DOI QR코드

DOI QR Code

Prediction of Binding Mode between Chemokine Receptor CCR2 and Its Known Antagonists using Ligand Supported Homology Modeling

  • Received : 2011.08.16
  • Accepted : 2011.12.12
  • Published : 2012.02.20

Abstract

Keywords

References

  1. Murphy, P. M.; Baggiolini, M.; Charo, I. F.; Hbert, C. A.; Horuk,R.; Matsushima, K.; Miller, L. H.; Oppenheim, J. J.; Power, C. A. Pharmacol. Rev. 2000, 52, 145.
  2. Viola, A.; Luster, A. D. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2008, 48, 171. https://doi.org/10.1146/annurev.pharmtox.48.121806.154841
  3. Baba, M.; Nishimura, O.; Kanzaki, N.; Okamoto, M.; Sawada, H.; Iizawa, Y.; Shiraishi, M.; Aramaki, Y.; Okonogi, K.; Ogawa, Y.; Meguro, K.; Fujino, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 5698. https://doi.org/10.1073/pnas.96.10.5698
  4. Moree, W. J.; Kataoka, K.-i.; Ramirez-Weinhouse, M. M.; Shiota, T.; Imai, M.; Tsutsumi, T.; Sudo, M.; Endo, N.; Muroga, Y.; Hada, T.; Fanning, D.; Saunders, J.; Kato, Y.; Myers, P. L.; Tarby, C. M. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008, 18, 1869. https://doi.org/10.1016/j.bmcl.2008.02.015
  5. Moult, J.; Fidelis, K.; Kryshtafovych, A.; Rost, B.; Hubbard, T.; Tramontano, A. Proteins 2007, 69, 3. https://doi.org/10.1002/prot.21767
  6. Palczewski, K.; Kumasaka, T.; Hori, T.; Behnke, C. A.; Motoshima, H.; Fox, B. A.; Trong, I. L.; Teller, D. C.; Okada, T.; Stenkamp, R. E.; Yamamoto, M.; Miyano, M. Science 2000, 289, 739. https://doi.org/10.1126/science.289.5480.739
  7. Cherezov, V.; Rosenbaum, D. M.; Hanson, M. A.; Rasmussen, S. G. F.; Thian, F. S.; Kobilka, T. S.; Choi, H.-J.; Kuhn, P.; Weis, W. I.; Kobilka, B. K.; Stevens, R. C. Science 2007, 318, 1258. https://doi.org/10.1126/science.1150577
  8. Warne, T.; Serrano-Vega, M. J.; Baker, J. G.; Moukhametzianov, R.; Edwards, P. C.; Henderson, R.; Leslie, A. G. W.; Tate, C. G.; Schertler, G. F. X. Nature 2008, 454, 486. https://doi.org/10.1038/nature07101
  9. Jaakola, V.-P.; Griffith, M. T.; Hanson, M. A.; Cherezov, V.; Chien, E. Y. T.; Lane, J. R.; Ijzerman, A. P.; Stevens, R. C. Science 2008, 322, 1211. https://doi.org/10.1126/science.1164772
  10. Todd, A. E.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Abstr. Pap. Am. Chem. Soc. 2005, 230, U2898.
  11. Evers, A.; Gohlke, H.; Klebe, G. J. Mol. Biol. 2003, 334, 327. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2003.09.032
  12. Cavasotto, C. N.; Orry, A. J. W.; Murgolo, N. J.; Czarniecki, M. F.; Kocsi, S. A.; Hawes, B. E.; O'Neill, K. A.; Hine, H.; Burton, M. S.; Voigt, J. H.; Abagyan, R. A.; Bayne, M. L.; Monsma, F. J. J. Med. Chem. 2008, 51, 581. https://doi.org/10.1021/jm070759m
  13. Dalton, J. A. R.; Jackson, R. M. J. Mol. Biol. 2010, 399, 645. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2010.04.047
  14. Kim, J.-H.; Lim, J.; Lee, S.-W.; Kim, K.; No, K. J. Mol. Model. 2011, 17, 2707. https://doi.org/10.1007/s00894-010-0943-x
  15. Palczewski, K.; Kumasaka, T.; Hori, T.; Behnke, C. A.; Motoshima, H.; Fox, B. A.; Le Trong, I.; Teller, D. C.; Okada, T.; Stenkamp, R. E.; Yamamoto, M.; Miyano, M. Science 2000, 289, 739. https://doi.org/10.1126/science.289.5480.739
  16. Sali, A.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1993, 234, 779. https://doi.org/10.1006/jmbi.1993.1626
  17. Smellie, A.; Teig, S. L.; Towbin, P. J. Comput. Chem. 1995, 16, 171. https://doi.org/10.1002/jcc.540160205
  18. Berkhout, T. A.; Blaney, F. E.; Bridges, A. M.; Cooper, D. G.; Forbes, I. T.; Gribble, A. D.; Groot, P. H. E.; Hardy, A.; Ife, R. J.; Kaur, R.; Moores, K. E.; Shillito, H.; Willetts, J.; Witherington, J. J. Med. Chem. 2003, 46, 4070. https://doi.org/10.1021/jm030862l
  19. Hall, S. E.; Mao, A.; Nicolaidou, V.; Finelli, M.; Wise, E. L.; Nedjai, B.; Kanjanapangka, J.; Harirchian, P.; Chen, D.; Selchau, V.; Ribeiro, S.; Schyler, S.; Pease, J. E.; Horuk, R.; Vaidehi, N. Mol. Pharmacol. 2009, 75, 1325. https://doi.org/10.1124/mol.108.053470
  20. Rosenkilde, M. M.; Schwartz, T. W. Curr. Top. Med. Chem. 2006, 6, 1319. https://doi.org/10.2174/15680266106061319
  21. Schutz, C. N.; Warshel, A. Proteins 2001, 44, 400. https://doi.org/10.1002/prot.1106
  22. Wang, R.; Wang, S. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2001, 41, 1422. https://doi.org/10.1021/ci010025x
  23. Yang, J.-M.; Chen, Y.-F.; Shen, T.-W.; Kristal, B. S.; Hsu, D. F. J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 1134. https://doi.org/10.1021/ci050034w
  24. Laskowski, R. A.; MacArthur, M. W.; Moss, D.; Thornton, J. M. J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 283. https://doi.org/10.1107/S0021889892009944
  25. Graaf, C. d.; Rognan, D. Curr. Pharm. Des. 2009, 15, 4026. https://doi.org/10.2174/138161209789824786
  26. Carter, P. H.; Tebben, A. J. In Methods Enzymol.; Handel, T. H., Hamel, D. J., Eds., 2009; Vol. 461, p 249