, immunology, microbial pathogenesis, ecology, environmental microbiology, molecular systematics, bioinformatics, chemical or physical characterization of microbial structures or products and basic biological properties of organisms.

http://msk.jams.or.kr/ KSCI KCI SCOPUS

Volume 55 Issue 2

  1. Kim, Jaisoo;Kim, Min-Ho 87
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9036 PDF
    대부분의 만성창상(chronic wounds)은 생물막으로 인해 상처 치유시 염증단계를 지속시킨다. 생물막은 항생제(antibiotics)에 대한 저항성을 가지며 침투력을 저하시키고 살균제(biocides)에 대한 내성을 지니며 국소면역반응을 약화시킨다. 또한 생물막은 주변의 조직에 단단히 붙어 있어 제거하는 작업이 매우 어렵다. 그러므로 주변 조직을 손상시키지 않으면서 단단한 생물막을 제거하는 전략은 매우 중요하다. 그 중에 하나가 분산기작을 이용한 생물막의 해체이며 지금까지 많은 연구가 수행되어 왔다. 본 고찰논문에서는 특별히 화학주성, 파지요법, 다당류, 다양한 효소(당분해효소, 단백질분해효소, DNA 분해효소), 계면활성제, 분산신호, 자기유도인자, 조절인자, 억제제 등이 소개되었으며 더 나아가 항생제 치료 및 다른 치료와의 병행을 통한 병합요법도 소개되었다. 앞으로 본 논문에서 제시된 생물막의 분산기작의 지식을 이용하여 만성 창상 감염치료의 가능성이 더 높아지길 기대한다.
  2. Kim, Junghee;Oh, Hyun-Myung 103
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9006 PDF
    DNA 메틸화는 유전체의 무결성의 유지 및 유전자 발현 조절과 같은 박테리아의 다양한 과정에 관여한다. Alphaproteobacteria 종에서 보존된 DNA 메틸 전이 효소인 CcrM은 S-아데노실 메티오닌을 공동 기질로 사용하여 $N^6$-아데닌 또는 $N^4$-시토신의 메틸 전이 효소 활성을 갖는다. Celeribacter marinus IMCC 12053는 해양 환경에서 분리된 알파프로테오박테리아로서 GpC 시토신의 외향고리 아민의 메틸기를 대체하여 $N^4$-메틸 시토신을 생산한다. 단일 분자 실시간 서열 분석법(SMRT)을 사용하여, C. marinus IMCC12053의 메틸화 패턴을 Gibbs Motif Sampler 프로그램을 사용하여 확인하였다. 5'-GANTC-3'의 $N^6$-메틸 아데노신과 5'-GpC-3'의 $N^4$-메틸 시토신을 확인하였다. 발현된 DNA 메틸전이 효소는 계통 발생 분석법을 사용하여 선택하여 pQE30 벡터에 클로닝 후 $dam^-/dcm^-$ 대장균을 사용하여 클로닝된 DNA 메틸라아제의 메틸화 활성을 확인하였다. 메틸화 효소를 코딩하는 게놈 DNA 및 플라스미드를 추출하고 메틸화에 민감한 제한 효소로 절단하여 메틸화 활성을 확인하였다. 염색체와 메틸라아제를 코드하는 플라스미드를 메틸화시켰을 때에 제한 효소 사이트가 보호되는 것으로 관찰되었다. 본 연구에서는 분자 생물학 및 후성유전학을 위한 새로운 유형의 GpC 메틸화 효소의 잠재적 활용을 위한 외향고리 DNA 메틸라제의 특성을 확인하였다.
  3. Park, Jin Hee;Yoon, Jin Ho 112
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9051 PDF
    Thp1/PCID2 단백질은 전사와 연계되어 mRNA를 핵에서 세포질로 방출하는데 필요한, 진화적으로 보존된 TREX-2 복합체의 구성요소이다. 분열효모인 Schizosaccharomyces pombe에는 Thp1/PCID2 단백질의 이종상동체가 2개 존재한다. pci2(SPBC1105.07c) 유전자 이외에, SPAC1B3.08 유전자는 PCI 영역을 갖고 있으며 TREX-2 복합체의 구성요소로 추정되는 단백질을 암호화하고 있다. SPAC1B3.08을 과발현하면, 생장이 약간 느려지고 mRNA 방출에 결함을 보였다. Yeast two-hybrid와 공동침전 분석 실험에서 SPAC1B3.08 단백질은 TREX-2 복합체의 다른 구성요소인 Sac3, Dss1 단백질들과 상호작용하였다. 이와 같은 관찰들은 S. pombe의 SPAC1B3.08 단백질도 TREX-2 복합체의 구성요소로서 mRNA 방출에 관여할 가능성을 지지한다.
  4. Hyun, Hyesook;Choi, Juo;An, Dongju;Cho, Kyungyun 117
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9035 PDF
    점액세균 Myxococcus stipitatus는 순수분리를 위한 농화배양 과정에서는 자연기질 표면에서 자루가 달린 구형 자실체를 형성한다. 하지만 순수 분리된 균주가 이러한 형태의 자실체를 형성하도록 하는 한천배지는 알려져 있지 않다. M. stipitatus DSM 14675 균주는 CYS 평판배지에서 반구형 자실체 유사 구조물을 형성하므로 CYS 배지 성분이 자실체 형성에 미치는 영향을 조사하였다. 그리고 이를 기초로 M. stipitatus 세포들이 구에 자루가 달린 자실체를 형성하는 한천배지 조성을 개발하였다. 본 연구에서는 또 이와 함께 M. stipitatus DSM 14675 균주가 분산하여 성장하는 액체배지도 개발하였다.
  5. Nam, Mi Sun;Song, Wan Seok;Park, Sun Cheol;Yoon, Sung-il 123
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9042 PDF
    Chelatase는 tetrapyrrole에 2가 금속을 삽입하는 데 관여하는 효소로서 cobalamin, siroheme, heme, chlorophyll과 같은 금속-tetrapyrrole의 생합성에 필수적인 역할을 담당한다. SirB는 sirohydrochlorin(SHC) tetrapyrrole의 중앙부에 코발트나철을 삽입하여 코발트-SHC 또는 철-SHC를 형성하는 SHC chelatase이다. SirB의 금속 결합 기전 및 SHC 인식 기전을 구조적으로 이해하기 위해 Bacillus subtilis subsp. spizizenii에서 유래한 SirB(bssSirB)의 코발트 복합체 구조를 규명하였다. bssSirB는 N-말단 도메인(NTD)과 C-말단 도메인(CTD)으로 구성된 ${\alpha}/{\beta}$ 단량체 구조를 형성한다. bssSirB는 NTD와 CTD 사이에 서열 보존성이 높은 공동을 지니며 NTD의 histidine 잔기 2개를 이용하여 공동 상단에서 코발트 이온과 상호작용한다. 또한 구조 비교 분석 결과 bssSirB는 공동 내에 SHC 분자를 수용하는 것으로 판단된다. 이러한 구조적 발견에 기초하여 bssSirB의 공동은 SHC의 코발트 삽입이 이뤄지는 활성 부위임을 제안한다.
  6. Lim, Eun-Seo 131
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9017 PDF
    본 연구에서는 우리나라 전통 발효 된장 내 바이오제닉 아민 함량을 측정하고 이들 아민의 축적을 억제할 수 있는 프로바이오틱 바실러스균을 분리하였다. 된장 내 세균수, pH, 적정산도, 염도 및 바이오제닉 아민 함량은 시료마다 유의한 차이가 있었다. 된장에서 분리된 바실러스균 중에서 Bacillus (B.) licheniformis DB102, B. subtilis DB203, B. stearothermophilus DB206, Bacillus sp. DB209, Bacillus sp. DB310, B. coagulans DB311, B. cereus DB313, B. amyloliquefaciens DB714, Bacillus sp. DB917, B. cereus DB 915, B. subtilis DB1020 및 Bacillus sp. DB1022는 바이오제닉 아민 생성능이 있는 것으로 확인되었다. 반면, 바이오제닉 아민 분해균은 Bacillus sp. DB403, Bacillus sp. DB407, B. subtilis DB517, B. licheniformis DB612 및 B. subtilis DB821로 동정되었다. 특히, Bacillus sp. DB407과 B. subtilis DB821은 인공 소화액에 대한 저항성, 장관 상피세포에 대한 부착능, 항생제에 대한 내성 및 바이오제닉 아민 생성균에 대한 항균 활성 등의 프로바이오틱 특성을 나타내었다. 결론적으로 이들 두 프로바이오틱 바실러스균은 바이오제닉 아민이 낮은 대두 발효 식품 제조에 적합한 스타터로 사료된다.
  7. Chung, Yong-Joon 143
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9049 PDF
    라세믹체 형태의 전구물질 methyl DL-${\beta}$-acetylthioisobutyrate (DL-ester)로부터 captopril 합성과정의 중간물질로 알려져 있는 D-${\beta}$-acetylthioisobutyric acid (DAT)를 효율적으로 제조하기 위해 광학선택적 esterase활성을 가진 신규 미생물을 탐색하였고 활성이 우수한 균주 CJ-317과 균주 CJ-187을 선별하고 동정한 결과, 각각 Klebsiella pneumoniae와 Pseudomonas putida로 동정하였다. 두 균주가 생산하는 esterase의 최적 반응온도와 내열성을 조사한 결과, P. putida CJ-187와 K. pneumoniae CJ-317의 최적활성은 각각 $60^{\circ}C$와 $75^{\circ}C$이었으며 또한 P. putida CJ-187의 경우, $60^{\circ}C$까지 안정한 반면 K. pneumoniae CJ-317은 $80^{\circ}C$에서도 1시간 동안 안정된 내열성 효소의 특성을 보였다. DAT에 의한 최종 산물의 활성 저해도에 있어서도 P. putida CJ-187은 2.5%와 5%의 DAT에 대해 각각 55%와 80%의 저해활성을 보인 반면 K. pneumoniae CJ-317는 각각 35%와 44%의 낮은 저해활성을 보임으로서 K. pneumoniae CJ-317은 captopril 합성의 중간체인 DAT 제조과정에 유용하게 활용할 수 있는 우수한 내열성 광학선택적 esterase 활성을 가지는 신규 균주임을 확인하였다.
  8. Park, Soon-Nang;Lim, Yun Kyong;Shin, Ja Young;Roh, Hanseong;Lim, Kwanju;Kook, Joong-Ki 149
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.8111 PDF
    Parvimonas micra는 그람 양성, 절대 혐기성, 비운동성 및 아포를 생성하지 않는 구균이다. 이 세균 종은 구강의 정상 세균 총 하나이며, 구강 감염성질환 및 전신질환고도 연관이 있다. P. micra KCOM 1037 (= ChDC B276) 균주가 수술후상악낭종 병소에서 분리되었다. 여기에서 P. micra KCOM 1037 균주의 유전체 염기서열을 완전 해독하여 보고한다.
  9. Lim, Yun Kyong;Park, Soon-Nang;Park, Se Ho;Shin, Ja Young;Roh, Hanseong;Kook, Joong-Ki 152
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.8109 PDF
    Prevotella denticola는 그람 음성, 절대 혐기성, 비운동성이면서 아포를 형성하지 않는 막대 모양의 세균이다. P. denticola는 치주질환과 관련이 있으며, 치주질환의 위험 인자 중 하나이다. P. denticola KCOM 1525 (= ChDC B698) 균주가 사람 치근단 농양에서 분리되었다. P. denticola KCOM 1525 균주의 유전체 염기서열을 완전 해독하여 보고한다.
  10. Lim, Yun Kyong;Park, Soon-Nang;Shin, Ja Young;Roh, Hanseong;Ji, Suk;Kook, Joong-Ki 154
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9010 PDF
    Eikenella corrodens는 그람 음성, 통성 혐기성이며 막대 모양의 세균이다. 이 세균 종은 사람의 심내막염, 간농양 및 두개 내 세균감염 등과 같은 전신질환과 연관이 있을 뿐만 아니라 점막의 정상 세균총에 속한다. E. corrodens KCOM 3110 (= JS217) 균주가 사람 치주질환 병소의 치은연하치면세균막에서 분리되었다. 여기에서 E. corrodens KCOM 3110 균주의 유전체 염기서열을 완전 해독하여 보고한다.
  11. Dutta, Swarnalee;Yu, Sang-Mi;Nagendran, Rajalingam;Jeong, Sang Chul;Lee, Yong Hoon 157
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9018 PDF
    낙동강 주변에서 채취한 토양으로부터 분리한 Pseudomonas fluorescens NBC275 (Pf275) 균주는 식물과 곤충에 병을 일으키는 곰팡이류에 우수한 항균력을 보였다. 본 연구에서는 Pf275 균주의 전체염기서열을 해독하고 분석하였는데, 총 염기서열은 6,610,362 bp였고, GC 함량은 60.9%였다. 염색체는 5,869개의 단백질을 암호화하였고, 16개의 rRNA와 65개의 tRNA로 구성되어 있었다. 유전체의 분석을 통해 항균력을 나타내는 2차 대사산물을 암호화하는 유전자를 확인할 수 있었는데, Pf275 균주는 pyoverdine, 2, 4-diacetylphloroglucinol 및 phenazine 등의 항균물질을 생산하였고, 이들 대사산물에 의해 항균력 및 생물방제효과를 나타내는 것으로 판단된다.
  12. Han, Kook-Il;Kang, Se Won;Kim, Ji-Sun;Lee, Keun Chul;Eom, Mi Kyung;Suh, Min Kuk;Kim, Han Sol;Park, Seung-Hwan;Lee, Ju Huck;Park, Jam-Eon;Oh, Byeong Seob;Yu, Seung Yeob;Choi, Seung-Hyeon;Lee, Dong Ho;Yoon, Hyuk;Kim, Byung-Yong;Lee, Je Hee;Lee, Jung-Sook 160
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9019 PDF
    본 연구에서는 건강한 한국인 분변으로부터 Senegalimassilia sp. KGMB 04484 균주를 분리하였으며 PacBio Sequel 플랫폼을 이용하여 유전체서열을 분석하였다. 유전체는 G+C 구성비율이 61.18%이며, 2,300개의 유전자와 2,139개의 단백질 코딩 유전자, 21개의 rRNA 및 51개 tRNA로 구성되었으며, 염색체의 크기는 2,748,041 bp였다. 유전체의 주요 특징은 가수분해효소와 지방산생합성 및 대사에 관련된 유전자를 포함한다. 이러한 유전체의 분석은 KGMB 04484 균주가 사람의 건강 및 소화에 관여할 것으로 여겨진다.
  13. Jung, YeonGyun;Jung, Byung Kwon;Park, Chang Eon;Ibal, Jerald Conrad;Kim, Sang-Jun;Shin, Jae-Ho 164
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9024 PDF
    이 연구에서는 Microbacterium aurum KACC $15219^T$ (=IFO $15204^T$ = DSM $8600^T$)의 완전한 유전체 서열이 해독되었다. 하나의 원형 염색체는 3.42 Mbp였으며 G+C 함량이 69.9%였다. 해당 염색체 염기서열을 주석화한 결과, 총 3,096개의 유전자 서열이 발견되었다. 16종 이상의 탄소원을 분해하는 것으로 알려진 M. aurum KACC $15219^T$에는 방향족 아미노산 합성 기질인 quinic acid를 비롯한 다양한 탄소원의 이용과 관련된 유전자가 존재하였다. M. aurum KACC $15219^T$의 유전체 정보는 이 미생물에 대한 이해를 높이고 산업적인 이용을 위한 기반이 될 것이다.
  14. Kim, Jin Won;Ha, Gwangsu;Jeong, Seong-Yeop;Jeong, Do-Youn 167
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9031 PDF
    Pantoea intestinalis SRCM103226은 식용곤충 밀웜으로부터 분리하였으며, zeaxanthin을 메인으로 생산하였다. P. intestinalis SRCM103226의 유전체 분석을 실시하여 4,784,919 bp 크기의 염기서열, GC 비율은 53.41%로 나타났으며, 플라스미드는 존재하지 않는다. RAST server를 이용하여 annotation한 결과 4,332개의 코딩유전자, 22개의 rRNA, 85개의 tRNA 유전자가 확인되었다 지놈분석결과 zeaxanthin 생합성회로 5개 유전자를 가지고 있다. 이러한 유전체 정보는 zeaxanthin 생합성 경로의 분자 진화의 비교 유전체학 연구에 대한 기초 정보를 제공한다.
  15. Jiang, Lingmin;Kang, Se Won;Kim, Song-Gun;Jeong, Jae Cheol;Kim, Cha Young;Kim, Dae-Hyuk;Kim, Suk Weon;Lee, Jiyoung 171
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9028 PDF
    Paenibacillaceae계의 Cohnella 속은 다양한 환경 속에서 서식한다. 여기에 우리는 한국 한라산 꼭대기의 구상나무(Abies koreana) 근권 토양으로부터 분리된 Cohnella sp. HS21의 전체 게놈 서열을 보고한다. 균주 HS21은 원형 염색체 7,059,027 bp와 44.8%의 GC 함량을 가지고 있다. 5,939개의 단백질 코딩 유전자와 78개의 트랜스퍼 (tRNA) 유전자, 27개의 리보솜 RNA (rRNA) 유전자, 4개의 비 코딩 RNA 유전자(ncRNA), 90개의 위 유전자가 존재했다. 박테리아는 항생제 관련 유전자 클러스터와 식물 세포벽 분해 효소를 코딩하는 유전자를 포함하고 있다.
  16. Kim, Young-Sam;Jeon, Young Jae;Kim, Kyoung-Ho 174
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9045 PDF
    Flavobacteriaceae 과에 속하는 신균주인 RR4-38(= KCTC 52651 = DSM 108068)가 한국의 해수 순환여과양식시스템의 생물여과조에서 분리되었다. 41.9%의 G+C 함유량을 가진 3,182,272 bp의 길이의 하나의 완전한 유전체 컨티그가 PacBio RS II를 이용하여 얻어졌다. 이 유전체는 2,829개의 단백질 암호화 유전자와 6개의 rRNA 유전자, 38개 tRNA 유전자, 4개의 ncRNA 유전자, 9개의 유사유전자를 포함하고 있다. 이 결과는 해수 순환여과양식시스템에서 미생물의 활성을 이해하는데 통찰력을 줄 것이다.
  17. Kim, Dockyu;Lee, Hyoungseok 177
    https://doi.org/10.7845/kjm.2019.9037 PDF
    미국 뉴저지주 중위도 산림토양에서 부식산(천연 복합유기화합물인 부식질의 주요 구성성분) 분해능이 있는 세균 균주 Pseudomonas kribbensis CHA-19를 분리하였으며, 이후 또 다른 토양 유기물인 리그닌과 리그닌 유래의 페룰산(ferulic acid)과 바릴린산(vanillic acid)의 분해능을 확인하였다. 부식질 초기 저분자화 효소(예, dye-decolorizing peroxidase와 laccase-like multicopper oxidase)와 부식질 유래의 다양한 저분자 분해산물들을 분해하는 효소(예, vanillate O-demethylase와 biphenyl 2,3-dioxygenase)를 탐색하기 위해 CHA-19 게놈염기서열을 분석하였다. 최종 확보한 효소유전자 정보는 토양세균의 부식질 분해경로 제안에 사용되었다.